стр. 1
(всего 2)

СОДЕРЖАНИЕ

>>

МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
НОВОСИБИРСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ
ИНСТИТУТ ЦИТОЛОГИИ И ГЕНЕТИКИ СО РАН
Высший коледж информатики НГУ








Н.А.Попова
Введение в биологию
Учебное пособие


Новосибирск 2002













ВВЕДЕНИЕ

Стремительное развитие биологической науки в 20 веке ознаменовано разработкой принципиально новых методов исследования, направленных на изучение геномов. К ним относятся, прежде всего, технология рекомбинантных ДНК, включающая методы рестрикции ДНК на фрагменты, клонирование генов и клонирование кДНК, создание зондов для гибридизации, полимеразную цепную реакцию, секвенирование ДНК. Прогресс связан с автоматизацией многих методов исследования, созданием робототехники, компьютерных программ и соответствующего математического аппарата.
Созданы мощнейшие международные банки данных о последовательности нуклеотидов в ДНК разных организмов и о последовательности аминокислот в белках. Любой специалист может воспользоваться этой информацией. Эти достижения во многом обусловлены выполнением Международной программы "Геном человека".
Прочитана ДНК десятка видов вирусов, бактерий, грибов, а также ряда многоклеточных организмов - арабидопсиса, нематоды, дрозофилы, полным ходом идет секвенирование ДНК риса, кукурузы, пшеницы. В начале 21 века торжественно было возвещено о расшифровке генома человека.
Появление технологии клонирования гена и переноса его в любой другой организм в составе реплицирующегося вектора позволило создавать организмы, которых на Земле не существовало. Эти методы обеспечили возможность манипулировать генами, хромосомами и геномами. На наших глазах современная биология превращается в науку, которая дала начало новым технологиям, преобразующим производство. В результате были созданы трансгенные микроорганизмы, растения и животные. Эти биотехнологические достижения можно сравнить с выходом человека в космос и с высадкой на Луну.
Биотехнология поистине стала производительной силой. Основную долю продуктов, созданных на основе генетической инженерии, составляют биопрепараты, получение которых другими путями затруднено и дорого. Так получены инсулин, интерферон, эритропоэтин, факторы роста и другие, необходимые для лечения людей лекарственные препараты.
Развитие биотехнологии растений привело к конструированию растений с новыми полезными признаками - устойчивые к инсектицидам и гербицидам, растения, производящие белки животного происхождения. В качестве пищевых вакцин используются растения, производящие бактериальные или вирусные антигены.
В связи с развитием методов молекулярной биологии возникли новые направления в области медицины - генная диагностика и генная терапия. Стало возможным с высокой точностью диагностировать наследственные и ненаследственные заболевания, определять звенья развития патологии на уровне генов. Появилось и совершенно новое направление медицины, тесно связанное с молекулярной биологией - генная терапия.
С развитием генных биотехнологий возникают морально-этические аспекты их применения, а также проблема биологической безопасности, которые беспокоят не только ученых, но и всю мировую общественность.

Глава 1. КЛАССИФИКАЦИИ ЖИВЫХ ОРГАНИЗМОВ

Нас окружает огромный мир живых существ - растений, грибов, животных и микроорганизмов. Все они - результат органической эволюции, создавшей удивительное биоразнообразие, включающее тысячи видов, разнообразие внутри каждого вида и разнообразие биоценозов. Таким образом, на любом уровне биологической организации - от генов до биоценозов наблюдается колоссальное биоразнообразие. Биоразнообразие эволюционирует - исчезают какие-то виды, ученые открывают новые. Поэтому построение естественной системы органического мира является непрерывным процессом. Исследования в этой области постоянно углубляются и усложняются.
Классификация современного органического мира представляет собой отдельный раздел биологии, в задачи которого входит упорядоченное иерархическое расположение категорий организмов. Этот раздел биологии называется таксономией (от греческого taxis - закон, строй, расположение). Благодаря классификации, разнообразие мира предстает не как хаотическое нагромождение организмов, а как определенным образом упорядоченная система, изменяющаяся от простого к сложному. Систему органического мира изображают в двух основных вариантах : в виде родословного древа, ветви которого связаны родственными отношениями и соответствуют различным таксонам, или как перечень таксонов в иерархической последовательности. В настоящее время принята следующая классификация организмов по сложности строения (Рис. 1). Существует классификация организмов по тому, что они используют в качестве источника углерода для построения своих структур и откуда берут энергию для всех процессов жизнедеятельности. Организмы, которые используют СО2 как единственный источник углерода, называются автотрофами. Автотрофы - это все зеленые растения, водоросли и ряд бактерий. Они являются первичными продуцентами органического вещества в биосфере и образуют первый трофический уровень в сообществах организмов. От них зависит существование всех других организмов на Земле и протекание биогеохимических циклов в круговороте веществ в природе. В противоположность этим организмам, гетеротрофные организмы используют в качестве источника углерода экзогенные органические вещества, из них же они черпают и энергию. К этой группе организмов относятся животные, грибы, бесхлорофильные наземные растения и водоросли и большинство бактерий. Гетеротрофы разлагают вещества, синтезированные автотрофами, вместе с которыми образуют единую биологическую систему, связанную трофическими отношениями.

Две империи

Доклеточные Клеточные

Два надцарства

Прокариоты Эукариоты

Пять царств


Бактерии Археи Растения Грибы Животные

Рис. 1. Классификация организмов по сложности строения

Главным источником энергии для живущих на Земле является энергия Солнца. Ее используют организмы, способные к фотосинтезу и называемые фототрофными. Фотосинтез - единственный процесс в биосфере, ведущий к увеличению свободной энергии биосферы за счет внешнего источника - Солнца и обеспечивающий существование всех живых существ на Земле. Ежегодно в результате фотосинтеза образуется 150 млрд. тонн органического вещества и выделяется 200 млрд. тонн свободного кислорода. Кругооборот кислорода, углерода, азота и других элементов, вовлекаемых в фотосинтез, создал и поддерживает атмосферу, необходимую для жизни на Земле. К фототрофным организмам относятся все зеленые растения и водоросли, и некоторые бактерии: цианобактерии, зеленые, пурпурные бактерии, галофилы.
К классификации, которая наиболее полно объединяет все организмы, относится также деление их на аэробные и анаэробные. Аэробные организмы осуществляют все метаболические процессы при непременном участии кислорода и не могут существовать без него, для анаэробных - кислород не только не нужен, но, более того, вреден.

Глава 2. ВИРУСЫ - НЕКЛЕТОЧНЫЕ ФОРМЫ ЖИЗНИ

Существует шутливое, но весьма удачное определение вирусов - это плохие новости в упаковке из белка. Формулировка вполне подходящая, так как пораженные вирусом клетки гибнут или развиваются в искаженном режиме. Именно, благодаря патологическим




Рис. 2. Схематическое изображение вирусов.
а- вирус оспы, б - вирус простого герпеса, в - вирус гепатита В, г - аденовирус человека, д - вирус гриппа, е - вирус гепатита А, ж - бактериофаг лямда, з - нитевидный фаг М13, и - фаг MS2


проявлениям их жизнедеятельности и были открыты вирусы. Вирус в переводе с латыни означает яд. Классическое определение вируса - это внеклеточная форма жизни, обладающая собственным геномом и способная к воспроизведению в клетках. Вирусы, поражающие бактерии называются бактериофагами.
Вирусы впервые открыты нашим соотечественником профессором Д. И. Ивановским. Он открыл вирус табачной мозаики. Мир вирусов чрезвычайно разнообразен. Они поражают бактерий, растения и животных. Мы не можем быть уверены, что открыты все вирусы, скорее наоборот. Чаще всего их открывают как возбудителей болезней, а в этом отношении подавляющее большинство организмов не исследовано.
Формы вирусов разнообразны - среди них есть шаровидные, спиралевидные, палочковидные, похожие на сперматозоиды, и другие (рис.2).
Размеры вирусов колеблются от 10 нм до 2 мкм. Морфологические особенности вирусов зависят от структуры клеток, которые они поражают. Так, бактериофаги имеют приспособление для протыкания стенки бактерии, похожее на шприц.
У вирусов разнообразны способы хранения генетической информации и ее реализации. Для этого они используют оба вида нуклеиновых кислот - ДНК и РНК во всех формах - односпиральных, двуспиральных, линейных и кольцевых. По этому признаку вирусы делят на ДНК-содержащие и РНК-содержащие. Наследственное вещество вируса упаковано в белковой оболочке - капсиде. У некоторых вирусов имеется в дополнение к этому еще и липидная мембрана с интегрированными в нее белками.
Особенность генетических процессов и конкретные способы выражения генетической информации вирусов будет описана в главе 5, посвященной основным генетическим процессам вообще. Если Вы заглянете туда - убедитесь, насколько разнообразны механизмы хранения и реализации генетической информации вирусов.

2.1.Типы взаимодействия вируса с клеткой

1. Продуктивный тип (вирусы гриппа, полиомиелита, аденовирусы, вызывающие острые респираторные заболевания и др.). Несмотря на то, что жизнедеятельность вирусов полностью зависит от энергетики, белоксинтезирующего аппарата и других систем клетки, многие вирусы ведут себя довольно самостоятельно. Репликация их генома происходит вне зависимости от репликации ДНК клетки и, хотя они и используют для синтеза своих белков оборудование клетки, но по собственному расписанию. В результате образуется много вирусных частиц, которые разрывают клетку.
2. Латентный тип. Вирусы ведут себя расчетливо, не губя клетку, которая их содержит, а относительно мирно с ней уживаются. В результате развивается хронический воспалительный процесс, при котором "и волки сыты, и овцы целы", правда, не вполне здоровы.
3. Вирогения. Это такой тип взаимодействия вируса с клеткой, при котором геном вируса интегрируется в состав клеточной хромосомы. Вирусные гены как бы превращаются в клеточные. Вирус долго может не проявлять себя - он реплицируется вместе с ДНК клетки, но его гены не транскрибируются. При определенных обстоятельствах его гены начинают экспрессироваться, образуются вирусные частицы. Покидая клетку, они отпочковываются от ее мембраны, не убивая клетку. Однако, свойства клетки могут при этом драматически меняться. Она может превратиться в злокачественную. Именно так ведут себя онкогенные вирусы.

2.2. Почему вирусы вызывают заболевания?

Вирусы вызывают заболевания, но это не является необходимым условием их существования, скорее - это побочный эффект. Сначала вирус прикрепляется к рецептору на поверхности клетки-мишени и внедряется в нее. Наличием или отсутствием таких рецепторов объясняется видовая и тканевая специфичность вирусов. При продуктивном типе взаимодействия клетки гибнут, развивается воспаление. Это характерно для острых вирусных инфекций - клещевой энцефалит, полиомиелит, грипп, корь, оспа, гепатит и др. Однако, вирусу "невыгодно" убивать свою жертву ? удобнее получить возможность размножаться в ней постоянно. И действительно, некоторые вирусы живут в клетке до самой ее смерти, а иногда даже делают ее бессмертной (опухолевой). Такое сосуществование вируса с клеткой может принимать разные формы. Одна из них ? латентное состояние вируса. Геном человека и животных напичкан латентными вирусами, которые могут пробудиться под воздействием факторов окружающей среды. Многие знакомы с таким типом взаимодействия вируса и хозяина на примере вируса герпеса, вызывающего "лихорадку" (так ее называют в быту) на губах. В латентной стадии вирус находится в клетках ганглия тройничного нерва. Его размножение подавлено. Однако различные внешние воздействия - охлаждение, перегревание, стресс приводят к транскрипции вирусной ДНК и образованию новых вирусных частиц. В результате поражаются нервные клетки и слизистая губ, в которую вирус попадает по нервному отростку. Это пример того, что латентная стадия вирусной инфекции очень чувствительна к внешним воздействиям.
Вирус может привести клетку к гибели, сам того не желая. Это за него делает иммунная система, а именно ее особые клетки - Т-киллеры. Они распознают зараженную вирусом клетку и несмотря на то, что вирус не очень опасен, убивают ее. Последнее может оказаться роковым для организма. В таких случаях для лечения заболевания приходится подавлять функцию иммунной системы. Зараженные вирусами клетки могут пожертвовать собой, ради спасения целого организма, включив программу апоптоза - запрограммированной клеточной смерти. Это тоже может отразиться на состоянии здоровья организма. Некоторые вирусы предпринимают активные действия, чтобы оставить в живых клетки, в которых они существуют. Так, онкогенные вирусы вызывают злокачественную трансформацию клеток. Зараженные клетки усиленно пролиферируют и образуют опухоль. При этом вирусы активно подавляют апопотоз клеток.
Вирусы могут нарушать специализированные функции клетки, не нарушая жизненно важных. Так, вирус лимфоцитарного хориоменингита мышей (ЛХМ) поражает клетки передней доли гипофиза. Оказалось, что вирус снижает транскрипцию гена гормона роста, не нарушая транскрипцию других генов. В результате у животных образуется на 50% меньше гормона роста.Вот удивительно! Возможно, что и другие гормональные нарушения являются результатом персистентной вирусной инфекции и такой коварный тип стратегии выживания вируса лежит в основе многих заболеваний.
Для медицинской генетики очень важны аспекты инсерционного мутагенеза, связанные с действием ретровирусов. Они размножаются с помощью обратной транскрипции. Их ДНК-копии встраиваются в различные участки генома, вызывая мутации. При своих перемещениях из клетки в клетку, а также от одного организма в другой они способны включать в свой геном клеточные гены. Так, они могут горизонтальным путем передавать наследственную информацию. Встроенные в геном ретровирусные последовательности находят в геноме всех позвоночных.
Вирусы привлекают внимание исследователей не только как возбудители опасных заболеваний и как мощные мутагенные факторы. Стратегия функционирования вирусов используется генными инженерами для переноса генов в разные организмы - трансгенеза. В этих случаях они являются молекулярными векторами. В этом качестве их используют для получения трансгенных растений, животных, бактерий и для генной терапии наследственных заболеваний человека, а также для получения рекомбинантных вакцин.
Вирусы проявляют поразительную устойчивость к неблагоприятным внешним воздействиям и быстро приспосабливаются к ним. Для этого у них есть разнообразные приспособления. Главное из них то, что репликация вируса не является точной. Наблюдается запрограммированная "невнимательность" при репликации. Одна зараженная клетка продуцирует десятки тысяч вирусных частиц, среди мутантов могут оказаться более приспособленные к изменившимся условиям. Практическую важность имеет приобретаемая способность таким образом менять свою внешность - поверхностные белки, чтобы стать неуязвимыми для иммунной системы. Преуспел в этом вирус иммунодефицита человека. Это обстоятельство затрудняет вакцинацию при СПИДе, а также гриппе. Благодаря высокой мутабильности, вирусы быстро приобретают устойчивость к лекарственным препаратам. Пока лекарство поступит в аптеку, среди вирусов уже размножатся устойчивые к нему формы.

2.3 Современное состояние борьбы с вирусными инфекциями

Главным средством борьбы с вирусными заболеваниями во всем мире является метод вакцинации, включающий главные средства защиты человеческого организма - иммунитет и иммунологическую память. До сих пор не до конца выяснены интимные механизмы иммунологической памяти, а между тем их активация применяется для борьбы с инфекционными заболеваниями еще с древних времен (см. учебное пособие Н.А. Поповой "Иммунология", часть 2).
Можно с уверенностью утверждать, что ни одно из достижений биологии и медицины не принесло человечеству столько пользы, сколько принесла вакцинация, избавив его от страшных эпидемий чумы, холеры, оспы и др. инфекционных заболеваний. С вакцинации против оспы началось зарождение иммунологии как науки, и именно в борьбе с этим заболеванием достигнуты наибольшие успехи.
Победа человечества над оспой вселяла надежду, что ни один вирус уже не может угрожать человечеству. На этом благополучном фоне внезапное возникновение СПИДа, а также геморрагических лихорадок, вызываемых вирусами Марбург и Эбола, явилось поучительным уроком и для ученых, и для врачей.
В 1981 г. в Центре по контролю заболеваемости в США появился отчет местных органов здравоохранения, в котором указывалось, что за последние 8 месяцев в районе Лос-Анджелеса было диагностировано 5 случаев заболеваний пневмонией, вызванной простейшими Pneumocystis carinii (пневмоцистная пневмония). Это заболевание относится к числу оппортунистических инфекций, т. е. оно развивается лишь у людей с ослабленной иммунной системой. Но данное сообщение касалось развития заболевания у молодых мужчин, у которых не было видимых причин для недостаточного функционирования иммунной системы. В отчете указывалось, что все заболевшие были гомосексуалистами. Примерно в это же время в Центре появился еще один настораживающий отчет. На этот раз сообщалось об увеличении частоты заболеваемости редким видом злокачественной опухоли - саркомой Капоши. За 30 месяцев наблюдений в Нью-Йорке и Калифорнии было отмечено 20 случаев этого рака у мужчин-гомосексуалистов. У некоторых из них также была пневмоцистная пневмония и другие оппортунистические инфекции. Вскоре после этого врачи стали обращать внимание на необъяснимую хроническую лимфаденопатию, а также случаи лимфомы. Главное, что объединяло все эти заболевания, - это тяжелое поражение иммунной системы. Поэтому новое заболевание стали называть синдромом приобретенного иммунодефицита (СПИД). Вскоре была определена категория людей с повышенным риском заболеть СПИДом. Среди них оказались мужчины-гомосексуалисты, наркоманы, применявшие наркотики в инъекциях, и больные гемофилией. На основании этого было сделано предположение, что СПИД вызывается инфекционным агентом, скорее всего вирусом, который передается через кровь или при половых контактах. В дальнейшем было выяснено, что инфекционный агент может передаваться также от матери к детям в период беременности и кормления грудью, иглами для инъекций со следами крови, и другими инструментами, используемыми в медицине. Таким образом, несмотря на существование группы повышенного риска, нет ни одной группы населения, которая была бы застрахована от опасности заражения СПИДом.
Несмотря на то, что впервые СПИД был описан в 1981 г., заболевание возникло, очевидно, в Центральной Африке в начале 50-х годов ХХ века и затем распространилось в страны Карибского региона, а оттуда в США и Европу. По приблизительным оценкам сегодня в мире 29 млн. человек заражено вирусом иммунодефицита, а 1,5 млн. уже умерло от СПИДа. Самый неблагополучный в этом отношении район - Африка, затем следуют Северная и Южная Америка. В Европе лидируют Испания, Италия, Франция и Германия. В России к 1 декабря 1997 г. официально зарегистрировано около 7000 зараженных ВИЧ.
На фоне мрачной эпидемиологической картины резким контрастом выглядит поразительно быстрое открытие этиологического фактора заболевания (рис. 3) и накопление знаний о его патогенезе. За два года, с 1982 по 1984, была выяснена картина заболевания и выделен ее возбудитель, а также разработан метод диагностики и установлена специфическая мишень вируса в организме человека. Ею оказались клетки иммунной системы - Т-хелперы и макрофаги. Поражение таких, главных в развитии иммунного ответа клеток, вызывает тяжелейший иммунодефицит, на фоне которого проявляются различные инфекционные заболевания.



Рис. 3. Структура вируса иммунодефицита человека












Для СПИДа характерно развитие паразитарных заболеваний: пневмоцистного воспаления легких, токсоплазмоза с поражением мозга и развитием судорог и комы, поражения желудочно-кишечного тракта криптоспоридиями. Из вирусных заболеваний чаще всего встречаются вызываемые цитомегаловирусом пневмония, энцефалит и воспаление желудочно-кишечного тракта, а также инфекции, вызываемые простым герпесом. Для картины СПИДа характерны множественные неврологические нарушения, проявляющиеся в постепенной потере памяти, способности к мышлению и координации движений.
В некоторых случаях от момента заражения СПИДом до гибели больного проходит не более двух лет. Однако, как правило, СПИД прогрессирует медленно. Такое разное течение заболевания может быть обусловлено как различиями в вирулентности вируса, так и в активности иммунных механизмов. Показано, что в ответ на заражение ВИЧ иммунная система реагирует выработкой антител и цитотоксических Т-лимфоцитов. Следовательно, какое-то время размножение вируса сдерживается, пока не наступает критическая стадия, когда иммунная система уже не справляется с ВИЧ. На заключительной стадии заболевания СПИДом по клинико-морфологическим признакам выделяют несколько синдромов: легочный, желудочно-кишечный, неврологический, поражения слизистых и кожи, ретинопатию и др. Поражения легких, часто смертельные, вызываются наиболее часто Pneumocystis carinii и цитомегаловирусом. Реже встречаются пневмонии, вызванные пневмококком, золотистым стафилококком, токсоплазмой, микобактериями туберкулеза. Летальность всех этих пневмоний высокая.
Неврологический синдром наблюдается у 80-90 % инфицированных ВИЧ. При этом, как правило, он обусловлен непосредственным заражением вирусом клеток нервной системы. Энцефалиты сопровождаются очагами демиелинизации. Частым у больных является грибковый криптококковый менингит или менингит, вызванный токсоплазмой и др. микрофлорой. Течение оппортунистических инфекций центральной нервной системы при СПИДе тяжелое, сопровождается слабоумием, припадками и параличами. Приблизительно у 70 % больных СПИДом обнаруживается саркома Капоши, очаги которой могут быть локализованы на коже и во многих внутренних органах. Если ко всему перечисленному добавить гепатиты, поражения почек, тимуса, селезенки, различного генеза лимфомы,? все равно это будет неполный спектр клинических проявлений СПИДа, который постоянно расширяется. Например, отмечены новые виды злокачественных опухолей и поражений нервной системы.
Лечение ВИЧ-инфекции сводится к специфической противовирусной терапии, к борьбе с оппортунистическими и опухолевыми заболеваниями, к иммуномодулирующей и заместительной терапии.
В качестве мишени для воздействия на ВИЧ наибольшее внимание привлекает обратная транскрипция вирусной РНК. На сегодняшний день в распоряжении врачей имеется несколько препаратов, подавляющих обратную транскрипцию и, следовательно, репликацию вируса. К ним относятся азидотимидин, диданозин, зальцитобин.
Основными препятствиями к созданию вакцины против СПИДа являются:
1. Постоянное мутирование и изменение поверхностных гликопротеинов. В отличие от других вирусов, представленных всего несколькими штаммами, ВИЧ существует в огромном числе генетических вариантов, так что фактически образуется непрерывное множество родственных штаммов. У некоторых больных популяция ВИЧ может изменяться в течение 2?4 недель.
2. На стадии интеграции вируса в геном хозяина ни естественные механизмы иммунитета, ни обусловленные вакциной, не работают.
3. ВИЧ атакует клетки, ответственные за создание иммунитета.
4. Отсутствие адекватных моделей СПИДа на животных.
5. Сложности при клинических испытаниях вакцины, связанные с этическими проблемами и нехваткой добровольцев.
На седьмом Международном симпозиуме по СПИДу в Италии в 1991 г. было сообщено, что в стадии испытания находятся 13 вакцин против СПИДа. Среди этих вакцин целый инактивированный вирус, живые рекомбинантные вирусы, рекомбинантная ДНК, синтетические пептиды, антиидиотипические антитела и др. Хотя обнадеживающих результатов в направлении создания эффективной вакцины еще мало, следует отметить, что разработано довольно большое число потенциальных вакцинных препаратов. Дело в том, что успех иммунизации на добровольцах порой очень трудно оценить. Этические нормы требуют, чтобы люди, на которых испытывается экспериментальная вакцина, были предупреждены о необходимости избегать контакта с больными СПИДом, и поэтому низкая заболеваемость среди них может быть обусловлена их разумным поведением или переходом на безопасный секс. Еще труднее оценить эффект вакцины на уже инфицированных людях. Поскольку инфекция развивается длительно, непонятно, сколько времени надо ждать, чтобы оценить, действует вакцина или нет.
Большие трудности возникают и с добровольцами. Во-первых, их мало. Во-вторых, если доброволец заболеет СПИДом, то как различить - связано ли это непосредственно с введением вакцины или она не предохранила его от заражения? Не грозит ли разработчикам вакцин быть втянутыми в бесконечные судебные разбирательства? Тем не менее, создание вакцины - это самая высокая цель в области исследований СПИДа. Она объединяет усилия многих ученых из разных стран. Вряд ли вирус устоит перед такой атакой. (подробнее о СПИДе см.: Н.А. Попова "Иммунология",1999. Часть 2).
Вирусы, вызывающие геморрагические лихорадки Марбурга и Эбола, оказались одними из самых патогенных для человека. Лишь вирус бешенства (кстати, родственник этих вирусов) превосходит их по смертности. Он вызывает 100%- гибель людей при отказе или невозможности ввести антирабическую сыворотку.
Основные вспышки геморрагических лихорадок произошли в Центральной Африке, в районах, которые знамениты и другими уникальными заболеваниями - вирусной лихорадкой Ласса, желтой лихорадкой, лихорадкой долины Рифт и СПИД.
В 1967 г. лихорадкой Марбурга заболели практически одновременно сотрудники фармзаводов в Германии и Югославии, работавшие с почками обезьян, экспортируемых из Уганды. У заболевших был выделен и идентифицирован вирус, который назвали в честь города, в котором он был обнаружен впервые. Следующий случай подобной болезни произошел с путешественниками в Зимбабве, недалеко от места отлова обезьян. Затем были случаи этого заболевания в Кении в 1980 и 1987 гг. со смертельным исходом. Заражение во всех случаях происходило также в месте отлова обезьян, однако тщательное обследование местности и обезьян вируса не выявило.
Лихорадка Эбола появилась впервые в Судане в 1976 г. Сначала были единичные случаи, затем несколько врачей заразились от своих пациентов. Сразу же проявилась высокая смертность, так напугавшая всех, что жители небольшого поселка, где все началось, бежали в джунгли. Вероятно, это и остановило эпидемию. Через несколько месяцев аналогичная вспышка произошла в Заире. Она приняла такие опасные масштабы, что президент Заира попросил помощи ВОЗ. Были предприняты самые жесткие карантинные меры - блокирование очага инфекции войсками. Выяснилось, что причиной заражения явилось употребление в пищу сырого мяса обезьян. Описаны также заражения этой болезнью при странных обстоятельствах. Так, мальчик- датчанин заболел лихорадкой Эбола после того, как побывал в пещере Китум. Позднее заболел и умер французский путешественник, также спускавшийся в эту пещеру. Смертность от этой болезни составляет 80 %. После инкубационного периода, который продолжается 4-10 дней, болезнь начинается внезапно с головных болей, лихорадки и боли в мышцах. В дальнейшем состояние резко ухудшается - возникает тошнота, рвота, понос и множественные кровоизлияния. Кровь течет из мест уколов, появляется на слизистых. Смерть наступает спустя 2 недели от септического шока. Выздоровление (если оно наступает) сопровождается апатией, потерей веса. Обычно больной не помнит своих ощущений в период болезни.
Лучшие вирусологи мира были привлечены к расшифровке этиологического начала этого заболевания. Вскоре вирус был открыт, ему дали название Эбола ? по названию реки, в районе которой заболевание появилось впервые.
Первой жертвой вирусов Эбола и Марбурга является иммунная система. Уменьшается количество лимфоцитов крови, лимфоидные органы выглядят опустошенными, затем присоединяется тромбоцитопения и поражения сосудов. Ни при каком другом вирусном заболевании не развивается иммунодепрессия в такой степени. Несмотря на более чем двадцатилетнее изучение вирусов Марбурга и Эбола, до сих пор не разработано удовлетворительных вакцинных препаратов, не найдено ответов и на многие вопросы относительно патогенеза этих заболеваний, природных хозяев вирусов, причин высокой смертности и т. д. Сочетание довольно странных обстоятельств, сопутствующих началу этих заболеваний, переходящему в эпидемии, придает ореол мистики всему, что связано с этими вирусами. Именно поэтому книга Ричарда Принстона об этих вирусах "Горячая точка" стала в 1994 г. бестселлером, а снятый по ее мотивам фильм "Эпидемия" - самым кассовым.
Другой неразрешимой проблемой для иммунной системы и для здравоохранения всей планеты являются гепатиты. Ежегодно в мире от патологии, связанной с вирусными гепатитами, включая цирроз печени и первичную карциному печени, умирает более 1 млн. чел. Всего в мире 350 млн. чел. являются носителями вируса гепатита В и 150 млн. - вируса гепатита С. Для сравнения, вирусом иммунодефицита человека инфицировано 30 млн. чел. В России половину пациентов инфекционных клиник составляют больные гепатитом.
Вирусные гепатиты можно разделить на 2 большие группы: 1) передающиеся алиментарным путем, т. е. через грязные руки, продукты питания и т. д. Это гепатиты, вызываемые вирусами типа А, Е и F. В группы повышенного риска заболеть этим типом гепатита входят работники сферы обслуживания, ресторанов, столовых и социальные группы с низким уровнем гигиены;
2) передающиеся парентеральным путем, т. е. через инъекции, медицинские инструменты и половым путем. Так передаются гепатиты типа В, С и G. Группы повышенного риска этих гепатитов составляют хирурги, стоматологи, больные гемофилией и лейкозами, а также наркоманы и проститутки.
Наибольшую опасность представляют гепатиты В, С и G. Если заболевание протекает остро, то возможен смертельный исход, так как развивающийся иммунный ответ, а именно цитотоксические Т-лимфоциты (а также натуральные киллеры), вызывают гибель зараженных вирусом гепатоцитов и разрушение печени. Если заболевание приобретает хроническое течение, долгое время после заражения человек может оставаться практически здоровым из-за высоких компенсаторных способностей печени. Тем не менее, при этом развивается хронический гепатит, последствием которого может быть цирроз печени и первичная карцинома печени. В странах, где заболеваемость гепатитом В высока, проводится вакцинация против него. В результате заболеваемость и опасные осложнения снижаются.
Вирусы, в отличие от их хозяев, проявляют поразительную устойчивость к неблагоприятным внешним факторам. Они легко приспосабливаются к неожиданно возникающим обстоятельствам, к токсичным для них химическим соединениям, в том числе лекарствам. За счет мощного капсида они устойчивы к кислому pH желудка, протеолитическим ферментам, детергентам и т. п. Мутагенные вещества также не так страшны им, как их хозяевам. Многие гены у вирусов дублированы, так что мутация может не затронуть хотя бы один белок..
Главная вирусная стратегия выживания - это высокая мутабильность, являющаяся основным препятствием для получения эффективных противовирусных препаратов. Пока новое лекарство поступит в аптеку, среди вирусов уже появятся штаммы, устойчивые к нему. Более того, могут появиться "вирусы-наркоманы", размножение которых зависит от лекарства. Это возможно в случае, когда новая мутация обусловливает синтез белка, нейтрализующего лекарство, но сам синтез белка поддерживается лекарством. Высокая мутабильность позволяет вирусам быстро менять свою антигенную внешность и становиться неузнаваемыми для иммунной системы. В погоне за изменяющимися вирусами иммунная система истощается. Вирусная инфекция, даже не поражающая клетки иммунной системы непосредственно, может вызвать глубокую иммунодепрессию. Показано, что после перенесенной кори иммунодепрессия сохраняется в течение, по крайней мере, 6 месяцев. Для других вирусных инфекций (герпес, гепатиты, геморрагические лихорадки) этот период гораздо длительнее. Таким образом, наблюдается замкнутый круг - угнетение иммунной системы, вызываемое экотоксическими факторами, делает организм более восприимчивым к инфекционным заболеваниям, а последние угнетают функции иммунной системы. Влияя на иммунную систему, вирусы могут быть пусковым механизмом в развитии аллергических и аутоиммунных заболеваний, а также злокачественных новообразований.
Формирование крупных иммунодефицитных популяций человека создает основу для формирования полирезистентных штаммов микроорганизмов. Известно также, что у иммунодефицитных людей после химиотерапии происходит более быстрое повышение вирулентности самих возбудителей болезней. Так, выделенные из очагов кавернозной пневмонии у больных СПИДом бациллы Rodococcus equi, в экспериментах на мышах оказались значительно более патогенны, чем штаммы, полученные от больных с неизмененной иммунной системой. Аналогичная ситуация наблюдается в популяциях микобактерий туберкулеза, герпесвирусов, токсоплазмы, кандидоза и других микроорганизмов, инфицирующих больных СПИДом. Устойчивые штаммы микрооргнанизмов могут распространяться и среди людей, не ифицированных ВИЧ, у которых иммунная система подавлена под влиянием неблагоприятных факторов окружающей среды. Иммунодефицитная популяция открывает ворота высококонтагиозным быстрым инфекциям. Таким образом, в истории инфекционных болезней человека возбудители быстрые инфекции (чума, холера, оспа) сменились медленными (СПИД). Кто знает, возможен ли после этого возврат к эпидемиям быстрых инфекций.



Глава 3. ЦАРСТВО PROCARIOTA

Критерием деления организмов на два надцарства служит присутствие или отсутствие клеточного ядра. Прокариоты не содержат ядер, эукариоты имеют ядра. Между ними есть и другие различия, но это - главное.
Прокариоты существуют на Земле уже 4 млрд. лет. Им принадлежит исключительное значение для жизни на Земле; фактически, они составляют ее фундамент. Прокариоты выполняют основополагающую функцию в циклических превращениях основных химических элементов, необходимых для жизни - углерода, кислорода, азота, серы, фосфора, что собственно и представляет круговорот веществ. Определенные этапы этого процесса осуществляют исключительно прокариоты. Без прокариот ни почва, ни атмосфера, ни вода не были бы пригодными для жизни в той форме, в которой она существует на Земле.
Прокариоты представляют собой микроскопические организмы размерами в среднем 1-5 мкм. Они могут быть ауто- и гетеротрофами. По процессу обмена они делятся на хемо- и фототрофов. Типы обмена бактерий очень разнообразны. Среди них есть серообразующие, железисто-марганцевые, азотные, ацетатные и др. бактерии.
Прокариоты вездесущи. Они обитают в широких пределах, легко приспосабливаются к изменяющимся условиям среды и процветают там, где никто жить не может.
Метаболические реакции, которые используют прокариоты, чрезвычайно разнообразны. По этому свойству они превосходят все другие живые организмы. Только прокариоты способны усваивать азот воздуха, окислять серу, водород и др. химические элементы, образовывать метан и т.п. Для получения энергии прокариоты используют солнечные лучи (фототрофы) и разложение органических и неорганических соединений (хемотрофы). По свойственному им типу питания прокариоты делятся на аутотрофы и гетеротрофы. Практически все природные, а также многие искусственные соединения разлагаются прокариотами. Поэтому велика их роль в деструкции веществ.
Прокариоты обладают рядом морфологических и физиологических особенностей, отличающих их от эукариот.

3.1. Основные различия между прокариотами и эукариотами

Прокариоты и эукариоты различаются по многим параметрам, главным из них является отсутствие у первых ядра. Это обстоятельство во многом обеспечивает и различия по другим признакам. Основные из них сведены в таблицу.
Кроме цитоплазматической мембраны, большинство прокариот имеют стенку, придающую им форму и прочность. Она представляет собой плотную оболочку, выполняющую функцию наружного скелета. Основной компонент оболочки - муреин, полисахарид, содержащий также и аминокислоты. По отношению к окраске по Граму ( красителем генциан-виолет) все прокариоты делятся на грамположительные и грамотрицательные. Окрашиваются этим красителем все, но после обработки этанолом грамположительные остаются окрашенными, а грамотрицательные теряют окраску. Это связано с принципиально разным строением стенки. У грам-положительных она представлена муреином в сочетании с тейхоевыми кислотами. У грам-отрицательных есть еще одна дополнительная внешняя мембрана.
Многие прокариоты образуют споры. Спорообразующими являются бациллы столбняка, чумы, ботулинуса и др. прокариоты. Споры также как и капсулы, предназначены для сохранения прокариот в неблагоприятных условиях. Они имеют утолщенную оболочку. Споры не размножаются, - это покоящиеся клетки. При возвращении благоприятных условий они вновь начинают размножаться.
Размножаются прокариоты бесполым способом, путем бинарного деления, которому предшествует репликация ДНК. Однако и при таком способе размножения бактерии могут обмениваться генетической информацией. Известно несколько механизмов этого процесса - конъюгация, трансформация и трансдукция. Все они обеспечивают горизонтальный перенос генов между бактериями, вызывая возникновение новых патогенных штаммов, вспышки эпидемий, быстрое появление и распространение устойчивости к лекарственным препаратам. Горизонтальный перенос генов является одним из главных механизмов эволюции микроорганизмов. Это непременно надо иметь в виду при оценке экологического риска интродукции генно-инженерных штаммов микроорганизмов в природу.
Кроме большой кольцевой ДНК, прокариоты содержат в разном числе копий кольцевые плазмидные ДНК, несущие несколько генов, ответственных за устойчивость к антибиотикам и за синтез антибиотиков. Плазмиды широко используются в биоинженерии как векторы для переноса генов (см. главу 12). Главными переносчиками генов между прокариотами являются бактериофаги. Именно бактериофаги переносят из бактерии в бактерию гены токсинов бактерий. При интеграции фага в геном бактерий последние приобретают способность вырабатывать токсин. Так, Corynebacterium diphteriae приобретает токсичные для человека свойства, благодаря инфицированию лизогенным фагом, и только такие штаммы вызывают заболевание человека дифтерией. Аналогичная ситуация для токсина стрептококка, стафилококка и др. бактерий. При конъюгации прокариот происходит обмен плазмидами, именно этим путем бактерии быстро приобретают устойчивость к антибиотикам при лечении бактериальной инфекции. Всеобщая доступность антибиотиков привела к возникновению устойчивых бактериальных штаммов. Некоторые бактерии могут внедрять свои плазмиды в растительные клетки. Таким свойством обладают Agrobacterium tumifaciens, образующие на корнях растений, так называемые, корончатые галлы, опухолевые образования.
В клетки растений, с которыми они находятся в состоянии симбиоза, они вносят Thi-плазмиду. Генные инженеры, занимающиеся биотехнологией растений, используют эти плазмиды для переноса в геном растений генов других растений и животных. Для этого из плазмидной ДНК вырезается часть, ответственная за образование опухолей и включается новая генная конструкция.
Приблизительно 80% прокариот способны к передвижению. Это свойство позволяет им выбирать оптимальные условия для существования. Для передвижения прокариоты используют самый экстравагантный способ - вращение жгутиков, подключенных к протонному мотору. По существу - это электродвигатель субмикронного размера, собранный из нескольких молекул белка.

Табл. 1 Основные различия между про- и эукариотами

Параметры
Свойства
Прокариоты
Эукариоты
Организмы
Бактерии и археи
Протисты, грибы, растения, животные
Ядра
Нет
Есть
Размеры
клеток
1?10 мкм
До 100 мкм*
Метаболизм
Анаэробный и аэробный
В основном аэробный**
Органеллы
Рибосомы, жгутики, реснички
Митохондрии, хлопропласты, пероксисомы, Рибосомы, ЭПР, лизосомы, цитоскелет, аппарат Гольджи
ДНК
Кольцевая в цитоплазме
Линейная с большим количеством некодирующих участков
Трансляция и транскрипция
В цитоплазме
Транскрипция в ядре, трансляция в цитоплазме
Фиксация азота
Есть
Нет
Деление клеток
Бинарное
Митоз или мейоз
Клеточная стенка
Есть у большинства
Есть у растений
Фагоцитоз и пиноцитоз
Нет
Есть

*Яйцеклетки страуса достигают 15 см, нервные клетки с их отростками нескольких - метров.
**Амебы, черви и др. эукариоты - анаэробы.

3.2. Археи как особый домен прокариот

В течение длительного времени считали термины прокариоты и бактерии синонимами. Однако постепенно накапливались данные о таких существенных различиях между некоторыми бактериями, что это явилось основанием для гипотезы об отсутствии между ними близкого эволюционного родства.
Особенно большое значение придается структуре рибосомной РНК. На основе сравнения последовательностей рРНК судят о родстве организмов. Такие данные, плюс другие особенности организации, позволили разделить прокариот на два самостоятельных домена, имеющих различное эволюционное происхождение, - бактерии и археи.
На основании сходства генетического кода, структуры ДНК, РНК, белков и аппарата синтеза белка ученые выдвинули гипотезу об единстве происхождения всех живых организмов. Согласно этой гипотезе, существовал некий общий предок - прогенот (Рис. 4). Он мог дать начало трем самостоятельным ветвям - доменам - бактериям, археям и эукариотам. Многие исследователи возводят эти домены в ранг выше традиционных царств.

Эукариоты
Бактерии Археи






Прогенот

Рис. 4. Гипотетическая схема эволюции организмов на Земле

Следующие особенности архей определяют отнесение их к особому домену прокариот:
1. В состав липидов мембран входят не жирные кислоты, а многоатомные спирты (изопреноидный спирт и др.)
2. В клеточной стенке вместо муреина - кислые полисахариды и белки. Белки оболочки архей уложены регулярно, так что образуют правильные и часто причудливые формы (например, в виде цветочков)
3. Мозаичное строение генов (наличие интронов). Наличие повторяющихся последовательностей в ДНК
4. Рибосомы и рибосомные РНК отличаются от бактериальных. Есть отличия и в белковом синтезе
5. Археям свойственны биохимические процессы, не встречающиеся у бактерий - образование метана, серной кислоты и т.д.
6. По образу жизни многие из архей экстремофилы (термофилы, психрофилы, алкалофилы, ацидофилы, галофилы).
7. Обладают ферментами, работающими в экстремальных условиях повышенной или пониженной температуры, кислотности, щелочности и концентрации солей
8. Археи неспособны к паразитизму, среди них много симбионтов.
9. Многие из архей автотрофы (фото- и хемоавтотрофы).
Археи оправдывают свое название (от греч. arche - древний). Благодаря особенностям метаболизма, они по-видимому играли ведущую роль в начальный период эволюции жизни на Земле, когда особое значение имели процессы получения энергии за счет окисления молекул водорода и использования в окислительно-восстановительных реакциях соединений серы. Другими словами, на дне океана вблизи вулканических источников могла развиваться жизнь, не зависимая от энергии солнца. Археи делятся на две группы - кренархеоты и эвриархеоты.
Кренархеоты (от греч. Kren- ключ, источник, и arche - древний) обитают исключительно в горячих источниках на поверхности Земли и на дне океанов в зонах вулканической активности. В частности, местом их обитания являются расположенные на глубине тысяч метров, так называемые, "черные курильщики". Так их называют потому, что выделяющиеся из рифтовых зон сульфиды образуют в морской воде темные струи. Создается впечатление, что кто-то курит. Исследование гидротермальных источников стали возможными после создания подводных минилодок и отбора проб из этих мест. Казалось, что они должны быть долинами смерти среди и так не слишком богатых жизнью морских глубин. Каково же было удивление ученых, обнаруживших в "черных курильщиках" обилие живых существ. Их поэтически стали называть райскими и розовыми садами. Благодаря высокому давлению, температура в "черных курильщиках" достигает 200-300 градусов по Цельсию, но не кипит. Около таких источников живут экстремально термофильные археи. Они используют энергию, образующуюся в результате окисления водорода серой с образованием сероводорода или окисления элементарной серы кислородом. При этом среда их обитания является высококислотной (pH=1-6). Археи находятся здесь в симбиозе с моллюсками и недавно открытым новым типом животных - вестиментиферами. Последние интересны тем, что являются, если можно так сказать, аутотрофными животными. Они поглощают из среды кислород и сероводород, которыми снабжают своих симбионтов - архей. Археи используют указанные вещества для синтеза органических соединений и размножения. Вестиментиферы питаются археями, а часть их предусмотрительно оставляют для размножения.
Эвриархеоты (от греч. Evry - повсюду) распространены на Земле повсюду, в том числе их находят и в "черных курильщиках". К эвриархеотам относится большая группа метанообразующих архей. Только они способны к биологическому образованию метана! Его они образуют окислением водорода углекислотой в реакции 4Н2 + СО2 = СН4 + Н2О. В некоторых случаях в качестве окислителя они могут использовать муравьиную или уксусную кислоту. Метанообразующие археи находятся в осадках морей и пресных водоемов, болотах, почвах тундры и рисовых полей. Их находят также в составе кишечной флоры рубца жвачных. В небольшом количестве они обитают и в кишечнике человека. Они интенсивно синтезируют витамин В12 и снабжают им своих хозяев. Свойство этих архей образовывать метан используют в народном хозяйстве для утилизации отходов в, так называемых, метантенках. В них при высокой температуре без доступа кислорода идут процессы брожения с образованием водорода и углекислоты, которые используются археями для производства метана. Такие аппараты могут обеспечить газом небольшой поселок.
Другая интересная группа архей - это галофилы, способные к росту и размножению в насыщенных растворах соли (до 300 г/л). Некоторые из них при этом предпочитают также щелочную среду с высоким значением рН. Галофилы - гетеротрофы, могущие расти как в аэробных, так и анаэробных условиях. Для них характерно наличие родопсина, красного пигмента, аналогичного пигменту сетчатки человеческого глаза. О нем говорят - это белок, любящий соль и видящий солнце. Исследования этого пигмента показали, что у хлорофилла нет монополии на фотосинтез. При недостатке кислорода бактериородопсин улавливает солнечные лучи и снабжает галофилы энергией. Как светочувствительный материал бактериородопсин может конкурировать с традиционными небиологическими материалами. На основе родопсиновых пленок сконструированы оптические системы памяти в устройствах для обработки информации, например, для компьютеров. Возможно в будущем его научатся использовать для изготовления живых протезов рецепторов глаза. При массовом размножении галофилы, благодаря родопсину, обусловливают красный цвет Мертвого моря. Галофилы живут в водоемах для выпаривания соли. Раньше красную соль, найденную в соляных озерах на юге России, как диковинку отправляли в Москву в Кремль.
Ацидофилы - это археи, обитающие в условиях повышенной кислотности, т.е. в таких растворах кислоты, которая, попав на кожу, образует ожоги, а на платье - дырки. К ацидофилам относятся живущие в кислом содержимом желудка человека Helicobacter pilori. Как недавно выяснилось, они играют этиологическую роль в развитии гастрита, язвенной болезни и рака желудка.
Экстремофильные археи представляют интерес с точки зрения использования их ферментов, работающих в экстремальных условиях. Галофильные археи Thermus aquaticus обладают ферментом Thaq-полимеразой, которая используется в полимеразной цепной реакции на том ее этапе, который требует нагревания ДНК до 700 С. Еще большее нагревание (до 100 0 С) выдерживает ДНК-полимераза Pyrococcus furiosus, называемая Pfu-полимеразой. Ферменты экстремофилов используются также при производстве духов, окраске джинсовой ткани, производстве моющих средств и в других производственных процессах.

3.3. Цианобактерии

Цианобактерии - это большая группа прокариот, включающая более 2000 видов. Им принадлежит особая роль в эволюции и существовании биосферы. Цианобактерии появились в биосфере на заре развития жизни на Земле. Осуществляя оксигенный синтез, цианобактерии создали атмосферу, содержащую кислород, что определило в дальнейшем существование растений и животных.
Ботаники называют цианобактерии синезелеными водорослями и рассматривают их как таксон в системе низших растений. Это обусловлено наличием в их составе хлорофилла a, как у растений, и обитанием, в основном, в водной среде.
Цианобактерии существуют более 4 млрд. лет. Они существовали в архее и большей части протерозоя. Об этом судят по палеонтологическим находкам продуктов жизнедеятельности цианобактерии - строматолитам. Строматолиты - это слоистые известняки, образовавшиеся в результате извлечения бактериями кальция из воды и откладывания кальцита в их слизистых капсулах. Нижние слои бактерий отмирали, образовывались новые и так до 200 м в высоту и многие километры в длину. Строматолиты находят в Австралии, на Урале, в Сибири. В настоящее время строматолиты образуют сообщества нитчатых цианобатерий, развивающихся в толстых пленках в условиях солоноводных мелководий, например, на побережье Австралии.
Фототрофный тип питания является для цианобактерий основным, но не единственным. Они могут усваивать и имеющиеся в среде готовые органические вещества, т. е. становиться гетеротрофами. Среди цианобактерий много форм, способных к азотфиксации. Основным резервуаром азота для всех живых организмов является атмосфера. Однако ни растения, ни животные не могут усваивать азот воздуха. Такой способностью обладают только бактерии, некоторые водоросли и низшие грибы. Азотфиксация, т. е. превращение атомарного азота в NH3 - аммиак, может происходить небиологическим и биологическим путем. Небиологический путь - это образование аммиака во время грозы, при разрядах молнии. Подобный химический метод используется в производстве аммиака, который получают из азота и водорода под давлением с участием катализатора. За это изобретение, позволившее сделать переворот в мировой азотной промышленности, Ф. Габеру и К.Бошу присуждена Нобелевская премия. Эта технология и по сей день используется для получения минеральных азотных удобрений.
Биологический способ фиксации азота связан с активностью фермента нитрогеназы. Это сугубо восстановительный процесс; в присутствии молекулярного кислорода нитрогеназа инактивируется. Но цианобактерии не только живут в присутствии кислорода, более того, они его образуют. Из этого следует, что в одной и той же клетке не могут идти и фотосинтез, и фиксация азота. Азотфиксация происходит в особых клетках, называемых гетероцистами. Они обладают дополнительными слоями оболочки, защищающей их от действия кислорода. В них экспрессируется ген нитрогеназы. Интересно, что его экспрессия определяется такими же перестройками в геноме, как в генах иммуноглобулинов человека. Фотосинтезирующие и азотфиксирующие клетки могут находиться в одном сообществе цианобактерий, при этом образующиеся в результате метаболизма вещества идут по специальным каналам. Вообще, надо заметить, что прокариоты - существа одноклеточные. Однако и в природных, и в лабораторных условиях они образуют сообщества, которые являются пробразами многоклеточных организмов. Среди отдельных представителей этих сообществ, как мы видим на примере цианобактерий, существует дифференциация функций. Колонии роевых бактерий состоят из двух типов клеток - длинных роящихся со жгутиками и коротких нероящихся без жгутиков. С помошью жгутиков они двигаются как единый организм. Наблюдая это явление, Флеминг, открывший пенициллин, даже высказывался о существовании у них некоего прообраза нервной системы, по которой сигналы передаются всем членам сообщества. Поистине социальными существами являются также миксобактерии. Морфологически их сообщество напоминает цветущее дерево.
К сожалению, довольно многочисленные цианобактерии образуют токсины, губительные для человека и животных. Токсины - нейротоксины и гепатотоксины - образуются в основном планктонными формами цианобактерий. Известны случаи гибели людей, потреблявших воду во время "цветения" водоема, которое и представляет собой результат массового размножения цианобактерий.
Ризобактерии - это большая группа бактерий, способствующих улучшению роста и развития растений. К ним относятся почвенные бактерии псевдомонады (Pseudomonas). Их положительное влияние на растения связано с непосредственной стимуляцией роста растений за счет выработки индолил-3-уксусной кислоты - стимулятора роста корневой системы, улучшением фосфорного питания растений за счет гидролиза органических фосфатов бактериальными фосфатазами. Некоторые штаммы псевдомонад, обладая азотфиксирующей способностью, улучшают и питание растений азотом. Псевдомонады оказывают положительно опосредованной влияние на растения путем вытеснения и подавления развития почвенных фитопатогенов и организмов, угнетающих рост растений.
В общем, неоценимый вклад прокариот в эволюцию жизни на Земле и их участие в нашей повседневной жизни можно суммировать следующим образом:
1. Роль в геологических процессах - образование полезных ископаемых - железных руд, пирита, серы, графитов, карбонатов, нефти, газа и др.
2. Обеспечение плодородия почвы, образование гумуса
3.Очистка сточных вод за счет разложения органических веществ
4. Симбиоз с растениями, животными и грибами
5. Участие в промышленных процессах брожения - производство сыра, силоса, сбраживание сливок при изготовлении сливочного масла
6. Производство антибиотиков
7.Бактерии как продуценты ферментов, гормонов и др. веществ в генной инженерии
8. Биологический контроль размножения насекомых (например, B. Thuringiensis)
9. Стимуляция роста растений за счет усиления поступления в растения фосфора, фиксации азота, индукции устойчивости к заболеваниям за счет синтеза антибиотиков и цианистого водорода, антагонизма с почвенными патогенными бактериями и т.д.
10. Биодеградация вредных ксенобиотиков - полихлорбифенолов, бензантрацена
11. В биотехнологии растений - трансгенез с помощью агробактерий

3.4. Эндосимбиотическая теория происхождения эукариот

Если бы не возникли эукариоты, прокариоты, благодаря их великолепной способности к эволюции и адаптации, одни представляли бы жизнь на Земле. Однако в настоящее время она в основном представлена сложными многоклеточными организмами, состоящими из эукариотических клеток. Естественным является вопрос, как возникли эукариоты?
Наиболее популярной и достаточно обоснованной гипотезой на этот счет является эндосимбиотическая гипотеза, основанная на идее многократного эндосимбиоза прокариот, приведшего к возникновению эукариот.
Предполагают, что первичные клетки были анаэробными гетеротрофными прокариотами. Питались они абиогенно синтезированными органическими веществами. Поэтому они должны были довольно быстро обеднить среду обитания необходимой им пищей. Выход из этого положения мог быть достигнут двумя путями: 1) возникновения питания за счет неорганических веществ - углерода (СО2) и азота (N2), имевшихся в атмосфере; и 2) за счет поедания себе подобных.
Чтобы осуществить первый путь развития, прокариоты должны были приобрести способность улавливать химическую и солнечную энергию. Сейчас эти процессы получили наибольшее развитие в виде хемосинтеза и фотосинтеза. Большинство ученых предполагает, что первыми хемосинтезирующими прокариотами были предки современных хемосинтезирующих прокариот, а фотосинтезирующими - предки современных цианобактерий. Возможно, что эти механизмы мало изменились с тех пор и в настоящее время эти прокариоты являются поставщиками органических соединений, которые они синтезируют из СО2 и N2.
Считается, что примитивные фотосинтезирующие анаэробные прокариоты кардинально изменили состав земной атмосферы - из лишенной кислорода смеси газов она превратилась в атмосферу, содержащую 21% кислорода. Появление в атмосфере кислорода имело решающее значение для дальнейшего развития жизни на Земле. Однако анаэробные прокариоты вынуждены были найти для своего выживания бескислородные ниши или адаптироваться к кислороду за счет утилизации его для более эффективного окисления пищевых веществ. Так могли возникнуть аэробные организмы. Их преимущество состояло в том, что они могли более полно окислять органические соединения, прежде всего углеводы до Н2О и СО2. При этом получалось и аккумулировалось в виде фосфатных соединений много энергии. Мы и сейчас наблюдаем, что анаэробы при окислении 1 молекулы глюкозы до молочной кислоты ( процесс гликолиза) образуют 2 молекулы АТФ, а аэробы окисляют глюкозу до образования Н2О и СО2 и 38 молекул АТФ.
Как уже говорилось, был возможен и второй путь развития, когда прокариоты могли выжить, поедая друг друга. При этом анаэробные прокариоты могли не утилизировать часть аэробных в качестве пищи, а вступать с ними в симбиоз. В борьбе за выживание это, очевидно, должно было быть замечательным приобретением.
Впервые идея о роли симбиоза в эволюции жизни была высказана русскими учеными. В 1867 году А.С. Фаминцин утверждал в своих публикациях, что лишайники - это взаимовыгодная ассоциация грибов и водорослей и что хлоропласты - это одноклеточные водоросли и симбионты растений. Идея была поддержана К. С. Мережковским и Б. М. Козо-Полянским в 20 годах. Однако мировой научной общественностью эта гипотеза расценивалась не более, чем экстравагантная. Вспомнили о ней в 60-х годах, когда ученые показали, что ДНК митохондрий и хлоропластов отличается от эукариотической ДНК и очень сходна с бактериальной. Далее Лин Маргелис выявила большую структурную близость жгутиков и некоторых элементов цитоскелета эукариотических клеток с бактериями спирохетами. В последующем были получены и другие доказательства эндосимбиотического происхождения эукариот, главные из них связаны с тем, что митохондрии и хлоропласты по многим биологическим признакам близки к прокариотам :
кольцевая ДНК в митохондриях и хлоропластах, как в прокариотах;
ни митохондрии, ни хлоропласты не синтезируются в клетках эукариот, т.е. не образуются de novo, а размножаются бинарным делением, как прокариоты;
наличие в митохондриях собственного белоксинтезирующего аппарата;
рибосомная РНК и рибосомы из митохондрий и хлоропластов совершенно не похожи на эукариотические, но почти идентичны таковым из некоторых цианобактерий;
АТФ-аза - один из универсально распространенных во всех живых организмах АТФ-расщепляющий фермент - из органелл эукариотических организмов (дрожжей) практически идентичен АТФ-азе некоторых архей;
во внутренней мембране митохондрий находится специфический фосфолипид - кардиолипин, характерный только для мембран бактерий и полностью отсутствующий в мембранах эукариот.
Среди ныне живущих эукариотических организмов есть такие, которые используют прокариот-симбионтов для своей жизнедеятельности (инфузории с симбионтами - метанообразующими археями, вестиментиферы, своего рода аутотрофные организмы, питающиеся за счет симбиоза с археями, некоторые растения содержат в клетках цианеллы, сходные с цианобактериями и выполняющие функции хлоропластов и др.)
Несмотря на то, что эндосимбиотическая теория поддерживается большинством ученых, у нее есть и противники, которые считают, что эта теория объясняет происхождение митохондрий и хлоропластов, а не эукариот. Действительно, эндосимбиотическая теория не заполняет разрыва между про- и эукариотами, наоборот, он становится более явным. Эукариоты характеризуются более сложным морфологическим строением, в основном и обеспечивая биоразнообразие на Земле, а биохимически они, если исключить митохондрии и хлоропласты, гораздо более просты, чем прокариоты. Получается, что сложнейшие механизмы клеточного дыхания, фотосинтеза, фиксации углекислоты и азота сложились у прокариот, в то время как эукариоты остались на уровне анаэробных сбраживателей. Туманным до сих пор остается вопрос о природе непосредственных предшественников эукариот. Все-таки прокариоты - это очень маленькие клетки, эукариоты в тысячу раз больше. Эту трудность сторонники эндосимбиотической теории обходят предположением о многократности симбиоза разных прокариот, или предположения о слиянии проэукариота, клетки способной к фагоцитозу, с прокариотами. Наличие способности к фагоцитозу у проэукариотической клетки обусловило отсутствие клеточной стенки, но появление необходимого для этого процесса цитоскелета и подвижной цитоплазмы. Вслед за этим возникла необходимость изолировать ДНК от подвижной цитоплазмы, так, предполагают, появилось клеточное ядро.

Глава 4. МАТЕРИАЛЬНЫЕ НОСИТЕЛИ НАСЛЕДСТВЕННОСТИ

Несмотря на то, что нуклеиновые кислоты были открыты более ста лет назад, их фундаментальная роль как носителей наследственной информации была выяснена лишь в середине ХХ века. Этому предшествовали важнейшие открытия молекулярной биологии. Авторы многих из них награждены Нобелевской премией:
1957. А. Тодд - за исследование нуклеотидов и нуклеозидов в составе ДНК и РНК
1958. Дж. Ледерберг - за структуру генетического материала бактерий и рекомбинацию у них
1959. А. Корнберг - за открытие механизмов биосинтеза ДНК
1959. С. Очоа - за открытие механизма синтеза РНК
1962. Ф. Крик, Дж. Уотсон, М. Уилкинс - за открытие структуры ДНК
1968. Р. Холли, Х. Корана, М. Ниренберг - за расшифровку генетического кода
1969. А. Д. Херши - за открытие генетической структуры вирусов
1969. Дж.Галл, М. Пардью - за разработку метода гибридизации ДНК in situ
1978. В. Арбер, Д. Натанс, Х. Смит - за открытие ферментов рестрикции
1980. П.Берг, У. Гилберт, Ф. Сэнгер - за разработку технологии рекомбинантных ДНК
1983. Б. Мак-Клинток - за открытие мобильных элементов
1993. К. Б. Мюллис - за разработку полимеразной цепной реакции
1993. Ф. Шарп, П. Робертс - за открытие мозаичной структуры генов эукариот
К настоящему времени достигнуты колоссальные успехи в расшифровке молекулярно-генетических процессов и накоплена масса экспериментальных данных. Описание сложнейшей функции генов и геномов, генных сетей, путей передачи сигнала в клетке, основных молекулярно-генетических процессов - репликации, транскрипции, трансляции, регуляции экспрессии генов стало возможным благодаря разработке компьютерных технологий автоматической обработки данных. Этим занимается наука биоинформатика, которая создает базы и банки данных для общего пользования, разрабатывает новые математические методы и алгоритмы для анализа информации, на основе которых становится возможным моделирование молекулярно-генетических процессов.

4.1. Структура нуклеиновых кислот

4.1.1. Структура ДНК

Дезоксирибонулеиновая кислота впервые была выделена из ядер клеток. Поэтому она и названа нуклеиновой (от греч. Nucleus- ядро). ДНК представляет собой полинуклеотид, состоящий из нуклеотидов. Нуклеотид состоит из остатка фосфорной кислоты, сахара и азотистого основания (рис.5 и 6). Фосфорная кислота придает ДНК кислотные свойства. Сахар представлен 2-дезокси-D-рибозой, образуя пятичленный цикл. В составе ДНК встречаются 4 азотистых основания - пуриновые - аденин и гуанин, и пиримидиновые - тимин и цитозин. В сокращенном виде они называются A, G, T, C соответственно. Нумерация атомов в основаниях записывается внутри цикла. В отличие от этого нумерация атомов сахара записывается вне цикла и со значком "штрих".
В цепи ДНК первый атом углерода дезоксирибозы связывается гликозидной связью с атомом азота в положении 1 пиримидинового или 9 - пуринового основания. Эта связь называется ?-гликозидной.
Соединение, состоящее из основания и углевода, называется нуклеозидом (в ДНК - дезоксинуклеозидом), например, дезоксигуанозин, дезоксиаденозин и т. д.



Рис.5. Комплементарные взаимодействия нуклеотидов (уотсон-криковские пары).




Рис.6. Структура нуклеотидов ДНК.



В полинуклеотидной цепи нуклеотиды соединены фосфодиэфирной связью, образованной остатком фосфорной кислоты между 3'ОН- группой одного нуклеотида и 5'ОН- группой - другого (рис.5 и 6).
Структуру цепи ДНК можно изобразить следующим образом (рис.7).






Рис.7. Схема нити
ДНК.












ДНК всегда существует в виде двойной спирали (рис.8), исключение составляют ДНК некоторых вирусов. Модель строения ДНК в виде регулярной двойной спирали была предложена в 1953 году Дж. Уотсоном и Ф. Криком. Исследования показали, что она верна. Обе цепи вместе удерживает комплементарность пар азотистых оснований. Между комплементарными основаниями A-T и G-C, которые называются парами Уотсона и Крика (рис.5), спонтанно образуются водородные связи. Между А и Т образуется две водородных связи, а между G и C - три. Другие комбинации оснований не являются комплементарными.
Водородные связи слабые, они легко рвутся. Например, при повышении температуры до 950 происходит плавление ДНК, т.е. отделение цепей друг от друга за счет разрыва водородных связей. Однако при охлаждении водородные связи вновь образуются, и двуспиральная структура ДНК восстанавливается, этот процесс называется ренатурацией ДНК.
Вследствие комплементарности оснований в одной молекуле ДНК количество G равно C, а количество А равно количеству Т. Это называется правилом Чаргаффа. Естественно, что разные ДНК различаются по количеству пар А-Т и G-C. В ДНК половой клетки человека 3,2 млрд. пар нуклеотидов.
Из описанной структуры ДНК следует, что две цепи ДНК можно представить в виде лестницы, в которой сахаро-фосфатные остовы удерживают обращенные внутрь спаренные основания - ступени.
Поскольку азотистые основания ДНК гидрофобны, они в структуре ДНК должны быть уложены так, чтобы исключить их контакт с водой. Это как раз и достигается сближением оснований и укладкой их в спираль, в которой гидрофильные сахаро-фосфатные группы оказываются снаружи, а гидрофобные основания внутри. Спираль правозакрученная и имеет большой и малый желобки (рис.9). Часть каждого основания " видна " как из большой, так и из малой бороздки, поэтому они доступны для взаимодействия с другими молекулами. Описанная конформация ДНК называется В-формой. Однако это не единственно возможная конформация ДНК. Например, при дегидратации ДНК приобретает форму А, а именно, более сплющенную форму с большим наклоном оснований относительно оси. Известно, что А-форма характерна для спор бактерий. Возможна и Z-форма ДНК, когда обе цепи закручены влево. Есть предположение, что А- и Z-формы могут образовываться на коротких участках ДНК и обеспечивать регуляцию ее функции.



Рис.8. Схема двойной спирали ДНК

Цепи ДНК антипараллельны, т. е. 3'ОН-концу одной цепи соответствует 5'ОН- конец комплементарной цепи. Например, последовательность нуклеотидов в небольшом фрагменте ДНК должна быть записана так
5'ЦАТГТА3'
3'ГТАЦАТ5'
Чаще всего пишут последовательность только одной цепи, подразумевая, что вторая комплементарна первой. При этом можно даже не обозначать концы молекулы, если условиться, что всегда последовательность оснований записывается с 5'-конца. Поэтому последовательность нуклеотидов в приведенном выше фрагменте можно изобразить как ЦАТГТА.




Рис.9. Схема В-формы ДНК









4.1.2. Размеры ДНК и ее упаковка в клетке

В ядре каждой соматической клетки человека содержится 23 пары хромосом, длина всех 46 молекул ДНК в одной клетке равна около 2 м. Если принять, что организм взрослого человека состоит из приблизительно 5.1013 клеток, то общая длина молекул ДНК у человека составит 1.1011 км , т.е. в тысячи раз превышает расстояние от Земли до Солнца. Естественно, что ДНК должна быть в значительной степени компактизована, чтобы поместиться в хромосомах ядра (рис.10). В эукариотических клетках ДНК находится в комплексе с белками. Этот комплекс называется хроматином. Белки в основном представлены гистонами, которые благодаря своему положительному заряду, образуют ионные связи с отрицательно заряженными фосфатными группами ДНК. Пары гистонов Н2А, Н2В, Н3 и Н3 образуют октамер, вокруг которого ДНК совершает 1,75 оборота. Этот комплекс называется нуклеосомой.
Нуклеосомы соединены линейными участками ДНК- линкерами, так что ДНК имеет вид нитки бус (до 11 нм в диаметре). Но такой упаковки еще не достаточно. Дальнейшая упаковка ДНК приводит к образованию нити толщиной в 30 нм. И далее 30-нм нити образуют длинные петли. Возможно, что петли, образуемые с участием негистоновых белков, формируют также складки и спирали.


Рис. 10. Уровни упаковки хроматина

Теперь попытаемся связать описанную структуру с хромосомой. В наиболее конденсированном состоянии ДНК находится в митотических хромосомах, готовых к транспортировке в каждую из дочерних клеток. При этом наиболее упакованная область приходится на центромеру, на внешней поверхности которой расположены белки кинетохора. Именно к кинетохору во время разделения дочерних хромосом присоединяются микротрубочки веретена деления. В теломерных концах хромосом также наблюдается большая конденсация ДНК. В интерфазных хромосомах ДНК менее упакована, однако эта упаковка неодинакова по всей ее длине. Наиболее конденсированы участки ДНК, свободные от генов - гетерохроматин, наименее - участки, содержащие гены - эухроматин. Гетерохроматин транскрипционно неактивен, эухроматин, наоборот, является активным.
Совокупность ДНК в клетке называется геномом. Исследования показали, что нет четкой зависимости между величиной генома (длиной ДНК) и эволюционным статусом вида. Конечно, у бактерий и вирусов ДНК меньше, чем у многоклеточных. Но у человека ДНК в геноме столько же, как и у гороха или кукурузы, но в 5 раз меньше, чем у репчатого лука и в 20 раз меньше, чем у сосны. Лягушки, жабы и тритоны по содержанию ДНК относятся к чемпионам. Исследования в рамках программы "Геном человека" показали, что в геноме человека содержится 38 тысяч генов, структур, кодирующих белки или РНК. Это составляет едва ли 3% ДНК. Функция остальной ДНК пока остается не ясной. Создается впечатление, что гены - это небольшие островки в море неактивных информационных последовательностей ДНК. Кроме генов, в ДНК находятся многие некодирующие повторяющиеся последовательности. К примеру, 10% всего генома человека занимает семейство так называемого Alu-повтора длиной в 300 пар нуклеотидов, составляющего до полумиллиона копий. В области центромеры хромосомы находятся сателлитные повторы ДНК, состоящие из коротких последовательностей, повторяемых тандемно так, что длина каждого фрагмента достигает 10 000 пар оснований ДНК. Есть и другие повторяющиеся последовательности, разбросанные по ДНК.
Последовательности в ДНК не всегда жестко фиксированы. Иногда некоторые фрагменты ее могут перемещаться из одного места в другое. Они называются транспозонами.

4.2. РНК

Содержание РНК в клетках во много раз больше, чем ДНК. Основная роль РНК - это транскрипция генетического материала и синтез белков, или трансляция. РНК может быть также и носителем генетической информации - в РНК-содержащих вирусах. В клетке РНК существует в виде информационных (мРНК), транспортных (тРНК), рибосомных (рРНК), малых ядерных (мяРНК) и малых цитоплазматических (цяРНК). РНК - это полинуклеотид (рис. 11), длиной до 10000 нуклеотидов. В ее состав входят 4 нуклеотида: аденин, цитозин, гуанин и урацил. Вместо тимина, присутствующего в ДНК, в РНК находится урацил, у которого в отличие от тимина, отсутствует 5'-метильная группа. Как и в ДНК, в РНК нуклеотиды соединяются 5'-3'- фосфодиэфирными связями. В тРНК довольно часто встречаются модифицированые нуклеотиды.
Большинство клеточных РНК - одноцепочечные молекулы, но в них часто образуются двуцепочечные участки - шпильки - за счет спаривания комплементарных нуклеотидов.

4.3. Генетический код

Самым сложным в проблеме кода было понять, что он существует. На это ученым понадобилось целое столетие. В начале 40-х годов Дж. Бидл и Э.Тэйтум выдвинули свой знаменитый тезис "Один ген - один фермент". В настоящее время в своей первоначальной форме этот принцип имеет скорее исторический интерес, однако заслуживает восхищения, поскольку он стимулировал создание целой научной области - молекулярной биологии гена, в которой гены были главным предметом исследования. Успехи этих исследований позволили ответить на вопрос, что и как записано в генетическом коде.
Генетический код - это способ записи генетической информации о структуре белков в последовательностях нуклеотидов РНК или ДНК. Поскольку генетический код считывается с мРНК, его обычно записывают, используя основания мРНК - А, U, G и C. В конкретном смысле - это соответствие между кодонами матричной РНК и аминокислотами кодируемого белка.
Определение и сама концепция гена подвергались эволюции. В 1865 году Грегор Мендель опубликовал статью, в которой на основании своих экспериментов постулировал существование единиц наследственности в виде дискретных факторов, которые передаются от родителей потомству. Теперь мы знаем, что это и есть гены.
Свойства генов отражены в законах Менделя. Первый закон - единообразия гибридов первого поколения - рассматривает свойства индивидуального гена. При этом диплоидный организм имеет две копии гена, находящиеся в гомологичных хромосомах. В процессе мейоза только по одной из этих копий попадает в гаметы, которые гаплоидны. Сливаясь, они образуют зиготу, в которой по одной копии гена от каждого родителя. Ген может существовать в альтернативных формах, что проявляется в фенотипических различиях, например, красная и белая окраска цветков. Эти формы гена называются аллельными. Аллельные гены отличаются небольшими изменениями последовательности нуклеотидов в ДНК, которые в одних случаях приводят к изменениям кодируемого продукта и изменению фенотипа, а в других - никакого влияния на кодируемый продукт не оказывают. Уникальное сочетание аллельных состояний всех пар генов и определяет биологическую индивидуальность каждого организма. Если аллели одинаковы, организм гомозиготен по ним, если разные - гетерозиготен. Скрещивание двух гомозиготных особей дает гетерозиготу, в которой один аллель гена проявляется (доминантный), а другой - нет (рецессивный). Поэтому в первом поколении все особи одинаковы по фенотипу (а также по генотипу) и похожи на доминантного родителя. Однако рецессивный ген никуда не девается и в последующих поколениях проявляется. Поведение любой пары альтернативных генов не влияет на распределение другой пары генов.
Работа Г. Менделя не была замечена и не повлияла на бытовавшее тогда представление о наследственности. Вторичное открытие генетических законов состоялось в 1900 году Г. Де Фризом (Голландия), К. Корренсом (Германия) и Э.Чермаком (Австрия). Это убедило всех в существовании дискретных наследственных факторов.
С открытием хромосом стало ясно, что дискретные факторы Менделя соответствуют хромосомам - альтернативные гены находятся в гомологичных хромосомах. Законы Менделя получили цитологическую основу (рис.13). В мейозе при образовании гамет - каждая гамета получает только одну из двух гомологичных хромосом своих родителей. При этом каждый член одной гомологичной пары входит в гамету в случайном сочетании с другим членом другой гомологичной пары хромосом. Это правило независимого распределения негомологичных хромосом.
С развитием генетики были обнаружены исключения из законов Менделя, которые основу этих законов подтверждают.
Далее гены идентифицировали, только исходя из мутаций, которые вызывали отклонения в фенотипе. И уже в 1902 году Герродом была высказана мысль, что мутации приводят к нарушению метаболизма (на примере алкаптонурии). Появились попытки связать гены с ферментами. Они предприняты Дж. Бидлом и Э. Тейтумом в 30-х годах. Это привело в 1940 году к возникновению гипотезы - один ген - один фермент. Однако прямого доказательства, что ген действительно детерминирует структуру белка, пришлось ждать до 1957 года, когда Ингрем показал, что серповидно-клеточная анемия наследуется как моногенный признак и обусловлена изменением аминокислотного состава гемоглобина. Но поскольку выяснилось, что гемоглобин состоит из двух ?- и двух ?- полипептидных цепей плюс группировки гема, а функция его может быть изменена при мутации, затрагивающей любую цепь, гипотеза получила более точное выражение - один ген - одна полипептидная цепь.
Следующий этап исследований генов состоял в выяснении их биологической природы. Начало положили эксперименты Ф.Гриффитса в 1928 году, который открыл явление






Pодители Р А А а а



Гаметы
А А а а




Первое поколение гибридов F1
А А а А



Гаметы
А а а А






Второе поколение гибридов F2
а а а А а А А А



Рис.13. Иллюстрация цитологических основ
законов Менделя.

трансформации при изучении пневмококковой инфекции у мышей. Если он инфицировал мышей смесью живых авирулентных пневмококков и убитых нагреванием вирулентных, мыши погибали. Значит, какой-то компонент убитых бактерий превращал невирулентных в вирулентные. В 1944 году Эвери показал, что трансформирующим агентом является ДНК. Это было неожиданным. Хотя уже знали, что ДНК является основным компонентом эукариотических клеток, никто не предполагал, что она входит в состав пневмококков. Эвери так подробно описывает полученное им трансформирующее вещество, что нам не трудно увидеть в нем ДНК! Однако еще долгое время оставалось скептическое отношение к ДНК как генетическому материалу, в основном из-за ошибочного представления о монотонности структуры ДНК. Обескураживало также и то, что молекула ДНК намного длиннее белка.
После выяснения Уотсоном и Криком структуры ДНК стало понятно, что именно ДНК - носитель генетической информации и начался следующий этап - изучение молекулярной структуры генов и генетического кода. Представление о том, что каждая цепь ДНК служит матрицей при синтезе комплементарной цепи при репликации ДНК, оказалось главным для формирования представлений о природе генов и их связи с синтезом белка.
Первое определение гена на молекулярном уровне предложено в начале 40-х годов 20 века на основании изучения генетики нейроспоры. Это привело к формулировке - ген - это область, кодирующая один фермент. Затем это понятие уточнили еще более - ген - это область ДНК, кодирующая одну полипептидную цепь белка или одну структурную РНК (тРНК, рРНК, мяРНК). Этим представлениям не противоречил открытый в 70-х годах феномен прерывистости генов эукариот. А вот открытие альтернативного сплайсинга определенно требует внесения поправки в определение гена. Подходит такое определение - ген - это последовательность ДНК, которая транскрибируется как отдельная единица и кодирует одну или несколько полипептидных цепей белка или РНК.
Выяснение структуры генов изменило их определение. Гены могут быть прерывистым, по образному выражению Уолтера Гилберта, состоят из кусков (экзон-интронное строение), могут перекрываться (считывание с разных рамок), за счет альтернативного сплайсинга один ген может кодировать разные полипептиды. Как, исходя из этого, дать определение гена? Получается, что правильным является утверждение - одна полипетидная цепь - один ген. В этом случае мы можем считать геном последовательность ДНК (экзоны и интроны), отвечающую за синтез полипептида, игнорируя то, что в него входит другой ген, кодирующий другой полипептид.
Самый трудоемкий и дорогостоящий в истории биологии международный проект "Геном человека" практически завершен в 2001 году. В феврале 2001 года опубликована последовательность нуклеотидов в геноме человека. Пока в нем содержится много пробелов и неточностей. Однако уже сейчас можно сделать ряд принципиальных заключений.
Кодирующая часть ДНК человека составляет не более 3%, остальная представлена интронами генов, повторяющимися последовательностями и межгенными участками.
В человеческом геноме 31780 генов по данным Международного проекта "Геном человека" и 39114 генов по данным коммерческой фирмы Celera genomics. В то же время протеом человека содержит более 250000 различных белков. По-видимому, геном экономно использует гены. (См. гл.8 об альтернативном сплайсинге)
Типичный ген человека содержит 28000 пар оснований и имеет в среднем 8 экзонов. При этом кодирующая его часть состоит из 1340 п.н. и кодирует белок, сотоящий из 447 аминокислотных остатков. Самый большой ген - ген белка дистрофина. В нем 2,4 млн. пар нуклеотидов. Наибольшее число экзонов в гене титина, белка, ответственного за пассивную эластичность скелетных мышц. 3% генов могут транскрибироваться с различными рамками считывания.
40% мРНК подвергаются альтернативному сплайсингу. Таким образом, одна последовательность ДНК может кодировать более одного вида мРНК и несколько разных пептидов.
Практически каждый ген человека имеет вариабельность в нуклеотидной последовательности. В некоторых генах, например, генах системы главного комплекса совместимости тканей, полиморфизм беспрецедентен. Биологическая значимость генетического полиморфизма очевидна. Например, делеция 32 п.н. в гене хемокинового рецептора приводит к устойчивости людей к заражению вирусом иммунодефицита человека. Сравнивая полиморфизм в определенных генах у больных и здоровых людей, можно установить те вариации, которые ассоциированы с заболеванием.
Подготовлен список 923 генов, вызывающих моногенные наследственные заболевания и повышающие шанс развития заболеваний.
ДНК, не кодирующая ни белки, ни РНК, составляет более 50% генома. Френсис Крик назвал ее эгоистической или паразитической. Эта ДНК состоит из повторяющихся последовательностей. Клонирование их затруднено или невозможно, поэтому они фактически не расшифрованы. Именно такая ДНК обусловливает явление так называемого С парадокса (от content-содержание). Парадокс в том, что нет корреляции между количеством ДНК в геноме и положением организма на эволюционной лестнице.
Считается, что эгоистическая ДНК возникла в результате обратной транскрипции. Повторы делятся на 5 классов:
1. Короткие рассеянные по всему геному повторы, возникшие из подвижных элементов. Они составляют около 45 % генома.
2. Псевдогены, т.е. неактивные копии генов
3. Простые повторы, состоящие из 1-13 оснований - микросателлиты, либо длинные, состоящие из 14-500 оснований минисателлиты (3%)
4. Повторы больших сегментов ДНК (5%)
5. Тандемные повторы в центромерных и теломерных участках
В геноме человека обнаружено 223 гена, продукты которых похожи на белки бактерий. Считается, что это результат горизонтального переноса генов.
Секвенирование генома человека показало его усложнение по сравнению с другими организмами. В геноме человека по сравнению с другими представителями животного мира увеличено число генов, участвующих в иммунологических процессах, в развитии и функционировании нервной системы, транскрипции, трансляции и апоптозе. Тем не менее, в геноме человека наблюдается сравнительно небольшое увеличение генов, кодирующих белки - в 2 раза больше, чем у червя C. elegans и мухи D. melanogaster. Значит, усложнение генома человека связано не с увеличением числа генов, кодирующих белки, а с увеличением числа белков за счет сложных механизмов регуляции, альтернативного сплайсинга, посттрансляционной модификации, нелинейной сети регуляторных процессов.
Полученные сведения о геноме человека окажут со временем огромное влияние на медицину и на всю нашу жизнь. Уже сейчас ощущаются выгоды от полученных результатов - появились новые методы генетического тестирования, находящие применение в медицине и криминалистике, методы генной терапии, трансгенеза и т.д., сопряженные, правда, с рядом этических проблем. Однако для полномасштабного использования результатов выполненного проекта дело дойдет не скоро. Сейчас ученые только прочли всю последовательность нуклеотидов в хромосомах человека. Если эту информацию записать на бумаге, она займет 6000 км, 200 томов по 1000 страниц каждый. Однако не гигантский объем информации является препятствием для ее использования, а то, что мы фактически мало знаем о ее назначении. Оказалось, что геном человека включает всего 30 000 генов, занимающих около 3% ДНК. Остальная часть ДНК некодирующая. Представление о том, что она является мусорной, не доказано. Основатель проекта Джеймс Уотсон считает, что полученную информацию придется осмысливать в течение нескольких десятилетий. Второй этап исследований как раз и связан с изучением функций генома. В 1998 году стартовали два проекта - немецкий и американский, посвященные сопоставлению геномов приматов, отряда, к которому принадлежит и человек. Еще Клавдий Гален во II веке н.э. проанатомировав много обезьян, сказал, что это "смешные копии" людей. В настоящее время выяснено, что обезьяны и люди похожи не только внешне, но и на уровне ДНК. ДНК человека и шимпанзе идентичны более чем на 90%. Между тем перепутать человека и шимпанзе мудрено. Парадокс! Какие же гены делают человека человеком? Пока это остается загадкой. Но уже есть предположение, что изменения не в генах, а в их регуляции.

5. 1. Генетическая система митохондрий

Митохондрии - важнейшие клеточные органеллы, присутствующие во всех ( за небольшим исключением) эукариотических клетках. В них осуществляются реакции окислительного фосфорилирования, идущие с выделением энергии, которая запасается в макроэргических связях АТФ. Митохондрии, как и пластиды, относительно автономны. Митохондрии окружены двойной мембраной и имеют собственный генетический аппарат, обладающий рядом особенностей.
ДНК митохондрий кольцевая двуспиральная. В митохондриальном геноме человека 16569 пар нуклеотидов, кодирующих 13 белков, 22 тРНК и 2 рРНК.
В генетическом коде митохондрий имеется ряд отклонений от универсальности генетического кода. Так, в митохондриях человека кодон AUA кодирует метионин, а не лейцин, как в универсальном коде. Кодоны AGA и AGG, кодирующие в ядерном коде лейцин, в митохондриях являются терминирующими кодонами, а стоп-кодон UGA кодирует в митохондриях аминокислоту триптофан.
Другой необычной чертой генетической системы митохондрий являются особенности узнавания кодонов мРНК антикодонами тРНК. Одна митохондриальная тРНК узнает 4 кодона, различающиеся третьим нуклеотидом, так что в синтезе белка в митохондриях используется всего 22 тРНК, а не 62, как в цитоплазме эукариотической клетки.
В митохондриях сильно развито редактирование мРНК. Обычно это замена C на U в определенных местах.
В митохондриальной мРНК происходит сплайсинг. При этом вырезаемые интроны могут кодировать белки-матюразы, которые и осуществляют вырезание интронов.
В митохондриальной ДНК иногда наблюдается перекрывание генов. Так, в митохондриях курицы ген тирозиновой тРНК перекрывается одним нуклеотидом с геном цистеиновой тРНК.
Размножаются митохондрии делением, никогда не возникая de novo.
Рибосомы митохондрий очень мелкие, при этом в них отсутствуют малая рибосомная единица и многие белки рибосом. Эти особенности обусловливают нечувствительность митохондрий к антибиотикам, эритромицину и хлорамфениколу (левомицетину), ингибирующим синтез белка в бактериях. Поэтому указанные антибиотики менее токсичны для человека.
Поскольку митохондрии находятся в центре энергетического обмена клетки, любое нарушение в них не может не отразиться на основных функциях организма. Клеточный энергетический кризис ведет к включению механизма запрограммированной гибели клетки - апоптозу. Вообще митохондрии представляют центр контроля апоптоза. Если митохондрии не справляются с удалением активных форм кислорода, последние инициируют открытие пор во внешней мембране и выход в цитозоль белка, ответственного за развитие каскада реакций, ведущих к синтезу протеаз и нуклеаз и к апоптозу.
Нарушения в геноме митохондрий наследуются по материнской линии, поскольку новорожденный получает их из яйцеклетки. Митохондрии сперматозоидов при оплодотворении не попадают в яйцеклетку. У человека выявлен ряд наследственных заболеваний, обусловленных мутациями в митохондриальной ДНК. К ним относятся энцефало- и миелопатии, аритмии, ацидоз, некоторые виды глухоты и слепоты.

5. 2. Геномы вирусов

У вирусов разнообразны способы хранения генетической информации и ее реализации. Оба типа нуклеиновых кислот используются вирусами для записи и хранения генетической информации. При этом в вирусах они встречаются во всем разнообразии форм - односпиральные, двуспиральные, линейные, кольцевые и фрагментированные.
Большинство вирусов полиомиелит, вирус табачной мозаики, вирус клещевого энцефалита и др.) содержат РНК (+РНК), которая при попадании вируса в клетку сразу начинает транслироваться. В результате образуются вирусные белки, необходимые для размножения вируса, в частности РНК-зависимая РНК-полимераза. По сути, эти вирусы представляют мРНК, в изящной и надежной упаковке из белка. Чтобы начать инфекционный процесс, им ничего не нужно, кроме белоксинтезирующего аппарата клетки. Однако в естественных условиях в клетку попадает немного вирусных частиц и их мРНК трудно выдержать конкуренцию с клеточными мРНК за рибосомы.
Есть вирусы ( вирус гриппа, кори, бешенства, желтой карликовости картофеля и др.), в геноме которых находится РНК (- РНК), комплементарная той, которая будет транслироваться. Кроме того, в их вирионе вместе с -РНК упакован фермент РНК-зависимая РНК-полимераза. Она копирует РНК, с образованием +РНК, которая, как и в первом случае, использует рибосомы клетки для синтеза своих белков. У другой группы вирусов, к которой относятся ротавирусы, вызывающие кишечные расстройства, РНК двуспиральная (? РНК), а также имеется фермент РНК-зависимая РНК-полимераза, Новое поколение вирусов образуется по сходному с предыдущим механизму.
У вирусов - возбудителей герпеса и оспы, в геноме находится двуспиральная ДНК, которая сначала транскрибируется, а потом трансляция мРНК приводит к образованию вирусных белков и вирионов. Ферменты, необходимые для осуществления этих процессов, вирус берет у клетки.
Вирусы с односпиральным ДНК-геномом сначала его дуплицируют, а затем все происходит, как в предыдущем варианте.
Ретровирусы - ВИЧ (см. рис.3) и онкогенные вирусы, имеют +РНК, но сценарий, по которому развивается инфекционный процесс, отличается от описанного в пункте 1. В вирусном геноме закодирован необычный фермент - ревертаза, который обладает свойствами как РНК-зависимой, так и ДНК-зависимой ДНК-полимеразы. Этот фермент при попадании вируса в клетку обеспечивает синтез одноцепочечной ДНК, а затем двуспиральной ДНК.
У вируса гепатита В генетический материал в виде двуспиральной ДНК, но реплицируется она иначе, чем описано в пункте 4. Сначала с ДНК транскрибируется +РНК, которая служит матрицей для синтеза белков и ДНК. Синтез ДНК осуществляется ревертазой по схеме, которая реализуется у ретровирусов.
Конкретные способы выражения генетической информации внутри упомянутых 7 групп вирусов также разнообразны. Синтез белков у одних происходит на индивидуальных мРНК, а у других - сначала образуется высокомолекулярный полипептид-предшественник, который потом разрезается на отдельные зрелые белки. Репликация генома одних вирусов происходит в клеточном ядре, другие всю свою жизнь проводят в цитоплазме. Надеюсь, Вы убедились, дорогой читатель, как поразительно разнообразие реализации генетической информации вирусов.

Глава 6. РЕПЛИКАЦИЯ ДНК

Репликация - это процесс воспроизведения ДНК, обеспечивающий передачу генетической информации из поколения в поколение и развитие многоклеточного организма из оплодотворенной яйцеклетки. На основании структуры ДНК, состоящей из двух комплементарных антипараллельных цепей, можно легко представить, что цепи при репликации расходятся, а потом каждая цепь служит матрицей, по которой синтезируется комплементарная ей цепь ДНК. В каждой дочерней клетке хромосомы состоят из одной двуспиральной молекулы ДНК, одна цепь которой является родительской, а другая - вновь синтезированной. Такой характер репликации получил название полуконсервативного (рис.14).


Рис.14. Полуконсервативный принцип репликации ДНК.

Рис.15. Схема репликации ДНК

Осуществляет репликацию фермент ДНК-полимераза, а его субстратами являются дезоксирибонуклеозидтрифосфаты, полимеризующиеся на одной цепи ДНК (рис.15). Фермент наращивает цепь ДНК в направлении 5'- 3', при этом присоединение нового нуклеотидного остатка сопровождается гидролизом богатой энергией связи между первым и вторым фосфорными остатками в дезоксирибонуклеозидтрифосфате и отщеплением пирофосфата, что делает реакцию энергетически выгодной. ДНК, имеющая огромные размеры, реплицируется с высокой скоростью - у бактерий 500 пар нуклеотидов в секунду, у человека - 50. При этом соблюдается высокая точность репликации. Так, у человека при репликации ДНК длиной 3 млрд. пар нуклеотидов возникает не больше трех ошибок. Это обеспечивается во многом работой самой ДНК-полимеразы, которая осуществляет коррекцию, дважды проверяя соответствие каждого нуклеотида матрице - перед включением его в состав цепи и перед тем, как присоединить следующий нуклеотид. Очередная фосфодиэфирная связь образуется только при условии, что последний включенный нуклеотид образовал правильную уотсон-криковскую пару с нуклеотидом матрицы. Если произошла ошибка, фермент перемещается в обратном направлении и вырезает неправильное звено.
ДНК-полимераза не может начать синтез на ДНК-матрице, а способна только добавлять новые нуклеотиды к уже имеющейся полинуклеотидной цепи. Поэтому она нуждается в затравке. Роль затравки выполняет короткая последовательность РНК, синтезируемая из рибонуклеозидтрифосфатов ферментом, РНК-полимеразой (праймазой), который не обладает корректирующей активностью. В процессе репликации затравка удаляется, а бреши застраиваются ДНК-полимеразой с высокой точностью. Чтобы началась репликация, цепи ДНК должны разделиться хотя бы на время. Репликация начинается одновременно сразу в нескольких точках. Для этого используются специальные ферменты ДНК-геликазы. Используя энергию АТФ, они быстро движутся по одиночной цепи, разрывая водородные связи. Этот процесс начинается в точке начала репликации, которая называется репликационным глазком (рис.16)
























Рис.16. Образование репликационной вилки и репликационного глазка.

Сайты инициации репликации имеют определенные последовательности ДНК. В геноме их может быть тысячи. Расплетенная ДНК образует репликационную вилку. В ней одиночные цепи связаны с особыми дестабилизирующими белками, не дающими цепям сомкнуться. При этом они не закрывают оснований ДНК, оставляя их доступными для спаривания. Чтобы репликационная вилка могла двигаться, неудвоенная скрученная часть ДНК должна вращаться. Это обеспечивают ферменты - топоизомеразы. Они вносят в цепь ДНК одно- и двухцепочечные разрывы, позволяющие цепям раскрутиться, а потом заделывают эти разрывы.
Отдельные белки, участвующие в репликации, объединены в крупный комплекс, включающий около 20 полипептидов и называющийся реплисомой. Репликация ДНК приурочена к фазе S клеточного цикла, которая у типичных эукариотических клеток длится около 8 часов. После окончания репликации каждая хромосома представлена двумя копиями ДНК, которые остаются связанными в области центромер до наступления митоза. Различные области хромосомы в S-фазе реплицируются в разное время. При этом активный хроматин реплицируется в ранней S-фазе, а высококонденсированный хроматин - в поздней. В митозе по одной копии ДНК оказывается в дочерних клетках.
Есть еще один принцип репликации. Дело в том, что новая цепь ДНК растет только в направлении 5'- 3'. Вспомнив, что цепи ДНК антипараллельны, легко представить, что только одну матричную цепь фермент может считывать непрерывно, на второй матричной цепи фермент, работая в том же направлении, считывает отдельные небольшие фрагменты длиной от 100 до 1000 нуклеотидов. Эта цепь ДНК называется отстающей, в отличие от другой - ведущей, а фрагменты - в честь обнаружившего их ученого фрагментами Оказаки. После удаления РНК-овой затравки бреши застраиваются, как и на ведущей цепи. Удаление праймера на отстающей цепи приводит к укорочению 5'-конца дочерней цепи на размер первого праймера (10-20 нуклеотидов). При этом 3'-конец материнской цепи оказывается выступающим, он называется оверхенг (рис.17).
Укорочение хромосом в каждом цикле репликации примерно на 50 нуклеотидов происходит во всех соматических клетках организма. Однако это не приводит к нарушению функции хромосом. Это обусловлено тем, что на концах хромосомы существуют особые



















Рис.17. Схема, иллюстрирующая возникновение 5'-недореплицированного конца
хромосомы и синтез теломерной ДНК с помощью теломеразы.

структуры - теломеры, образованные ДНК в комплексе с белками. Существование таких структур на концах хромосом было постулировано в 1938 году классиками генетики, лауреатами Нобелевской премии Барбарой Мак-Клинток и Германом Меллером. Лишенные теломер, хромосомы сливаются, что ведет к тяжелым генетическим аномалиям. В последние годы выяснилось, что теломеры не только предотвращают деградацию и слияние хромосом, но и ответственны за прикрепление их к ядерной оболочке. Теломерная ДНК представлена многократно повторенными гексамерами TTAGGG, общая длина которых у человека может достигать 10 тысяч пар нуклеотидов. Поскольку теломерные последовательности ДНК не являются кодирующими, их укорочение в каждом раунде репликации лишь сокращает нетранскрибируемый текст теломеры. Тем не менее, это не проходит для клетки даром. Через определенное число делений концевая недорепликация приводит к дестабилизации генома, клетки впадают в состояние, называемое по-английски senescence - одряхление и затем погибают.
В 1961 году Леонард Хейфлик опубликовал результаты своей многолетней работы, свидетельствующей о том, что в культуре ткани, несмотря на обновление питательной среды, клетки делятся ограниченной число раз, что существует счетчик, считающий эти деления. После исчерпания этого предела (предел Хейфлика) клетки погибают. В 1967 году наш соотечественник, ныне здравствующий А. М. Оловников на основании общих представлений о механизмах репликации предположил, что при репликации линейной матрицы происходит ее недорепликация. Реплика всегда короче, чем матрица. Он высказал также гипотезу, что постепенное укорочение хромосом может лежать в основе ограниченного для каждого вида клеток потенциала деления, так называемого предела Хейфлика. Гипотеза Оловникова долгое время оставалась умозрительной, пока не был обнаружен и выделен фермент, который может реплицировать концы хромосом. Фермент назвали теломеразой. Теломераза - это РНК-содержащий белок, который осуществляет синтез ДНК по РНК-матрице, т.е. фермент обладает свойствами обратной транскриптазы. РНК в еге составе служит матрицей для синтеза теломерной ДНК, а белок катализирует этот процесс. Механизм действия теломеразы связан с повторным копированием , включающим этап элонгации, когда дезоксирибонуклеотиды добавляются к 3'- концу цепи теломеры, и транслокацией фрагмента на конец новобразованной цепи (рис.18).
Гены теломеразы работают в половых, опухолевых клетках и в клетках иммортализированных (бессмертных) культур. Возникает вопрос, какова роль репрессии теломеразы в соматических клетках? Можно считать установленным, что репрессия теломеразы ответственна за старение клеток в культуре ткани (предел Хейфлика) и, возможно, имеет отношение к старению организма.
















Рис.18. Этапы синтеза теломерного повтора теломеразой.

В 1998 году средства массовой информации сообщили о том, что американским ученым удалось преодолеть предел Хейфлика - вместо того, чтобы умереть, клетки человека в культуре ткани оставались юными, т.е. они потеряли способность стариться. Газеты откликнулись на это сообщение сенсационными заявлениями, что генетики нашли средство от старения, что таким образом достижимым представляется бессмертие. Действительно, ученым удалось заставить работать один из генов теломеразы в клетках, в которых он был молчащим. Открывает ли это путь к бессмертию?
Не все ясно в этом вопросе. На самом деле укорочение теломер, скорее всего, действительно является индикатором количества делений клеток. И только. Механизмы старения разнообразны. Например, у мышей теломера в 3 раза длиннее, чем у человека, но при этом они не живут дольше человека. В то же время получены мыши, у которых ген теломеразы нокаутирован, т.е. от не работает ни в каких клетках. Так вот у этих мышей наблюдаются признаки раннего старения, подобные тем, которые возникают у людей при прогерии Вернера (синдроме раннего старения) и продолжительность жизни животных оказалась сниженной на 25%. Однако из этих исследований вытекают важные выводы. Известно, что в злокачественных клетках теломераза активна, и это один из главных механизмов, обеспечивающих бессмертие опухолевых клеток. Следовательно, если избирательно ингибировать эту активность в опухолевых клетках, можно добиться торможения роста опухоли. В настоящее время это одно из направлений в терапии опухолей. Так, испытываются ингибиторы теломераз, ингибиторы теломеразной РНК, антисенс-терапия и т.д.
Итак, принципы репликации заключаются в следующем:
Комплементарность - каждая из двух цепей материнской молекулы ДНК служит матрицей для синтеза дополняющей ее, т.е. комплементарной дочерней цепи.
Полуконсервативность - в результате репликации образуются две двойные дочерние спирали, каждая из которых сохраняет в неизменном виде одну из цепей материнской ДНК.
Униполярность - ДНК-полимераза перемещается по матричным цепям в направлении от 3' к 5' -концам. При этом синтез комплементарных цепей всегда ведется от 5' к 3', т.е. униполярно.
Прерывистость - репликация начинается одновременно в нескольких местах молекулы ДНК. Участок между двумя точками, в которых начинается синтез дочерних цепей, называется репликоном. В каждом репликоне - репликационная вилка, которая перемещается вдоль молекулы ДНК. Одна цепь ДНК (лидирующая) реплицируется непрерывно, а другая (отстающая) прерывисто - в виде фрагментов по несколько сот нуклеотидов, фрагментов Оказаки.
Потребность в затравке - ДНК-полимераза не способна начать синтез ни лидирующей цепи, ни фрагментов Оказаки. Она может лишь наращивать уже имеющуюся полинуклеотидную цепь. Начальный концевой 5- участок - затравку, или праймер, размером до 20 нуклеотидов синтезирует особая форма РНК-полимеразы, называемая ДНК-праймазой.
Недорепликация ДНК - удаление праймеров, комплементарных 3'-концам ДНК приводит к укорочению ДНК в каждом цикле репликации.

Глава 7. РЕПАРАЦИЯ ДНК.

Последовательность оснований во вновь образованной цепи ДНК должна быть воспроизведена правильно, поскольку информация, которую она несет, необходима клетке и всему организму в течение всей жизни. Включение даже одного неправильного основания может привести к серьезным последствиям вплоть до летального исхода. Однако при огромном количестве нуклеотидов ДНК ошибки неизбежны. Механизм, с помощью которого ДНК-полимераза подбирает правильный нуклеотид к основанию матрицы, основан на том, что в соответствии с моделью Уотсона-Крика все пары комплементарных оснований имеют одинаковую геометрическую форму, отличную от любой другой пары оснований и это строго распознается ферментом. Образование водородных связей между правильными парами и между основаниями одной цепи также способствуют правильному выбору, поскольку это сопряжено с высвобождением энергии. Этот механизм имеет предел точности. ДНК-полимераза может совершать ошибки с частотой одно основание на 106 оснований. Это дало бы слишком большой уровень мутаций.
ДНК является объектом атаки многих физических и химических факторов. Они называются мутагенными. Репарация ДНК - это свойство восстанавливать повреждения, возникающие вследствие действия мутагенных факторов. Мутагенные факторы весьма разнообразны по своей природе и многочисленны. Это и физические, и химические, и биологические факторы. В клетке ДНК находится в виде полианиона и ее нативная структура сохраняется в виде двунитевой структуры только при существовании определенной концентрации катионов. Изменение этой концентрации также может оказывать сильный мутагенный эффект.
Одними из наиболее распространенных биологически активных веществ, влияющих на ДНК, являются ионы металлов, таких как медь, кадмий, ртуть. Даже при малых концентрациях они приводят к локальным повреждениям ДНК - распаду двойной спирали, одно- и двунитевым разрывам, что проявляется хромосомными аберрациями, точечными мутациями и другими нарушениями структуры и функции ДНК. Совместное действие ионов металлов и ионизирующих излучений приводит к резкому усилению (синергизму) их влияния на хромосомные перестройки. Это показали многие экспериментальные исследования, а также исследования животных и людей, оказавшихся в зоне катастрофы на Чернобыльской АЭС.
Другая группа биологически активных веществ - это органические молекулы, природного происхождения и синтетические. Их можно разделить на две подгруппы: 1) вещества, при взаимодействии с ДНК укладывающиеся в бороздки ДНК, взаимодействуя с фосфатными группами и атомами азотистых оснований; 2) вещества, встраивающиеся между плоскостями оснований. Их называют интеркаляторами. К первой группе относится ряд активных современных противомикробных и противоопухолевых лекарственных препаратов - дистамицин, нетропсин и др. Механизм их действия обусловлен ингибированием деятельности ферментов, обеспечивающих функционирование генетического аппарата микроорганизмов и опухолевых клеток. Ко второй группе относятся широко распространенные акридиновые красители, антрациклиновые антибиотики (адриамицин), краситель этидий бромид и противомалярийное средство - акрихин. Встраиваясь между соседними парами оснований ДНК, они деформируют двойную спираль ДНК, изменяя ее гибкость. Алкилирующие соединения (циклофосфан, алкеран, сарколизин и др.) осуществляют замену протонов, участвующих в водородных связях, на алкильные группировки - СН3 и С2Н5. Многие интеркаляторы являются хорошими люминофорами, т.е. светятся в определенном спектре лучей. Поэтому их используют для люминесцентного окрашивания ДНК in vivo. Избирательное связывание красителя с ДНК может быть обеспечено и ковалентным присоединением его к олигонуклеотиду, специфически связывающемуся с конкретным сайтом ДНК. Такие олигонуклеотиды называются антисмысловыми, или антисенс олигонуклеотидами. Использование их может повысить избирательность действия химиопрепарата. При этом гарантируется сохранение функции генома хозяина.
Спонтанные мутации, которые встречаются с частотой 1 на 109, очень быстро изменили бы нуклеотидные последовательности ДНК, если бы не было механизма репарации.
Открытие и детальное изучение процессов репарации ДНК, произошедшее сравнительно недавно, менее полувека назад, стало одним из интереснейших и важных достижений молекулярной биологии. В настоящее время описано много механизмов репарации. Одни более просты и происходят непосредственно после мутагенного воздействия, другие требуют синтеза новых ферментов и поэтому отсрочены во времени. Некоторые реакции идут до того, как клетка вступит в новую фазу деления; другие могут проходить и после того, как клетка закончит деление. Главный принцип репарации ДНК основан на том, что при изменении информации в одной цепи, во второй она сохраняется в неизмененном виде. В 1994 ферменты репарации были названы молекулами года.
Рассмотрим некоторые виды репарации. Репарация образования димеров пиримидиновых оснований. Двойная связь между пятым и шестым атомами углерода в составе пиримидиновых оснований ДНК может рваться под влиянием мутагенов, в частности ультрафиолетового света. В результате атомы остаются связанными одной связью, а при разрыве и этой связи образуются две свободные валентности. Они могут замкнуться с образованием димера пиримидинового основания. (рис.19). Для исправления димеризации существует фермент фотолиаза, который распознает димеры, присоединяется к ним и разрывает непозволительную связь. Фотолиаза активируется светом. Этот фермент есть у про- и нисших эукариот, у человека его нет.
Репарация О6 -алкилированного гуанина. Алкилирующие соединения, в частности, присоединяют метильную группировку к гуанину (Рис.20). В клетке есть метилтрансферазы, которые захватывают метильную группу от метилированного гуанина и восстанавливают структуру ДНК. Как правило, в клетке образуется достаточно молекул метилтрансфераз, чтобы обеспечить нужды репарации. В противном случае мутации такого рода не будут репарированы.















Рис.19. Образование димеров тимина.

Репарация АП-сайтов ( отсутствие пуринов или пиримидинов) за счет прямой вставки пуринов и пиримидинов. При некоторых типах повреждений ковалентная связь между сахаром и основанием (гликозидная связь) рвется, в результате чего в цепи образуется брешь. Исходный неповрежденный вид ДНК восстанавливают ферменты инсертазы.
Репарация однонитевых разрывов ДНК. Такой тип повреждений индуцируется ионизирующим облучением. В восстановлении повреждения участвуют ферменты полинуклеотидиллигазы, которые восстанавливают разорванные концы ДНК.




Рис.20. Метил-гуанин.



Эксцизионная репарация. Механизм ее подобен хирургическому вмешательству, когда поврежденные участки вырезаются, а образовавшиеся бреши восстанавливаются неповрежденным материалом. Это происходит за счет работы гликозилаз, которые узнают поврежденные основания ДНК, присоединяются к ним, разрывают гликозидные связи и образуют АП-сайты. Восстановление последних описано выше. Другим типом эксцизионной репарации является более сложная и энергетически более дорогая реакция вырезания значительного участка цепи ДНК перед и позади повреждения (рис. 21). Этот тип репарации осуществляется целым комплексом ферментов. Так, у человека вырезание поврежденного участка идет при совместной работе 17 ферментов, называемых эксинуклеазой, застройка бреши также требует участия нескольких ДНК-полимераз.
Репарация неспаренных оснований. Включенные в строящуюся цепь некомплементарные нуклеотиды называются мисмэтчами. Исправление такого рода нарушений осуществляет ДНК-полимераза. Двигаясь в направлении от 5'-конца синтезируемой цепи к 3'-концу, она может делать шаг назад и вырезать последний нуклеотид, если он некомплементарен нуклеотиду материнской цепи. В этом случае матричная цепь служит эталоном. Как фермент узнает, какую цепь надо исправить? В принятии решения ему помогает метилирование аденина в положении ГАТЦ в матричной, но не в дочерней цепи. В дочерней цепи до окончания репликации аденины еще не метилированы.
SOS- репарация. Что происходит, когда клетка подошла к моменту репликации ДНК, а ни одна из перечисленных репарационных систем не смогла устранить повреждение? Репликация застопорится при первом же встреченном нарушении и если их к клетке много, она обречена на гибель. В этих условиях в клетке активируется весьма рискованный механизм репликации. Индуцируется синтез ряда белков, которые соединяются с ДНК-полимеразой, "загрубляют" ее работу и такой подпорченный комплекс становится способным строить дочернюю цепь напротив подпорченной матричной цепи. Естественно при этом возникает много мутаций. Механизм удачно назвали SOS- репарацией, имея в виду аналогию с международно признанным сигналом бедствия (SOS- спасите наши души!). Клетка в результате спасается от гибели, ее ДНК оказывается удвоенной, хотя и с ошибками. Однако, если затронуты жизненно важные функции, она в дальнейшем все равно погибнет. Если же переживет, ее потомки навсегда будут нести последствия мутационной катастрофы.
Повреждение отдельных этапов репарации ведет к развитию наследственных заболеваний. У человека список таких болезней пополняется все новыми примерами.


























Рис.21. Схема эксцизионной репарации ДНК

Глава 8. ТРАНСКРИПЦИЯ

В 50-х годах Ф. Крик сформулировал знаменитую догму молекулярной биологии - генетическая информация, хранящаяся в ДНК, передается белкам через РНК по схеме ДНК - РНК - белок. Современная схема этих процессов представлена на рис. 22.



Рис. 22. Общая схема реализации генетической информации

В 1962 году РНК-преносчик информации от ДНК была найдена у разных про- и эукариотических организмов. Ее назвали матричной или информационной РНК - мРНК. Процесс образования мРНК на ДНК-матрице называется транскрипцией ( от англ. Transcriptio - переписывать).
РНК - полинуклеотид, похожий на ДНК, однако в ней есть некоторые отличия от ДНК: сахар в РНК представлен рибозой (ОН, а не Н- группа во втором положении); РНК - одноцепочечная молекула, из четырех азотистых оснований в РНК отсутствует тимин, вместо него - урацил, составляющий комплементарную пару с аденином (См. рис 11).
Синтез матричной РНК катализирует фермент РНК-полимераза; в эукариотических клетках их три типа - I, II и III. РНК-полимераза II осуществляет транскрипцию белковых генов, I рибосомных РНК, Ш - транспортных и малых ядерных РНК. Строительным материалом для синтеза РНК служат аденил-, гуанил-, цитозил- и урацилрибозилтрифосфаты. При этом, как и при репликации ДНК, основным принципом синтеза является принцип комплементарности азотистых оснований.
Для того, чтобы началась транскрипция, две цепи ДНК должны временно разъединиться, транскрибируется всегда одна цепь ДНК. Фермент РНК-полимераза способна инициировать синтез новой цепи, поэтому, в отличие от ДНК-полимеразы, ей не нужен праймер. РНК-полимераза осуществляет последовательное наращивание цепи РНК, используя в качестве субстратов рибонуклеозидтрифосфаты и одну из цепей ДНК в качестве матрицы. По сравнению с длинной молекулой ДНК молекула РНК невелика. Ее длина соответствует участку ДНК, в котором закодирована информация для синтеза одной полипептидной цепи белка или РНК. Поскольку в клетке одномоментно синтезируется множество белков, то и образуется множество мРНК. У прокариот они оказываются непосредственно в цитоплазме, где и находится белоксинтезирующий аппарат, а у эукариот - поступают в цитоплазму из ядра.
Цепь ДНК, служащую матрицей для синтеза РНК, называют матричной, а противоположную - нематричной. Последовательность нуклеотидов в матричной РНК такое же, как в нематричной цепи ДНК. Поэтому давайте условимся называть нематричную цепь ДНК кодирующей и смысловой, а матричную - некодирующей и несмысловой.
5' ЦГАТГЦАТ 3' - нематричная, кодирующая, смысловая цепь ДНК
3? ГЦТАЦГТВ 5? - матричная, некодирующая, несмысловая цепь ДНК
5' ЦГАУГЦАУ 3' - цепь мРНК.
Понятно, что ген функционирует только в качестве матрицы для синтеза мРНК, последовательность оснований в которой соответствует нематричной цепи ДНК. Другими словами, ген - это фрагмент ДНК, который транскрибируется в РНК. Большая группа генов кодирует транспортные и рибосомные РНК, которые не являются матричными. Их роль в биосинтезе белка будет описана позднее.
Транскрипция мРНК проходит в три фазы - инициация, элонгация и терминация.
Фаза инициации. Рассмотрим сначала, как эта фаза проходит у прокариот (рис. 23). Процесс осуществляется ферментом РНК-полимеразой, которая состоит из нескольких отдельных взаимодействующих друг с другом субъединиц. РНК-полимераза присоединяется к определеному участку в начале гена, называемому промотором. Промоторы генов бактерий имеют определенную нуклеотидную последовательность, узнаваемую РНК- полимеразой. Однако для успешного связывания с промотором РНК-полимеразе помогают белки - сигма-факторы. Существуют белки, которые в клетках бактерий выключают и включают гены, они












Рис. 23. Транскрипция и ее регуляция у прокариот.















называются, соответственно, репрессорами и активаторами. Связываясь с ДНК, молекулы репрессора препятствуют присоединению РНК- полимеразы, таким образом регулируется, в частности, транскрипция генов, кодирующих белки, необходимые для расщепления сахаров.
Механизм действия репрессора обусловлен его взаимодействием с оператором. Иногда оператор перекрывается с областью промотора. При достаточном количестве сахара он взаимодействует с репрессором, изменяет его конформацию, после чего такой репрессор уже не способен связываться с ДНК. В результате начинают работать гены, обеспечивающие расщепление сахаров. Белок-активатор соединяется с участком ДНК, отстоящим от промотора, изгибает молекулу ДНК и взаимодействуя с РНК-полимеразой, обеспечивает эффективный синтез РНК. Затем мРНК сразу же связывается с рибосомами и транслируется с образованием белка.
Транскрипция у эукариот намного сложнее (рис. 24). Синтез мРНК должен начаться с точно определенного места - нуклеотида на матрице ДНК. Каким же образом фермент РНК-полимераза оказывается в нужном месте? Сам по себе фермент сайт инициации транскрипции узнавать не может. В этом ему помогают белки - факторы транскрипции, при взаимодействии с которыми РНК-полимераза теряет способность неспецифически связываться с любым отрезком ДНК и связывается со стартовой позицией, находящейся в регуляторной части гена.
Нельзя забывать, что ДНК в хромосомах плотно упакована, прежде всего в нуклеосомах. В настоящее время одинаково принимаются две точки зрения относительно связи транскрипции с нуклеосомной упаковкой ДНК. Первая - что РНК-полимераза отодвигает нуклеосому по мере элонгации транскрипции и вторая - что РНК-полимераза может осуществлять транскрипцию через нуклеосому. В последнем случае нуклеосомные белки - октамеры гистонов- осуществляют поистине акробатические движения, чтобы позволить РНК-полимеразе перемещаться без разрушения нуклеосомы.
















Рис. 24. Транскрипционные комплексы эукариот

Некоторые гены, как например, гены домашнего хозяйства, экспрессируются постоянно, другие - тканеспецифические, только в клетках определенных тканей, третьи - активируются гормонами и т.д. Эта сложная регуляция активности генов осуществляется факторами транскрипции, белками, специфически связывающимися с ДНК. Причем в активации одного и того же гена может участвовать целый комплекс разных факторов транскрипции. В отсутствии факторов транскрипции гены находятся в выключенном состоянии.
Регуляторные районы генов - промоторы, сайленсеры, энхансеры - располагаются преимущественно в некодирующих районах генов. Они могут находиться в 5'- области гена недалеко от точки инициации транскрипции, на очень большом расстоянии от нее, а также в интронах и 3'- области. Некоторые сайты могут распознаваться несколькими транскрипционными факторами, принадлежащими к одному семейству. Но есть и такие примеры, когда один и тот же сайт узнают разные факторы из разных семейств.
ДНК-связывающие белки взаимодействуют с двуспиральной ДНК, при этом сайт-специфическое связывание происходит между боковыми группами аминокислотных остатков и основаниями ДНК в области промотора. Для промотора эукариот общим является мотив ТАТА, называемый ТАТА-боксом.. Эти взаимодействия происходят в основном в большой бороздке ДНК. ДНК-связывающие белки сгруппированы в несколько семейств. Главные из них - белки с мотивами типа спираль-виток-спираль, белки типа лейциновой молнии, белки типа цинковых пальцев, гомеодоменные белки и др. Регулирующие элементы генов - сайты для связывания факторов транскрипции у эукариот подразделяются на три типа регулирующих элементов генов - коровый промотор, энхансер и сайленсер. Если провести вполне допустимую в данном случае аналогию с работой автомобиля, то коровый промотор - это включение зажигания, энхансер - это акселератор, а сайленсер - тормоз. Энхансер и сайленсер могут находиться на большом отдалении от корового промотора, при этом взаимодействуя с факторами транскрипции, они могут изгибать ее, так что разные факторы транскрипции оказываются сближенными. Таким образом, факторы транскрипции, связывающиеся с коровым промотором (базальные факторы), необходимы для инициации транскрипции во всех генах, а взаимодействие их с энхансерами и сайленсерами определяет, с какой скоростью эта транскрипция будет идти. Одни и те же факторы транскрипции могут участвовать в регуляции активности разных генов, но набор их для разных генов отличается. В настоящее время многие представители семейств факторов транскрипции расшифрованы и это позволяет в ряде случаев управлять генной активностью.
В настоящее время показано, что к ТАТА-боксу промотора присоединяются базальные факторы транскрипции, прежде всего TBP (TATA-binding protein). Он после этого связывается с 7 белками комплекса TAF ( TATA-activating factors) и весь образовавшийся комплекс узнается РНК-полимеразой. Фермент состоит из большого числа субъединиц, его молекулярная масса более 500 кД. В процессе транскрипции наблюдается его модификация, например, фосфорилирование. Образовавшийся белковый комплекс, в котором присутствует РНК-полимераза, отодвигает нуклеосому и расплетает ДНК. По мере расплетания ДНК происходит образование мРНК. мРНК образуется только на одной цепи ДНК. Какая из цепей ДНК будет транскрибироваться, определяется промотором. У разных генов могут транскрибироваться разные цепи.
Регуляция транскрипции достигается благодаря высокоспецифичным взаимодействиям факторов транскрипции с сайтами ДНК и между собой (рис. 25). Тем самым обеспечивается образование активирующего комплекса вблизи старта транскрипции или, наоборот, создание структуры, препятствующей транскрипции. Необходимо отметить, что образование кодируемого данным геном белка определяется не только транскрипцией, но и зависит от ряда химических превращений новобразованной молекулы мРНК на пути превращения ее в зрелую мРНК.



















Рис. 25. Регуляция транскрипции стероидными гормонами.

Фаза элонгации. Цепь мРНК растет в направлении 5' - 3'. На стадии элонгации транскрипционный комплекс отличается поразительной стабильностью, позволяющей РНК-полимеразе, не покидая матрицы, синтезировать молекулы РНК длиной до 104 н. в случае бактерий и до 106 н. - в случае эукариот. Гибрид ДНК-РНК, РНК-полимераза, неспаренная нематричная нить ДНК, неспаренная нить РНК позади гетеродуплекса, а также передний и задний ( относительно хода транскрипции) ДНК-дуплексы принято называть элонгационным комплексом, потому что все эти элементы действуют как единое целое. В его составе РНК-полимераза легко скользит относительно нуклеиновых кислот, обеспечивяя расплетание и заплетание гетеро- и гомодуплексов. Очень приблизительная аналогия работы этой транскрипционной машины - это движение застежки "молния". Сразу же после начала транскрипции к 5'-концу мРНК присоединяется метилированный гуанин - кэп, защищающий мРНК от деградации и участвующий впоследствии в инициации трансляции.
Фаза терминации. Для терминации транскрипции необходима дестабилизация элонгационного комплекса. В случае бактерий это происходит в результате взаимодействия РНК-полимеразы со специальными последовательностями РНК, закодированными в ДНК, - терминаторами. Для узнавания терминаторов РНК-полимеразе требуются специальные белковые факторы. Важную роль в структуре терминаторов играют шпилечные структуры в РНК. Конкретный механизм дестабилизации элонгационного комплекса пока не установлен.

8. 2. Созревание информационных РНК, кодирующих белки.

По своим свойствам мРНК про- и эукариот отличаются. Бактериальные мРНК нестабильны (период полураспада несколько минут), они не претерпевают процессинга после синтеза и могут транслироваться в белок еще до окончания транскрипции. Все это обеспечивает быстрый контроль белкового синтеза на уровне транскрипции. В отличие от этого, мРНК эукариотических клеток стабильны, период их полураспада составляет несколько часов и даже дней. Их транскрипция и трансляция разобщены. Транскрипция происходит в ядре, а трансляция - в цитоплазме. Эукариотические мРНК синтезируются в виде предшественников, которые проходят потом стадию созревания, или процессинга. В отличие от прокариотических мРНК, которые содержат информацию для синтеза нескольких полипептидных цепей, т.е. являются полицистронными, мРНК эукариот кодируют только одну полипептидную цепь. Из всей массы мРНК, образовавшихся в ядре, только небольшая часть созревает и достигает цитоплазмы (не более 5%). Остальные разрушаются в ядре.
К 60-м годам ХХ века в молекулярной биологии сложилось представление о колинеарности гена, т.е. что ген - это непрерывный сегмент ДНК, который транскрибируется в такой же сегмент мРНК, а последняя транслируется в белок. Однако это представление было опровергнуто в 1977 году работами Ф. Шарпа и П. Робертса, показавшими, что у аденовируса единственная молекула мРНК соответствует 4-м различным сегментам ДНК. Когда они сделали гибридизацию этих молекул, то обнаружили петли в ДНК, видные в электронном микроскопе. В результате был сделан вывод о том, что ген имеет прерывистое или мозаичное строение. Он состоит из кодирующих участков - экзонов и некодирующих - интронов. Предшественник мРНК содержит и экзонные, и интронные участки, но при созревании мРНК копии интронов вырезаются, а копии экзонов сшиваются. Оказалось, что экзон-интронная структура генов является скорее правилом, а гены без интронов - исключением. Гены бактерий обычно не содержат интронов.
Таким образом, эукариотические мРНК синтезируются в виде предшественников и затем проходят стадию созревания, или процессинга (рис. 26). Процессинг включает 1) кэпирование 5'-конца, т.е. присоединение метилированного гуанина; 2) полиаденилирование 3'-конца; 3) вырезание копий интронов и воссоединение копий экзонов через обычную фосфодиэфирную связь - сплайсинг. Все стадии процессинга проходят в ядре, только после этого мРНК выходят через ядерные поры в цитоплазму. В результате удаления интронов мРНК значительно укорачивается.



















Рис. 26. Созревание информационной РНК.

Кэпирование 5'-конца происходит почти сразу после начала транскрипции. 5'-кэп играет важную роль в инициации трансляции мРНК и защите ее от деградации ферментами. 3'-конец мРНК также подвергается модификации. Она заключается в том, что растущий транскрипт расщепляется в определенном месте и к 3'-концу специальная полимераза добавляет поли-адениловый хвост из 100-200 остатков аденина.
Основная роль в механизме сплайсинга (рис. 27) принадлежит малым ядерным РНК (мяРНК), которые кодируются специальными генами. Они должны претерпеть некоторые модификации в цитоплазме, прежде чем станут активными. В цитоплазме они образуют комплексы с белками, узнающими, в частности, метилированный гуанин. После этого весь комплекс возвращается в ядро. мяРНК присоединяется к копии интрона по правилу Уотсона-Крика. Удаление интрона возможно, если на границе с экзонами находятся так называемые незаменимые канонические нулеотиды GU - на одом конце и AG - на другом. мяРНК образуют двойные спирали с копиями интронов. При этом в двойную спираль не входит А. Именно этот А обладает особой реакционной способностью. В результате образуется ковалентная эфирная связь между гидроксилом рибозы А и фосфатной группой первого нуклеотида интрона G. Возникшая структура напоминает лассо. Пространственная структура взаимодействующих участков молекул РНК обеспечивает каталитические реакции разрыва одних межнуклеотидных связей и возникновение других. Реакция сплайсинга осуществляется в крупном рибонуклеопротидном комплексе, включающем несколько молекул РНК и белков. Эта структура получила название сплайсосомы. В некоторых случаях вырезание интрона осуществляется без участия белков. Такое явление называется аутосплайсингом.
Аутосплайсинг открыт у Tetrahynema, бактериофага Т4, в некоторых митохондриях и хлоропластах. Известно два класса таких самосплайсирующихся интронов. Одни используют для вырезания активированный гуанин, другие - аденин. Реакция катализируется самой РНК, однако белки тоже могут участвовать в ней, значительно ускоряя процесс.
Оказалось, что копии экзонов, если их несколько, могут сшиваться в разных комбинациях. Более того, экзон в некоторых случаях может выступать в роли интрона, и наоборот. Такое явление выбора путей созревания молекулы мРНК получило название альтернативного сплайсинга. Число вариантов зрелых молекул мРНК, содержащих разные наборы экзонов, может быть достаточно большим. Таким образом, экзон-интронная структура гена оказывается чрезвычайно экономичной, обеспечивая большое разнообразие белков, образующихся при транскрипции одного гена! Рекордсменом по числу белков, получающихся в результате альтернативного сплайсинга является гликопротеин CD44. В его центральной части имеется тандем из 10 альтернативно сплайсирующихся экзонов, включение или делетирование которых позволяет продуцировать более 1000 изоформ белка! Часто альтернативный сплайсинг является механизмом ингибирования полноразмерного продукта. Так, альтернативный сплайсинг ряда рецепторов цитокинов приводит к образованию усеченных с С-конца растворимых рецепторов, не способных проводить сигнал в клетку. Известно, что интроны могут вести себя как регуляторные элементу гена, к ним присоединяются факторы транскрипции.
Из всего вышесказанного следует, что сплайсинг обеспечивает регуляцию работы генов, а следовательно, участвует в процессах дифференцировки. Разные транскрипты одного гена могут образовываться также за счет инициации транскрипции.







































Рис. 27. Механизм сплайсинга ядерных РНК
с разных промоторов и за счет окончания ее с участием разных терминаторов.
8. 3. Транскрипция генов рРНК

Многие белки в клетках синтезируются в большом количестве, но кодируются они лишь одной копией гена в гаплоидном геноме. При этом с одной мРНК может синтезироваться до 10 белков в минуту, а в каждом клеточном цикле до 10000 белков с одной матрицы. В случае же рибосомных РНК аналогичный механизм невозможен, так как они являются конечными продуктами генов. Как же в этом случае решается вопрос о необходимости клетке огромного множества копий рРНК для образования рибосом? Выход один - иметь множество генов, кодирующих рРНК. Так, в клетках человека содержится до 200 копий гена рРНК на гаплоидный геном. Они расположены в нескольких хромосомах человека в виде серии тандемных кластеров, разделенных спейсером. Гены рРНК транскрибируются РНК-полимеразой I. Сначала синтезируется РНК длиной в 13000 нуклеотидов. Перед тем как выйти в цитоплазму в виде собранной рибосомной частицы она подвергается разрезанию. Гены тРНК, мяРНК и 5SрРНК транскрибируются РНК-полимеразой III. Сборка рибосом осуществляется в ядре в области ядрышка, В составе ядрышка петли ДНК, содержащие гены рРНК. Это и есть ядрышковый организатор.

Глава 9. ТРАНСЛЯЦИЯ

9. 1. Белки. Структура и функции

Информация, записанная в ДНК, очень важна для работы клетки и функционирования всего организма, однако она мертва без работы белков, которые осуществляют все процессы реализации этой информации. Что бы ни происходило в клетке, все это связано с работой, которую осуществляют белковые молекулы. Белки, или протеины, составляют более половины сухого вещества клетки. Действие генов управляется белками, которые специфически связываются с определенными участками ДНК. Белки с невероятной точностью распознают и взаимодействуют с другими молекулами. Белки-ферменты, связываясь с субстратами, регулируют скорость протекания биохимических реакций. Белок-белковые взаимодействия обеспечивают работу мышцы, гормональный контроль синтетических процессов, генерацию нервных импульсов, развитие иммунологических реакций и многое другое.
Белки - это высокомолекулярные соединения с молекулярной массой от 5000 до нескольких миллионов Дальтон. Они представляют собой полипептидные цепи, состоящие из соединенных между собой пептидной связью аминокислот, - органических карбоновых кислот, содержащих, как правило, одну или две аминогруппы - NH2 т. е. аминокислоты соединены в белке по типу голова-хвост пептидной связью - СО - NH.


В зависимости от положения аминогруппы в углеродной цепи по отношению к карбоксилу различают ?, ?, ?,? - аминокислоты. В живых организмах встречается более 170 аминокислот, однако в состав белков входит только 19 аминокислот и одна иминокислота - пролин. Ф. Крик назвал их "магической двадцаткой ". Только они зашифрованы генетическим кодом и неоднократно повторяются в белках бактериального, растительного и животного происхождения.
Единой классификации белков нет. По форме различают фибриллярные и глобулярные белки, по функции - структурные, каталитические, транспортные, регуляторные, защитные и т.д. Простые белки, протеины, состоят из одних аминокислот, сложные, протеиды - имеют в своем составе, кроме аминокислот, углеводы (гликопротеины), липиды (липопротеины), нуклеиновые кислоты (нуклеопротеиды), металлы (металлопротеиды).
Каждая из аминокислот, за исключением пролина, может быть изображена формулой

Различия между аминокислотами касаются как раз боковых групп - R.
В зависимости от свойств боковых цепей аминокислоты делятся на гидрофобные, гидрофильные, основные и кислотные.
Список аминокислот, участвующих в синтезе белков - лизин, аргинин, гистидин (основные боковые цепи); аспарагиновая и глутаминовая кислота (кислотные боковые цепи); глицин, аспарагин, глутамин, цистеин, серин, треонин, тирозин ( гидрофильные боковые цепи).
Аминокислоты существуют в виде двух оптических изомеров - D и L, т. е. правовращающих и левовращающих (по отклонению поляризованного света). Однако белки состоят, за небольшим исключением, только из левовращающих аминокислот. Здесь уместно заметить, что сахара, в отличие от белков, состоят из D-изомеров. Этот феномен называется феноменом хиральной чистоты. Механизм его возникновения не ясен.
Человек и животные синтезируют аминокислоты (заменимые) из безазотистых продуктов обмена и аммонийного азота. Незаменимые аминокислоты должны поступать в организм с пищей. Для человека 9 аминокислот являются незаменимыми. Это валин, изолейцин, лейцин, лизин, метионин, треонин, триптофан, фенилаланин. Аминокислота тирозин образуется из фенилаланина и при недостатке последнего тоже оказывается незаменимой.
Порядок расположения аминокислот в полипептиде называется аминокислотной последовательностью, или первичной структурой белка (рис. 28). Эта структура очень гибкая, поэтому белковая молекула в принципе может принимать бесконечно большое число различных пространственных форм - конформаций. Однако большинство полипептидных цепей существует лишь в одной необходимой для функционирования конформации. Это обусловлено тем, что боковые группы аминокислот взаимодействуют друг с другом и с водой с образованием слабых нековалентных связей.



Рис. 28. Конформационная структура белка.
Хотя конформация каждого белка уникальна, несколько способов укладки постоянно присутствует в разных молекулах. Они называются ?-спиралями и ?- складками. ?-Спираль образуется при закручивании полипептидной цепи вокруг оси с образованием жесткого цилиндра, в котором каждая пептидная группа связывается водородными связями с другими такими же группами. Антипараллельный ?-слой образуется в результате многократного изгибания полипептидной цепи на 180? так, что пласты располагаются антипараллельно. ?-Спирали и ?- слои представляют вторичную структуру белка (рис. 28). Некоторые комбинации ?-спиралей и ?- слоев, упакованные вместе, формируют компактно уложенные глобулярные единицы - домены . Это третичная конформация белка. Если же несколько полипептидных цепей в виде доменов образуют комплекс и функционируют как единое целое, такая конформация называется четвертичной.
Белки могут образовывать также супрамолекулярные структуры для выполнения сложных функций.
Говоря о белках, невозможно не упомянуть о пептидах. Пептиды - это маленькие структуры, состоящие из небольшого числа аминокислотных остатков, 2- 10, соединенных, как и в белках, пептидной связью. Они могут быть закодированы в определенных генах или получаться при расщеплении белков. Пептиды часто имеют линейную структуру, но могут образовывать и циклы.
Пептиды часто выступают в роли эндогенных регуляторов в иммунной и нейроэндокринной системе. Например, пептидами являются эндогенные опиоиды. Открыты они в начале 70-х годов ХХ века, после установления в мозге рецепторов к морфину, наркотическому веществу, которое с древних времен применяли люди, чтобы снять напряжение, уйти от тревожащих их проблем. Оказалось, что в организме синтезируются вещества, взаимодействующие с этими рецепторами. Их назвали опиоидами. Взаимодействуя с рецепторами, эти вещества включают систему награды. Именно опиоидам - эндорфинам и энкефалинам обязаны мы многими приятными ощущениями, которые испытывает человек, достигнув успеха в спорте, бизнесе, в науке, а также при приеме пищи и сексуальном удовлетворении. Чувство радости обусловлено их действием. Пептидами являются многие биологически активные вещества - пептидные антибиотики, гормоны вазопрессин, глюкагон и др. В настоящее время искусственным путем получены природные пептиды и их аналоги, которые используют в качестве лекарственных биопрепаратов.
Функции белков:
1. Участие в образовании клеточных структур.
2. Ферментативная активность.
3. Рецепторная функция.
4. Направленное движение.
5. Функция молекулярных насосов.
6. Участие в репликации ДНК в составе реплисомы.
7. Регуляция экспрессии генов.
8. Защитная функция.
9. Сигнальная функция.
10.Преобразование энергии
11.Питательная
12. Энергетическая
13. Буферная и др.

9.2. Фазы трансляции и ее регуляция

Синтез белка или трансляция - это одно из главных событий в жизни клетки. Информация в виде чередования дезоксирибонуклеотидов на одной из двух комплементарных цепей гена сначала переписывается на одноцепочечную молекулу информационной РНК - это процесс транскрипции. На следующем этапе по матрице мРНК строится последовательность аминокислотных остатков полипептида, фактически осуществляется перевод (translation) последовательности нуклеотидов в последовательность аминокислотных остатков в белке.
Итак, зрелая мРНК выходит в цитоплазму, где она подвергается трансляции. Зная последовательность ее нуклеотидов, можно ли определить последовательность аминокислот в белке? Оказывается, сделать это не просто.
мРНК эукариот - сложные структуры. Они включают помимо информации об аминокислотной последовательности кодируемого белка (транслируемая область), достаточно протяженные нетранслируемые области (НТО) на обоих концах молекулы 3'-НТО и 5'-НТО. В этих районах мРНК содержится информация о их поведении в клетке, активности, времени жизни и т. д.(рис. 29).




Рис. 29. Структура информационной РНК

Процесс трансляции делится на три фазы: инициации, элонгации и терминации. Наиболее ответственной фазой является фаза инициации трансляции. У эукариот в основном на этом уровне происходит регуляция синтеза белка.
Начало трансляции не совпадает с началом мРНК. Известно, что она начинается с первого от 5'-конца метионинового кодона AUG. Это действительно так, однако чтобы кодон AUG стал инициирующим, он должен находиться в соответствующем контексте последовательностей нуклеотидов. Если первый кодон AUG оказался в неподходящем контексте, он пропускается и инициация осуществляется со следующего AUG. Для инициации трансляции большинства мРНК также важно наличие кэп-структуры на 5'-конце мРНК и поли-А на другом ее конце. Указанные структуры узнаются белками, необходимыми для трансляции. Интересно, что контекст может существенно изменить генетический код. Так, аминокислота селеноцистеин, очень важная для функционирования клеток, кодируется одним из терминирующих кодонов UGA в соответствующем контексте.
Животные клетки используют несколько способов регуляции синтеза белка на уровне трансляции. Практически во всех случаях она осуществляется в фазе инициации.
Матричная активность разных мРНК может сильно различаться. Очень сильными матрицами являются вирусные РНК, а также клеточные, кодирующие мажорные белки, например, глобины. Матрицы для белков, присутствующих в клетке в небольших количествах, являются слабыми. Сила матрицы определяется на уровне инициации трансляции. На сильных матрицах инициация происходит часто, на них нанизывается много рибосом. На слабых - наоборот. Осуществляют регуляцию специфические белки, которые связываются в 5'-НТО вблизи инициирующего кодона. Изменяя конформацию мРНК, они могут снижать доступность 5'-конца мРНК для белоксинтезирующего аппарата. Регуляторами могут выступать продукты трансляции данной мРНК, т. е. наблюдается ауторегуляция. Примером такой регуляции является синтез ферритина (рис. 30), который в свою очередь зависит от содержания в клетке железа - в присутствии железа он синтезируется, а при отсутствии - трансляция






Рис. 30. Регуляция железом трансляции мРНК ферритина и стабильности
мРНК рецептора трансферина





соответствующей мРНК останавливается на стадии инициации. Оказалось, что это зависит от шпилечной структуры в 5'-НТО мРНК. При отсутствии железа этот регулирующий элемент связывается со специальным белком, препятствующим сканированию 5'-НТО рибосомами. Этот белок имеет сродство к ионам железа и при связывании с ними перестает связываться с ферритиновой мРНК. В результате включается инициация трансляции последней. Вновь синтезированный ферритин отнимает железо у белка- репрессора, который опять связывается с регуляторной областью ферритиновой мРНК. Репрессор - это акотиназа - фермент, цикла Кребса. 3'НТО отвечает за стабильность мРНК, которая варьирует в широких пределах - от десятков минут полужизни до десятков дней. Нестабильность мРНК рецептора трансферина в присутствии железа (рис. 30) определяется шпилечными структурами в 3' НТО. Регулирующим белком и в этом случае является акотиназа. Однако при этом она стабилизирует мРНК и позволяет ей активно транслироваться.
Одним из способов регуляции трансляции является маскирование мРНК, когда соответствующие мРНК становятся недоступными не только для трансляции, но и для других ее превращений, например разрушению нуклеазами. При этом маскирующий белок связывается с 3'НТО, что приводит к глобальной структурной перестройке мРНК.
Клетка использует также такой способ регуляции трансляции, как тотальная репрессия, она обусловлена фосфорилированием факторов инициации, таких как IF2, что приводит к выключению инициации трансляции всех мРНК клетки. Причиной этого могут быть тепловой шок, недостаток ростовых факторов, вирусное поражение и др.
Таким образом, для эукариот характерна наработка мРНК не по потребности, а впрок. Такие стабильные мРНК не сразу вступают в трансляцию, а только тогда, когда это необходимо. Если необходимость в продукте трансляции отпадает, мРНК может быть инактивирована перечисленными выше путями.

9. 3. Аппарат трансляции

Аппаратом трансляции являются несколько сот разных молекул нуклеиновых кислот и белков. Главными участниками этого сложного процесса являются мРНК, тРНК, АРС-азы и рибосомы. Именно благодаря трансляции, существует представление о дискретных единицах генетической информации. Здесь уместно вспомнить о генетическом коде (См. гл.4).
Многие свойства генетического кода реализуются молекулами ферментов амино-ацил-тРНК-ситетазами (АРС-азами) и тРНК. Триплетность и неразрывность кодонов мРНК-матрицы обеспечивается антикодоном тРНК, выделенным в петле тРНК специальными модифицированными нуклеотидами. Таким образом, соответствие между триплетом нуклеотидов и аминокислотой устанавливается не во время синтеза белка на рибосоме, а в процессе присоединения аминокислоты к определенной молекуле тРНК. Если к тРНК присоединиться неправильная аминокислота, она включится в состав белка вместо правильной. Это может привести к изменению или потере свойств данной молекулы белка. Поэтому именно дорибосомному этапу в биосинтезе белка уделяется в последние годы наиболее пристальное внимание.

9. 3. 1. Транспортные РНК (тРНК). Дорибосомный этап синтеза белка

тРНК (рис.31) состоят примерно из 70-90 нуклеотидов. Каждая тРНК имеет акцепторный конец, к которому присоединяется аминокислотный остаток, и адаптерный конец, несущий тройку нуклеотидов, комплементарную к определенному кодону мРНК. Поэтому этот триплет называют антикодоном. Акцепторный конец имеет одинаковое строение, состоит из ССА- нуклеотидов. При образовании трехмерной структуры тРНК складывается в типичную L-образную структуру (Рис. 32). Если кодоном на мРНК является UUU, то антикодоном в тРНК, соответствующим кодону, будет AAA, и такая тРНК будет связывать фенилаланин. Известно, что аминокислоты закодированы в генетическом коде 61 кодоном. Можно предполагать, что столько же должно быть и антикодонов, т. е. разновидностей тРНК. В действительности тРНК меньше. Некоторые тРНК своим одним антикодоном узнают несколько кодонов на мРНК. Это достигается за счет механизма неоднозначного соответствия или качания. Это означает, что в отношении взаимодействия кодон-антикодон правило Уотсона-Крика выполняется не полностью. Первый и второй нуклеотиды антикодона строго следуют правилам комплементарности, а взаимодействие с третьим нуклеотидом кодона позволяет некоторую нестрогость при спаривании, неоднозначность спаривания.
Благодаря этому свойству, каждое семейство кодонов для одной аминокислоты может обеспечиваться одним антикодоном. Исходя из этого, для считывания всей кодоновой таблицы достаточно всего 31 тРНК. Например, в мРНК кодоны GCC и, значит, GCU кодируют аланин. Антикодон, который спаривается и с тем, и с другим кодоном может быть CGG













Рис. 31. Укладка тРНК в виде клеверного листа.

Для всех молекул тРНК характерно присутствие большого числа разнообразных модифицированных нуклеотидов, часто называемых минорными. Во всех видах тРНК число их превышает 60. Среди них много метилированных производных.
За счет комплементарных участков цепь тРНК складывается в характерную вторичную структуру. Благодаря спариванию оснований образуется двуспиральный стебель с петлей из неспаренных оснований. Такая структура получила название клеверного листа - четыре стебля и три петли (рис. 31). Стебель с петлей формируют ветвь. Иногда в структуре тРНК присутствует дополнительная, вариабельная, V-ветвь. За счет взаимодействия элементов вторичной структуры образуется третичная структура, называемая L-формой из-за сходства с соответствующей буквой латинского алфавита (рис. 32).















Рис. 32. L-образная структура тРНК.
В каждой клетке присутствует более, чем 20 видов индивидуальных тРНК, потому что несколько различных тРНК могут соединяться с одной и той же аминокислотой, такие тРНК называются изоакцепторными.
Транспортные РНК обладают двумя главными функциями - акцепторной, т. е. способностью ковалентно связываться с аминокислотным остатком и адапторной, т. е. способностью узнавать триплет и обеспечивать поступление аминокислоты на законное место в растущей полипептидной цепи. Присоединение аминокислоты к тРНК (аминоацилирование) катализируется ферментами аминоацил-тРНК-синтетазами (АРС-азами). В клетке имеется 20 индивидуальных АРС-аз. АРС-азы с высокой степенью специфичности узнают свою тРНК (все изоакцепторные тРНК) и соответствующую ей аминокислоту. Очевидно, для этого у всех изоакцепторных тРНК должны быть некие общие свойства, распознаваемые одним и тем же ферментом. В настоящее время показано, что это определяется нуклеотидами, занимающими одни и те же места в структуре большинства тРНК. Они включают, прежде всего нуклеотиды антикодона, нуклеотид в положении 73, предшествующий ССА-концу, первые три пары нуклеотидов акцепторного стебля. Экспериментальные данные показывают, что одни и те же участки тРНК узнаются АРС-азами из разных организмов. После специфического узнавания тРНК АРС-азой происходит подгонка двух макромолекул в результате изменения их конформации.

9. 3. 2. Рибосомный этап синтеза белка

Следующий этап проходит с участием рибосом и поэтому называется рибосомным. Он катализируется самой рибосомой без участия экзогенных ферментов. Итак, рибосома в процессе биосинтеза белка принимает кодированную генетическую информацию от ДНК в виде мРНК и расшифровывает ее, катализирует образование пептидных связей в реакции транспептидации, передвигает цепь мРНК и молекулы тРНК. Таким образом, рибосома - это сложная белоксинтезирующая частица, обладающая генетической (декодирующей), энзиматической (образование пептидных связей) и механической (передвижение мРНК) функциями.
Химически рибосома представляет собой рибонуклеопротеид. Она состоит из комплекса рибосомных РНК и белков. Физически рибосома представляет собой компактную частицу. Функционально - это молекулярная машина, протягивающая вдоль себя цепь мРНК, считывающая закодированную в мРНК генетическую информацию и параллельно, в соответствии с кодом, синтезирующая полипетидную цепь белка из поступающих в нее аминокислотных остатков. Электронно-микроскопическое изображение рибосомы показывает, что она состоит из двух неравных частиц - большой и малой, довольно лабильно ассоциированных друг с другом. Рибосомные РНК концентрируются ближе к центру частиц, а рибосомные белки занимают периферию. Каждая рибосомная частица содержит много белков и все они разные. Основная морфологическая черта электронно-микроскопических изображений рибосомы - это борозда, разделяющая две рибосомные частицы. В одном месте она расширяется, образуя так называемый "глаз". В этой полости размещаются основной субстрат рибосомы - тРНК.
Теперь рассмотрим отдельно малую субъединицу рибосомы. Она разделяется глубокой бороздой на головку и тело. В ней размещается участок связывания мРНК и через нее цепь мРНК протягивается от одного конца к другому в процессе трансляции. В большой субъединице рибосомы тоже есть борозда, разделяющая головку и тело. В ней располагается главный каталитический центр рибосомы, осуществляющий синтез полипептидных цепей.
Трансляция состоит из трех стадий : инициации, элонгации и терминации (рис. 33). Самым ответственным этапом является инициация. Для осуществления ее в клетке имеются специальные механизмы.
Трансляция начинается с того, что мРНК связывается с рибосомной частицей. При этом рибосомная частица (у прокариот прямо и непосредственно, а у эукариот после некоторого скольжения вдоль некодирующей части мРНК) специфически взаимодействует с началом кодирующей нуклеотидной последовательности мРНК, с кодоном AUG. Вслед за инициацией рибосома последовательно триплет за триплетом считывает цепочку мРНК, по направлению к 3'-концу, наращивая цепочку полипептида. Этот этап называется элонгацией. Достигнув стоп-кодона, рибосома освобождает синтезированную цепь - это терминация трансляции.



Рис. 33. Трансляция у про- и эукариот.

Необходима абсолютно точная инициация, так как правильная трансляция зависит от правильной рамки считывания. Если произойдет сдвиг рамки считывания, то образовавшиеся стоп-кодоны прекратят синтез еще до образования полноразмерного пептида. Дефектный пептид быстро деградирует.
Характерной особенностью инициации трансляции является то, что на этом этапе участвуют не целые рибосомы, а только их отдельные субъениницы (рис. 34). Поэтому, чтобы началась трансляция, рибосома должна диссоциировать на две ее составляющие части. Именно малая единица рибосомы, и только она, связывается с мРНК и удерживает ее. При этом в связывании с мРНК вовлечен участок в 30 нуклеотидов, но в каждый момент только две тРНК могут разместиться в рибосоме. Большая единица рибосомы с мРНК никак не взаимодействует.
Все начинается со связывания инициаторной метиониновой тРНК в Р-участке рибосомы с кодоном AUG (рис. 34). Этот же кодон кодирует метионины, находящиеся повсюду в молекуле белка. Оказывается, существуют две разные тРНК для метионина. Одна для инициации, а другая - для добавления метионина в процессе элонгации. Инициаторная тРНК имеет структурные особенности, которые распознаются белковым фактором инициации IF2. Последний и доставляет ее к инициаторному комплексу. Элонгаторная метиониновая тРНК распознается другим белковым фактором, который также доставляет ее к рибосоме.
На рибосоме имеются два участка связывания с тРНК. А-участок, акцепторный, т. е. участок, который может быть занят очередной вновь поступающей аминоацил-тРНК. До того, как в А-участок придет аминоацил-тРНК, в этот участок входит триплет (кодон), кодирующий аминокислоту, которая должна быть включена в пептид.Другой участок Р-участок - пептидил-тРНК-связывающий, или донорный (рис. 35).
Механизм элонгации заключается в следующем. Инициаторная тРНК поступает в Р-участок. Затем в А-участок малой субъединицы рибосомы поступает тРНК, нагруженная той аминокислотой, которая кодируется следующим за инициаторным кодоном. Получается, что два аминокислотных остатка, каждый из которых присоединен к соответствующей тРНК, находятся вблизи рибосомной пептидилтрансферазы. В таком состоянии происходит реакция транспептидации, т. е. переход метионина из Р-участка рибосомы на свободную аминогруппу аминокислоты в А-участке. В Р-участке тРНК остается ненагруженной аминокислотой, поэтому она высвобождается. Далее тРНК движется из участка А в Р, таща за собой связанный



Рис. 34. Инициация трансляции.

с ней триплет мРНК. Так цепь мРНК протаскивается относительно рибосомы ровно на один триплет. В этом процессе участвует фактор EF-G (транслоказа) и теперь в А-участке устанавливается смежный с предыдущим триплет нуклеотидов, то есть следующий кодон.





Рис. 35. Элонгация трансляции.





Все готово для следующего раунда элонгации. Далее аналогичным способом аминоацил-тРНК, соответствующая вновь установленному в А-участке кодону, связывается с ним.Полипептидная цепь удлиняется на одну аминокислоту, на ту, которая принесена тРНК в А-участок. Сама тРНК, принесшая эту аминокислоту, так и остается с ней связанной, а следовательно связанной и с удлиненным полипептидом. За образование пептидных связей отвечает большая единица рибосомы. В элонгации участвует много белковых факторов - EF-Tu, EF-G и другие. Все они обладают ГТФ-азной активностью.
Итак, мы видим, что на всех этапах синтеза белка работают механизмы, отвечающие за точность этого процесса. Хотя следует заметить, что ошибка в биосинтезе белка не имеет серьезных последствий, так как образуется множество молекул белков. Другими словами, эти ошибки не имеют таких далеко идущих последствий, как ошибки при репликации ДНК.

Глава 10. ПОСТТРАНСЛЯЦИОННАЯ МОДИФИКАЦИЯ БЕЛКОВ И РОЛЬ ЕЕ НАРУШЕНИЙ В ПАТОЛОГИИ

Образование полипептидной цепи - это только первый шаг в процессе формирования белка. Для образования функционально активного белка полипептидные цепи претерпевают ряд изменений. Для функционирования ряда белков необходимо объединение нескольких полипептидных цепей. Так, гемоглобин образуется при объединении двух ?- и двух ?-цепей, а также после связывания с ними гемогруппы. Некоторые белки подвергаются гидроксилированию, фосфорилированию или дефосфорилированию. Многие белки синтезируются в виде крупных предшественников, а потом активируются путем отщепления частей полипептидных цепей. Например, сначала образуется проинсулин, затем он расщепляется с удаление N-концевого и внутреннего фрагмента цепи.
Во-первых, за счет взаимодействия аминокислотных остатков полипептиды автоматически сворачиваются, образуя вторичную и третичную структуры (См. рис. 28). Существовало представление, что поскольку структуру белка определяет лишь последовательность нуклеотидов в гене, сворачивание полипептидной цепи зависит и определяется только последовательностью аминокислот. Для этого утверждения были экспериментальные подтверждения. Так, Анфинцен показал, что если РНК-азу денатурировать, а потом удалить из раствора денатурирующие агенты, фермент вновь восстанавливал свою нативную структуру и проявлял каталитическую активность. В дальнейшем было выяснено, что не для всех белков это так. Оказалось, что для большинства белков процесс их сворачивания является энергозависимым и ни в коем случае не спонтанным. Он имеет иерархическую природу. Сначала за доли секунды формируются элементы вторичной структуры. Затем также за доли секунды происходит специфическая ассоциация некоторых элементов вторичной структуры с образованием супервторичной структуры - это сочетания нескольких ?-спиралей, нескольких ?-пластов или смешанные ассоциаты этих элементов. Далее образуется третичная структура, в основном за счет гидрофобных взаимодействий. А ведь многие белки составлены из нескольких полипептидных цепей, значит должны установиться дополнительные контакты между доменами этих цепей. Действительно, в цепи аминокислот имеются практически безграничные возможности ассоциации аминокислотных остатков друг с другом. Если полипептид будет "пробовать" все мыслимые варианты такой ассоциации, пока не достигнет формы нативного белка, ему понадобится несколько миллионов лет. В клетке же это происходит в считанные минуты.
В середине 80-х годов было обнаружено, что в клетке существует особая категория белков, основной функцией которых является обеспечение правильного характера сворачивания полипептидных цепей в нативную структуру. Эти белки названы молекулярными шаперонами. Они не дают полипептиду образовывать нежелательные связи. Это и отражено в их названии ( французское слово chaperone означает гувернантка). Это целое семейство белков со сходной функцией. Есть еще белки - шаперонины - более сложно устроенные, представляющие собой сложные ологимерные структуры. Несколько олигомеров образуют цилиндр с полостью в центре - каналом, в котором и происходит процесс сворачивания белка. Для проникновения белков через мембрану митохондрий и хлоропластов необходимо их развернуть, это тоже делают шапероны. Известно, что синтез шаперонов индуцируется под влиянием теплового шока, стресса, радиации, ултрафиолетового излучения. Поэтому шапероны называют белками теплового шока или белками стресса. По этому их проявлению впервые и были открыты белки теплового шока. Открытие сделано работами Риттозы на политенных хромосомах слюнных желез личинок дрозофилы. При повышении температуры до 370 С (а оптимум для дрозофилы 20?С) образовывались пуфы там, где их не было раньше. Идентифицированы эти белки в 1974 году. После денатурации в результате этих воздействий конформацию белков восстанавливают шапероны. Шапероны метят белки, которые должны быть деградированы в лизосомах. Известен среди них убиквитин, осуществляющий эту функцию, его называют меткой смерти. Шапероны участвуют также в сборке крупных белковых комплексов, работающих как молекулярные машины.
Помимо шаперонов и шаперонинов, в сворачивании (фолдинге) белка принимают участие и другие белки-ферменты. К ферментам, участвующим в фолдинге, относится протеиндисульфид-изомераза, перемещающая дисульфидные связи в полипептидной цепи, разрывая недопустимые и создавая новые S-S связи между остатками цистеина. Другой фермент из этой группы - пептидил-пролин-изомераза катализирует изомеризацию пептидных связей пролина.
Белки синтезируются в цитоплазме клеток, а также в митохондриях и хлоропластах. Они при этом имеют разные пункты назначения. Какие-то из них остаются в цитоплазме, другие встраиваются в клеточную мембрану, третьи проникают в лизосомы и пероксисомы, четвертые идут в ядро, митохондрии, хлоропласты и т.д.


















Рис. 36. Перенос полипептида в цистерны ЭПР

В эукариотических клетках для обеспечения транспорта белков имеется сложный аппарат. Белки, предназначенные для некоторых органелл и цитозоля (водной фракции цитоплазмы) синтезируются на свободных рибосомах, а белки, остающиеся в лизосомах, аппарате Гольджи и в мембранах, синтезируются на рибосомах, ассоциированных с эндоплазматическим ретикулумом (ЭПР). ЭПР - это сложная сеть мембран, ограничивающая огромное количество сплющенных полостей. ЭПР с прикрепленными к нему рибосомами называется шероховатым, не связанный с рибосомами - гладким. Белки, предназначенные для экспорта к одной из клеточных мембран или внутриклеточным органеллам, имеют так называемую сигнальную последовательность, которая прокладывает белку путь в просвет ЭПР (рис. 36).
Сначала сигнальный полипептид связывается с рибонуклеопротеидной сигнальной распознающей частицей (СРЧ). СРЧ в свою очередь связывается с рецептором на мембране ЭПР. Таким образом рибосома прикрепляется к ЭПР. Синтезирующийся полипептид постепенно втягивается в просвет ЭПР через белковую пору. В просвете ЭПР сигнальный пептид отщепляется эндопептидазами. В просвете ЭПР происходит существенная модификация белков, а именно гликозилирование, т. е. присоединение углеводных остатков к NH2 - группе аспарагина. Далее белки окружаются мембраной, образуя везикулу и отпочковываются от ЭПР. Везикулы доставляют белок в аппарат Гольджи путем слияния его с мембраной (рис. 37).
Аппарат Гольджи является удивительной органеллой эукариотической клетки. Структура его проста - это ряд замкнутых мешочков, ограниченных мембранами, но у него очень важная функция. Аппарат Гольджи сортирует белки, упаковывает их в везикулы и доставляет, куда нужно, по точно указанным адресам. Предназначенные для экскреции белки в составе пузырьков мигрируют к плазматической мембране. Далее посредством экзоцитоза, они освобождаются из клетки. Например, таким образом происходит секреция ферментов из клеток поджелудочной железы (рис. 37).
Для белков, направляемых в лизосомы, адресом является их углеводная часть. Лизосомы - это небольшие окруженные мембраной внутриклеточные органеллы, содержащие высокоактивные гидролитические ферменты. Эти ферменты узнаются в аппарате Гольджи, происходит их фосфорилирование, после чего они отпочковываются от аппарата Гольджи в виде лизосом. При нарушении фосфорилирования не происходит поступление ферментов в лизосомы и развивается тяжелейшее наследственное заболевание - синдром Гоше.




























Рис. 37. Путь полипептидов через аппарат Гольджи.

В ЭПР образуются также мембранные липиды и новые мембраны. Интегральные белки мембран идут тем же путем, но за счет гидрофобных аминокислот заякориваются в мембране.
Время существования белков в клетке сильно варьирует. Некоторые белки имеют период полужизни более 20 часов (белки печени - несколько дней), а другие 10 или даже 2 минуты. Структурные белки и гемоглобин являются долгожителями.
Быстро деградируют белки, содержащие неправильные аминокислоты, что обусловливает их неправильный фолдинг. Белки, пострадавшие от химических воздействий, например, окисления, также должны быть уничтожены. В деградации долгоживущих белков участвуют лизосомы.

10. 1. Прионы - инфекционные агенты нового типа?

Изменение фолдинга белка, который называют прионом, лежит в основе развития вялотекущих заразных губчатых энцефалопатий. Эти заболевания объединяют термином прионовые. Ген прионового белка очень консервативен и имеется у всех млекопитающих. У человека он кодируется в коротком плече 20-й хромосомы. Формы нормального и прионового белка кодируются одним и тем же геном и имеют одинаковую последовательность аминокислот. А вот их трехмерная форма существенно различается. Несмотря на то, что исследования агента, вызывающего эти заболевания, отмечены уже двумя Нобелевскими премиями, окончательной ясности в этой проблеме до сих пор нет. Бесспорно одно: заболевание поражает и людей, и животных, и люди могут заразиться от животных, а также через хирургические инструменты, биопрепараты и т. п. Так что это еще одна экологическая угроза человечеству.
Одна из этих болезней - скрепи овец, известна еще с XVIII века. У больных животных вначале наблюдается расстройство координации движений, затем наступают параличи и смерть.
В 1947 г. на одной из звероводческих ферм США была обнаружена энцефалопатия норок, которая возникла после скармливания им субпродуктов от овец, больных скрепи. Когда эта причинная связь была установлена и приняты соответствующие меры, заболевание прекратилось.
У человека сходную картину заболевания наблюдал и изучал сначала Якоб в 1921 г. (болезнь Кройцфельда - Якоба), а затем Даниель Карлтон Гайдушек в середине 50-х гг. в племени форе Новой Гвинеи (болезнь куру). Оба заболевания характеризовались различными неврологическими симптомами и слабоумием. Гайдушек установил, что распространение куру связано с ритуальным каннибализмом в этом племени. Гайдушек заразил обезьян экстрактами мозга людей, умерших от куру. У последних через 2 года появились первые симптомы заболевания. В 1971 г. подобным образом осуществили передачу болезни Кройцфельда - Якоба от человека животным. К прионовым заболеваниям человека относсится также синдром Герстманна-Шейнкера и фатальная семейная бессонница. В 1976 г. Гайдушек был удостоен Нобелевской премии за расшифровку механизмов губчатых энцефалопатий, хотя на самом деле до открытия механизмов было еще далеко. Предполагалось, что этиологическим фактором болезни являются медленные вирусы, которые, однако, не были выделены. Не выделены они и до сих пор.
В 1974 г. Стенли Прузинеру с сотрудниками удалось получить достаточное количество очищенного агента скрепи. Исследование его свойств показало, что агент исключительно белковой природы, устойчив к ультрафиолетовому и ионизирующему излучению, нагреванию, обработке ферментами. Прузинер выдвинул гипотезу "только белок" (protein only), говорящую о том, что инфекционным агентом скрепи и других губчатых энцефалопатий является белок, с молекулярной массой 27-30 кД, имеющий 3-х-мерную форму, отличную от аналогичного нормального белка. Прузинер назвал этот белок прионом, а соответствующие заболевания - прионовыми. Показано, что в нормальном прионовом белке больше Рис. 38. Конформация нормального ?-спиралей, а в патологическом больше ?- пластов (рис.
и прионового белка 38).
По гипотезе Прузинера аномальная конформация белка приона может передаваться молекулам нормального белка. Возникает вопрос, каким образом неправильно свернутый белок может стать инфекционным и воспроизводить самого себя? Ни один из рассмотренных нами механизмов образования белка не позволяет белковой молекуле управлять своей собственной репликацией. Как бы то ни было, поведение этого белка противоречит догме классической генетики. И хотя за исследование прионов Прузинер в 1997 г. награжден Нобелевской премией, многое в этой проблеме остается неясным. Возможно, что процесс "прионизации" обусловлен тем, что шапероны по каким-то причинам не помогают складываться этому белку в правильную третичную структуру.
У дрожжей обнаружены белки - аналоги прионов человека. Они также состоят преимущественно из ?-пластов и тоже склонны к олигомеризации. Олигомеризованные формы белка проявляют повышенную протеазоустойчивость. Еще один прион обнаружен у гриба Podospora anserina. Постепенно накапливающиеся в этой области данные грозят крушением некоторых привычных представлений о реализации генетической информации. По крайней мере, уже сейчас ясно, что одной первичной структуре белка может соответствовать не одна нативная конформационная структура белка и не один уровень ферментативной активности. Возможно, это до сих пор неизвестный уровень эпигенетического контроля трансляции белков и, что самое интригующее, наследование модификаций на уровне конформации белка. Значит, наследственные изменения не сводятся только к мутациям.
Нормальный белок приона экспрессируется в клетках мозга, особенно в синапсах. В легких, селезенке и мышцах содержание этого белка в 10-15 раз меньше, чем в нервной ткани. До сих пор роль этого белка неизвестна. Интересно, что нокаутированные по гену приона мыши, не экспрессирующие этот белок вообще, нормально существуют. Когда прион становится патогенным, он накапливается в мозге в больших количествах в виде волокон или палочек, образующих амилоидные бляшки. Ген прионового белка находится у человека в 20-й хромосоме. В настоящее время он клонирован и изучена его структура. Ген оказался консервативным у млекопитающих. Описаны мутации в гене приона, которые обусловливают наследственные формы болезни Кройцфельда - Якоба и семейную фатальную бессонницу. Одни мутации представлены точковыми аминокислотными заменами в полипептидной цепи белка, другие - увеличением числа повторов в N-концевой части белка. Есть данные, что эти повторы существенны для превращения белка в патологическую конформацию.
Изучение патогенеза прионовых заболеваний показало, что для переноса инфекции от одного животного к другому необходима нормальная экспрессия нормального гена приона. Нокаутированных мышей, у которых ген приона отсутствует, заразить инфекционным прионом не удается. Выяснено также, что повышенная экспрессия нормального гена приона также приводит к развитию заболевания губчатой энцефалопатией. Это как будто подтверждает предположение, что возможна спонтанная перестройка нормального прионового белка в патологический.
С экологической точки зрения интерес представляет возможность межвидового переноса прионовых агентов. Особенно актуальна эта проблема в связи с опасностью заражения человека от больных животных. Попытки заражения мышей хомячковым и коровьим прионом сначала дали отрицательные результаты, однако впоследствии мыши все же заболели. Просто в этих случаях латентный период был гораздо больше, чем при заражении мышей мышиным прионом.
А теперь вспомним эпидемию коровьего бешенства в Англии, которая началась в середине 80-х годов после того, как были изменены условия приготовления пищевых добавок к корму крупного рогатого скота из органов овец, больных скрепи. В 1996-1997 гг. эпидемия достигла небывалых размеров, пришлось уничтожить 130 тыс. больных коров. Ущерб составил 300 млн. фунтов стерлингов. Есть предположение, что 900 тысяч коров, находящихся в инкубационном периоде энцефалопатии, были съедены в основном в Англии. Английские ученые предсказывают в связи с этим проявление прионовой патологии у 70-80 тысяч англичан. То, что болезнь Кройцфельда - Якоба можно передать от человека обезьяне, доказал в своих исследованиях еще Гайдушек. До него это заболевание заразным не считалось. В процессе развития эпидемии коровьего бешенства в Англии появилась новая нетипичная форма болезни Кройцфельда - Якоба. Появление ее связывают с заражением людей через мясо больных коров. Белок прион этих больных очень похож на коровий и отличается от типичных прионов, характерных для ранее встречавшейся болезни Кройцфельда - Якоба. Прионовый агент настолько устойчивый, что никакая термическая обработка мяса его не инактивирует.
Человек может заразиться и от больного человека( при лечении препаратами гормонов из гипофизов трупов, а также при пересадке твердой оболочки мозга, либо при введении биопрепаратов). Какова роль в развитии описываемых заболеваний иммунной системы? Распознает ли она прионовый агент? Развиваются ли при попадании приона в организм эффекторные реакции иммунитета и какие? Все эти вопросы волнуют исследователей с самого начала открытия прионов. Показано, что специфическая иммунологическая реакция, направленная на элиминацию прионовых агентов, не развивается. Само по себе это представляется странным: изменилась первичная структура белка и его конформация, что однако совершенно не замечается иммунной системой. Тем не менее, иммунная система не остается безучастной к ним. При любом способе заражения инфекционный агент не сразу попадает в мозг. Показано, что он длительно может персистировать в лимфоузлах, миндалинах, пейеровых бляшках и селезенке. Спленэктомия, произведенная до или в короткое время после заражения мышей прионами, значительно удлиняла латентный период заболевания. Тимэктомия подобного эффекта не вызывала. Если же инфекция уже локализовалась в нервной системе, спленэктомия ничего не изменяла. У мышей с тяжелым комбинированным дефицитом, у которых наряду со зрелыми Т- и В-лимфоцитами, отсутствуют и дендритные клетки, вызвать инфекцию прионами не удается.
Все это доказывает важность периферического периода в течение прионового заболевания. Кроме того, что очень важно, эти данные фокусируют внимание исследователей на существовании реальной опасности горизонтального переноса прионовых заболеваний путем гемотрансфузии, трансплантации органов и тканей, а также через хирургические инструменты.
Интересно, что разного рода воздействия, стимулирующие иммунную систему, повышают чувствительность мышей к заражению агентом скрэпи, а иммунодепрессанты, наоборот, уменьшают эту чувствительность.
В патогенезе прионовых заболеваний остается много неясного. Не все ученые разделяют точку зрения, что прионовый белок является непосредственным этиологическим фактором указанных заболеваний. Они предполагают, что причина не выяснена и что прион - это лишь свидетель неизвестного инфекционного агента.

Глава 11. РЕГУЛЯЦИЯ АКТИВНОСТИ ГЕНОВ

Функции и морфология разных клеток одного организма порой так сильно отличаются, что трудно представить, что они обладают одним и тем же геномом. Тем не менее это так. Дифференцировка клеток, в результате которой они становятся мало похожими друг на друга внешне и выполняют разные функции, определяется изменением экспрессии генов, не сопровождающимися, как правило, изменениями в последовательности ДНК. В результате в клетках разных типов или на разных стадиях развития клеток одного типа синтезируются разные наборы белков. Некоторые исключения из этого правила касаются работы генов, кодирующих иммуноглобулины, мембранные формы которых являются антигенраспознающими рецепторами В-лимфоцитов, и Т-клеточные антигенраспознающие рецепторы.
Механизмы регуляции генов стабильны и передаются по наследству от клетки к клетке. Это подтверждается экспериментами in vitro - при выращивании вне организма на культуральной среде определенного типа клетки сохраняют свои уникальные свойства.
Регуляция генной активности сложна и многогранна из-за необычайного разнообразия участвующих в ней процессов и проходит на всех уровнях реализации генетической информации от ДНК к РНК и белку, т.е. на уровне репликации, транскрипции, трансляции и посттрансляционной модификации белков.
Для большинства генов наиболее важным является контроль на уровне транскрипции. Он осуществляется специальными белками, специфически связывающимися с ДНК в области промотора гена. Результатом этого связывания может быть как активация работы гена, так и подавление ее. Разные типы клеток обладают разным набором таких регуляторов и, следовательно, разными наборами активированных генов. Гены высших эукариот обычно регулируются путем комбинированного воздействия нескольких белков - факторов транскрипции. В отличие от прокариот, у которых фермент РНК-полимераза узнает сайт инициации транскрипции непосредственно, у эукариот транскрипция представляет собой гораздо более сложный процесс. В ней принимают участие три РНК-полимеразы - I,II,III, эволюционно родственные ферменту бактерий, но содержащие большее число субъединиц. Эукариотическая РНК-полимераза узнает комплекс ДНК со специфическим фактором транскрипции. Фактор связывается с последовательностью ТАТА, расположенной на участке 25-30 п.н. от сайта инициации транскрипции. Оказалось, что для эффективной транскрипции необходимо взаимодействие факторов транскрипции с сайтами ДНК, находящимися на большом отдалении от промотора, на десятки тысяч п.н. Одни из них - энхансеры, т. е. усилители. Соединение с ними факторов транскрипции усиливает транскрипцию. Противоположным эффектом обладают сайленсеры, т. е. сайты ДНК, которые, взаимодействуя с факторами транскрипции, ингибируют ее. Эффект энхансеров и сайленсеров, находящихся в большом отдалении от промотора, возможен благодаря гибкости ДНК, что позволяет присоединившимся к ним белкам влиять на РНК-полимеразу. Включение и выключение гена обусловлено взаимодействием с сайтами ДНК, с РНК-полимеразой и друг с другом многих факторов транскрипции. Для каждого типа клеток набор факторов транскрипции является уникальным.
Рассмотрим способ регуляции активности генов путем возникновения перестроек генетического аппарата, возникающих в онтогенезе. Такие перестройки распространены у одноклеточных организмов и в соматических клетках многоклеточных. Многие из них происходят случайно, другие запрограммированы и приурочены к определенным стадиям дифференцировки клеток и связаны с этими стадиями.
Перестройки генетического материала обусловлены гомологической и негомологической рекомбинациями, т.е. перераспределением генетического материала (ДНК), приводящими к возникновению новых комбинаций генов. В отличие от репликации и репарации, обеспечивающих воспроизведение и сохранение генетического материала, рекомбинация приводит к генетической изменчивости.
Гомологическая рекомбинация приводит к обмену гомологичными участками хромосом. Биологическое значение гомологической рекомбинации велико. Она вносит вклад в генетическую изменчивость, позволяющую организмам приспосабливаться к среде обитания. Негомологическая рекомбинация - это процесс, использующий очень ограниченную гомологию между рекомбинирующими участками, либо вообще обходящийся без нее. К последней относятся сайт-специфическая рекомбинация, транспозиции и незаконная рекомбинация.
К сайт-специфической рекомбинации относятся перестройки в последовательностях ДНК, кодирующих иммуноглобулины и рецепторы Т-лимфоцитов. Транспозиции - это перемещение подвижных генетических элементов - транспозонов. Незаконная рекомбинация происходит без гомологии между участками ДНК, а также без сайт-специфической рекомбинации и транспозиции. Примерами незаконной рекомбинации являются захват ретровирусами участка ДНК и перенос в другое место, в другой организм, а также интеграция ДНК, вводимой в клетку инъекцией. Примерами сайт-специфической перестройки является инверсия сегмента Н в хромосоме S.typhimurium, ответственного за смену жгутиковых антигенов. Это обеспечивает выживание бактерий в условиях иммунного ответа хозяина. За счет смены антигена они избегают развившихся эффекторных реакции иммунитета и обеспечивают новую волну инфекции. Хозяин включается в борьбу с новыми антигенами. Так продолжается гонка между паразитом и хозяином. До окончательной победы....
Еще один механизм регуляции активности генов путем перестроек - это диминуция хроматина. Она описана у нематод еще в 1887 году классиком клеточной биологии Т. Бовери. Диминуция заключается в фрагментации и элиминации значительной части генома. При диминуции может удаляться до 85% хроматина. Это оригинальный метод выключения генов - его удаление. В противоположность этому, запрограммированная амплификация (увеличение числа его копий) генов - механизм усиления функционирования генов. Амплификация генов описана в генах рибосомных РНК и гистонов в ооцитах многих организмов.
Самый яркий пример запрограммированной перестройки генов - это формирование генов путем перестройки генных сегментов для образования зрелых генов, кодирующих иммуноглобулины (рецепторы В-лимфоцитов) и рецепторы Т-лимфоцитов. Эти процессы являются тканеспецифическими, т. е. происходят только при дифференцировке В- и Т-лимфоцитов. Каждый этап перестройки, а их несколько, приурочен к строго определенной стадии дифференцировки. Этот механизм обеспечивает беспрецедентное разнообразие генов иммуноглобулинов и Т-клеточных рецепторов при использовании относительно небольшого числа зародышевых генных сегментов. Подробнее этот механизм описан в главе.....
Суммируем основные механизмы регуляции работы генов, ради которых происходят перестройки:
подстановка кодирующей рамки гена под промотор
состыковка разобщенных частей гена
удаление гена из генома
амплификация гена
Необходимо отметить, что из этих механизмов вытекает одно важное обстоятельство - а именно, что в разных клетках организма, возникших из одной оплодотворенной яйцеклетки, могут быть различия в структуре генетического материала.
В 70-х годах 20 века в области молекулярной биологии было сделано удивительное открытие. Оказалось, что в ДНК есть фрагменты, которые могут перемещаться как в пределах одной хромосомы, так и между хромосомами. Они были названы мобильными элементами, или транспозонами. Размеры транспозонов сопоставимы с размерами генов, локализация которых в геноме стабильна, т.е. они включают от тысячи до десятков тысяч пар нуклеотидов.
Перемещения транспозонов - транспозиции осуществляются с помощью белков-ферментов. Они производят либо вырезание транспозона из одного места и встраивание его в другое, либо образуют сначала копию транспозона и ее внедряют в новое место, при этом родительская копия остается на прежнем месте. В последнем случае наблюдается размножение транспозонов в геноме.
Открытие транспозонов опровергло существовавшую в молекулярной биологии догму относительно неизменности последовательности нуклеотидов ДНК по длине хромосомы. Оказалось, что последовательность их может изменяться, благодаря перемещению фрагментов ДНК.
Встраиваясь в окрестности гена, транспозоны могут вызывать мутации, называемые инсерционными (insertio - вставка). Так, например, у плодовой мухи дрозофилы подавляющая часть спонтанных мутаций (до 80%) обусловлена внедрением транспозонов.
Подвижные элементы часто называют по их способности перемещаться - Магеллан, Бигль, hobo - бродяга, gypsy - цыган и др. Авророй остроумно назван транспозон, подвижный в прошлом и заякоренный в настоящее время.
Транспозоны вездесущи. Они обнаружены у прокариот и эукариот, у растений и животных. Транспозоны эукариот представлены несколькими семействами. Обычно они рассеяны по геному, составляя 10-40% генома, но иногда могут концентрироваться в некоторых участках. У бактерий транспозоны могут содержать гены устойчивости к антибиотикам.

Рис. 39. Структура транспозонов, механизм перемещения и их участие в репарации.

Перемещения транспозонов - достаточно редкие явления. Например, у бактерий - один акт перемещения на 10000 - 1000000 клеток. Однако при определенных внешних воздействиях ( стрессе, вызванном изменением температуры, облучением) частота перемещений может сильно возрастать, так что составит частоту - 1 акт на 10- 100 особей за поколение.
В зависимости от молекулярных механизмов, обеспечивающих перемещение, транспозоны разделяются на собственно транспозоны и ретротранспозоны.
Транспозоны (рис. 39) обязательно включают ген, кодирующий транспозазу и ограничивающие его инвертированные повторы. Инвертированные повторы сближаются и точно вырезаются из ДНК вместе с геном транспозазы. Транспозаза делает разрыв в ДНК-мишени и вносит вырезанный фрагмент ДНК. Брешь в ДНК после вырезания транспозона застраивается транспозазой с участием гомологичного участка сестринской хромосомы, только что реплицированной.
Другой класс подвижных элементов - ретротранспозоны. Механизм их перемещения связан с работой обратной транскриптазы, фермента, открытого Г. Теминым и Д. Балтимором в 1970 году. Обратная транскриптаза была обнаружена при изучении ретровирусов, содержащих РНК, которая служит матрицей для синтеза ДНК. При этом обратная транскриптаза осуществляет и синтез второй цепи ДНК, а РНК-матрица удаляется и распадается. Вновь синтезированная ДНК перемещается в ядро и может встроиться в хозяйскую хромосому, образуя провирус. Провирус стабильно наследуется в ряду поколений клетки, как обычный ген. В геноме млекопитающих в большом количестве содержатся эндогенные провирусы, которые безвредны. Провирус ограничен длинными концевыми повторами (long terminal repeаts - LTR). Они необходимы для его репликации и транскрипции. Один из них является промотором, с которым взаимодействует РНК-полимераза. Синтезированная РНК в дальнейшем транслируется с образованием белков, необходимых для формирования вирусных частиц, а также белков, необходимых для синтеза ДНК провируса и его внедрения в геном. Образовавшиеся вирусные частицы могут из клетки выйти и заразить другие клетки. Транспозаза, в отличие от ДНК-полимеразы, работает с ошибками. Может случиться, что в состав будущего провируса попадет материал других клеточных генов, например, управляющих пролиферацией. Это может обусловить злокачественное перерождение клеток.
Структуру провирусов фактически повторяют ретротранспозоны. Отличие лишь в том, что ретротранспозоны не имеют генов, кодирующих белки вирусной оболочки и, следовательно, они не инфекционны, так как не могут выйти из клетки и заразить другие клетки.
Остается открытым вопрос, произошли ли ретровирусы от ретротранспозонов, или, наоборот, ретротранспозоны возникли из вирусов, утратив способность к заражению.
Отношение к подвижным элементам ДНК как к эгоистической ДНК, которая паразитирует в ДНК хозяина и занимается только своим размножением, в последние годы изменилось. В главе 4 расмотрена проблема недорепликации ДНК и достраивания концов хромосом с помощью теломеразы. Оказалось, что иногда укороченные концы хромосом восстанавливаются за счет транспозонов. Например, у дрозофилы отсутствует теломеразный механизм, а утраченные концы хромосом восстанавливаются за счет ретротранспозонов. В этом случае они выступают как спасатели хромосом.
Подвижные элементы иногда используются клеткой для залечивания двунитевых разрывов ДНК. Заплатка в виде транспозона позволяет хромосоме не утратить оторванный от центромеры фрагмент. Конечно, при этом исходная последовательность нуклеотидов не будет восстановлена. Однако если этот район ДНК не содержит генов, то клетка полностью сохранит жизнеспособность.
Помимо этих важнейших функций, транспозоны могут участвовать в регуляции экспрессии генов. Внедряясь в ген, транспозон может разорвать экзон; в этом случае ген лишиться возможности кодировать белок. Внедряясь в район промотора, сайты энхансеров или сайленсеров, он может нарушить регуляторную область гена. Только попадание в интрон может быть безвредным, если вся последовательность интрона вместе с транспозоном будет вырезаться при процессинге РНК.
При рассмотрении роли транспозонов в регуляции экспрессии генов не стоит забывать, что они имеют собственные промоторы и сайты терминации транскрипции, а также экзоны, интроны и сигналы, обеспечивающие сплайсинг.
Внесение с транспозоном нормального регулирующего сигнала может привести к усилению транскрипции гена. Если этим геном окажется протоонкоген, может начаться сверхпродукция соответствующего белка, ведущая к злокачественной трансформации клетки.
Есть данные, что в эволюции генома регулирующие сайты подвижных элементов превращаются в энхансеры клеточных генов. Так, белок-рецептор ретиноевой кислоты узнает регуляторную последовательность гена, которая была приобретена в результате внедрения подвижного элемента. Ретротранспозон может привести к экспрессии гена в ткани, где он обычно молчит.
Подвижные элементы могут принимать участие в хромосомных перестройках. Процесс рекомбинации в присутствии подвижных элементов может изменить свой характер. Так, в результате неравного кроссинговера, проходящего по встройке подвижного элемента, может образоваться делеция или дупликация генов.
Еще один способ регуляции активности генов заключается в метилировании ДНК. Более 50 лет тому назад в ДНК было обнаружено азотистое основание - 5-метилцитозин. Сначала предположили, что оно, подобно четырем основным основаниям, в составе нуклеотидов включается в ДНК при ее репликации. Однако вскоре выяснилось, что цитозин метилируется уже после начала репликации специальным ферментом - ДНК-метилтрансферазой. В ДНК позвоночных метилируется цитозин в положении ЦГ, т. е. когда за ним следует гуанин. Метилирование ДНК, открытое еще до открытия двойной спирали ДНК, остается до сих пор наиболее старой из нерешенных проблем. Трудно назвать генетические процессы, в которых не участвует метилирование ДНК - оно влияет на экспрессию генов, репликацию и репарацию ДНК, активацию хромосом , разрывы, обмены, образование Z-формы и другие процессы. Подобная полифункциональность не знает аналогии в клетке. В то же время, если метилирование так важно, то почему оно совсем отсутствует у дрозофилы, дрожжей и нематоды C. elegans?. Нормальное развитие млекопитающих невозможно без метилирования, Если нокаутировать ген метилтрансферазы, осуществляющей метилирование, развитие эмбриона останавливается на ранних стадиях. В то же время метилирование представляет опасность, так как метилцитозин может дезаминироваться и превращаться в тимин. Таким образом, при репликации ДНК вместо пары ГЦ будет AT. Известно, что такие мутации вызывают заболевания - фенилкетонурию, тяжелый комбинированный иммунодефицит, гемофилию и др. Примерно у половины больных гемофилией мутации не наследуются от родителей, а возникают заново в течение жизни. Превращение метилированного цитозина в тимин, а следовательно накопление мутаций, происходит при старении. Однако в процессе дифференцировки клеток этот способ регуляции активности генов носит скорее вспомогательный характер и используется для закрепления выбранного пути развития клетки.
ДНК неактивных генов метилирована в большей степени, чем активных. Метилирование привлекает белки, подавляющие транскрипцию. Метилирование интрона, наоборот, может активировать ген. В процессе образования гамет рисунок метилирования стирается и устанавливается новый - один, характерный для гена в сперматозоиде, другой - для того же гена в яйцеклетке. Может случиться так, что ген, пришедший в зиготу от отца, сильнее метилирован и, следовательно, неактивен. Другими словами, гены эукариот способны сохранять память о том, в составе какого генотипа они пребывали, и соответственно химически модифицироваться, изменяя характер своей экспрессии.

+Аа х >Аа +Аа х >А*а
(нет импринтинга) (есть импринтинг)

+

>

А

а

+

>

А

а

А


АА

Аа


А*


А*А

А*а

а


Аа

аа


а*


Аа*

Аа*



3 А• : 1 аа


1 А• : 1 аа

А* - доминантный ген, импринтированный в мужских гаметах. В этом случае фенотип потомка с генотипом А*а не будет отличаться от фенотипа потомка с генотипом аа, так как доминантный ген, полученный от отца проявляться не будет, он выключен.

Рис. 40. Импринтинг

Это явление называется импринтингом, что обозначает след, запечатление. Предположим, в гетерозиготе самцовый ген метилирован, поэтому мутация в нем может не проявляться. Если же мутация в гене самочьем, а он слабо метилирован, проявится заболевания. У человека много импринтированных генов. Реципрокные гибриды по импринтированным генам, вопреки генетической догме, неидентичны. Значит, некоторые гены несут отпечатки пола родителей (рис. 40). В настоящее время есть методы, позволяющие получить мышей, у которых пара гомологичных хромосом от одного родителя. Если, например, 11 хромосома от матери, мыши очень маленькие, если от отца - очень большие. У человека шизофрения и псориаз протекают очень тяжело, если передаются по отцовской линии;поликистоз почек и эпилепсия, наоборот, предаются по материнской линии.

11.1 Посттранскрипционный уровень регуляции активности генов

Многие гены эукариот кодируют различные белки за счет альтернативного сплайсинга мРНК. Другими словами, один и тот же ген может быть матрицей для нескольких белков.
Конститутивная форма альтернативного сплайсинга обусловлена двусмысленностью интрона, когда механизм сплайсинга не может различить две или более альтернативные пары 5' и 3'-сайтов сплайсирования. Поэтому случайно образуются разные формы мРНК. Это характерно для наследственного заболевания ?-талассемии. В большинстве же случаев отбор сайтов сплайсинга определяется клеткой, в результате чего образуются тканеспецифические белки.
Замены экзонов, происходящие при альтернативном сплайсинге, приводят к появлению белков, чаще всего обладающих сходными функциями. Однако возможны и такие случаи, когда синтезируются белки с различающимися и даже противоположными свойствами. Предполагают, что выбор сайтов сплайсинга обусловлен связыванием тканеспецифических белков с растущим РНК-транскриптом.
Необходимость транскрибирования ДНК в составе хроматина сильно усложняет транскрипцию у эукариот. Показано, что изменение упаковки ДНК влияет на экспрессию генов. Предполагают, что гены становятся неактивными, если соответствующий участок подвергается суперспирализации, т. е. образованию гетерохроматина. Это подтверждается данными, полученными при изучении инактивации одной из Х-хромосом в клетках млекопитающих. Все клетки женского организма имеют две Х-хромосомы, а мужского - одну Х- и одну Y-хромосому. Предполагают, что двойная доза продуктов генов Х-хромосомы является летальной, поэтому одна Х-хромосома инактивируется. При этом она полностью конденсируется и образует гетерохроматин. Такие конденсированные хромосомы можно увидеть в световом микроскопе. Это так называемые тельца Барра.

Глава 12. МАНИПУЛИРОВАНИЕ ГЕНАМИ И ГЕНОМАМИ

12. 1.Технология рекомбинантных ДНК

Для изучения структуры и функций ДНК классическим подходом является использование генетических методов, которые на основе анализа фенотипов мутантных организмов позволяет судить о функции генов, их местоположении в хромосомах. В последнее время этот подход обогатился набором методов, позволяющих производить детальный анализ генетического материала - это технология рекомбинантных ДНК. Появление этих методов в 70-х годах называют методической революцией в молекулярной биологии. Они позволяют вырезать определенные участки ДНК, получать практически неограниченное число их копий, определять последовательность нуклеотидов в них, изменять по желанию экспериментатора выделенный ген и вводить его в геном вируса, бактерии или эукариотической клетки, где этот ген начнет функционировать. Техника рекомбинантных ДНК оказала существенное влияние на фундаментальную биологическую науку, позволяя решать задачи, которые раньше представлялись неразрешимыми. Применение этих методов в биотехнологии позволяет получать труднодоступные биологические вещества в виде лекарственных препаратов, новые штаммы полезных бактерий, трансгенные растения и животные.
Расщепление ДНК рестриктазами. Это первый этап на пути выделения гена. Рестриктазы - это класс бактериальных ферментов, опознающих определенные последовательности нуклеотидов в двуспиральной ДНК и разрезающие ее в этих сайтах. В настоящее время производится более 100 рестриктаз, распознающих разные сайты. В качестве отступления необходимо заметить, что бактерии используют рестриктазы как средство защиты от вторжения чужеродных молекул ДНК, например, фаговой. При этом геном бактерии защищен метилированием нуклеотидов в сайтах рестрикции. Комбинация рестриктаз позволяет разрезать ДНК в строго установленных местах с хирургической точностью, с образованием заданных фрагментов (Рис. 41). Рестрикционные фрагменты ДНК уникальны у каждого человека. Поэтому, проведя их электрофорез в геле, можно получить картинку, напоминающую товарный код. По ней можно устанавливать отцовство, материнство и дальнее родство.



Рис. 41. Действие разных рестриктаз на ДНК. Образование липких концов.

Клонирование ДНК. Многие рестриктазы производят разрезание в двуцепочечной ДНК со смещением в несколько нуклеотидов, так что на концах фрагментов образуются одноцепочечные участки. Их называют липкими концами, так как они могут образовывать комплементарные пары с одноцепочечными участками другого фрагмента. Таким образом любой фрагмент ДНК можно воссоединить, включить в другую ДНК, например, вируса или плазмиды и др. Клон - это множество копий идентичных одному предшественнику. Схема клонирования гетерологичной ДНК в плазмиде представлена на рис. 42. Для получения клона ДНК можно использовать также бактериофаги, которые могут принять фрагмент чужеродной ДНК. Чаще всего для этой цели используют ДНК фага ?.








Рис. 42. Клонирование эукариотической ДНК в плазмиде бактерий.







Центральная часть его ДНК может быть заменена фрагментом в 15-20 т.п.н. без ущерба для репликации такого рекомбинантного фага в клетках E.coli. Дале E.coli заражают фагами с фрагментом, например, человеческой ДНК, так что одна E.coli заражается одним рекомбинантным фагом; при размножении она будет нарабатывать фрагмент человеческой ДНК.
Таким образом получают полное собрание генома человека, распределенное по отдельным томам рекомбинантных молекул фаговых частиц в суперобложке бактерии E.coli. Это и есть геномная библиотека. E.coli, зараженные фагом, высевают на питательную среду. Неинфицированные клетки растут, образуя "газон", а инфицированные фагом - лизируются с образованием пятна лизиса, или бляшки. Каждая бляшка содержит множество копий фага с одним фрагментом ДНК человека. Теперь надо отобрать бляшки с нужным фрагментом ДНК. Это делатся с помощью ДНК-зонда, т.е. короткой последовательности в гене человека. Далее только этот фаг с нужным фрагментом размножают в E.coli.
Клонирование кДНК. Если клонирование геномной ДНК предполагает получение клонов ДНК, не зависимо от того, есть в ней гены или нет, то клонировние кДНК направлено на получение генов. Для этого сначала из клеток, в которых интересующий ген экспрессируется достаточно интенсивно, выделяют мРНК. Она, как известно, после созревания не содержит интронов. Затем in vitro производят ее копирование с помощью обратной вирусной транскриптазы (открыта в 1970 г. Г. Темином и Д.Балтимором) в однонитевую ДНК, а потом к ней достраивают вторую комплементарную цепь. Клонирование полученной ДНК осуществляют, как описано выше. Получается библиотека кДНК или генов. Такой метод применяют для получения так называемых одноцепочечных антител. Схема метода представлена на рис. 43. Сначала получают кДНК для VH- и VL-доменов антител и сшивают эти фрагменты ДНК. После трансфекции E.сoli этой ДНК и заражения нитчатым фагом трансфецированные бактерии размножают. В результате образуется множество нитчатых фагов, которые на своей поверхности экспрессируют V-домены антител человека.


Рис. 43. Получение антител человека с помощью нитчатых фагов.

Секвенирование ДНК. Это определение последовательностей нуклеотидов в ДНК. Существует два метода секвенировния. Один из них химический метод Максама-Гилберта, другой основан на репликации ДНК метод Сэнгера. Во избежание излишнего усложнения учебного пособия, мы здесь не описываем эти методы.
Амплификация сегментов ДНК с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) (рис. 44). Для проведения ПЦР достаточно небольшого количества ДНК (из нескольких клеток). Метод прост и изящен, но для его осуществления надо знать нуклеотидную последовательность амплифицируемой ДНК, чтобы синтезировть два олигонуклеотида - праймера, каждый из которых комплементарен участку одной из цепей

Рис. 44. Проведение полимеразной цепной реакции.

ДНК, примыкающему к выбранному для амплификации сегменту. Сначала ДНК нагревают для разделения дуплекса и копируют. Вновь образовавшиеся дуплексы опять разделяют нагреванаием и проводят следующий раунд амплификации. В ПЦР используют фермент ДНК-полимеразу термофильных архей - Taq- или Pfu- полимеразы. В ПЦР можно амплифицировать фрагменты ДНК длиной до 35 тысяч п.н.
Применение этих и других методов сделало возможным выделение и анализ структуры и функции любого гена.
Выдающимся достижением современной генетики является создание способов направленной модификации геномов животных, растений и микроорганизмов. Имеется в виду рукотворное направленное воздействие на геном - изменение структуры генов, введение в геном чужеродных генов в виде природных или искусственно созданных генных конструкций, а также конструирование новых, доселе не существовавших в природе геномов. В 1982 году создан Международный центр по генной инженерии и биотехнологии, объединяющий 32 государства.
Началось все с трансгенеза, т.е. с переноса генов из одного организма в другой. Основанием для этого послужила разработка методов молекулярной биологии гена, позволяющих выделять определенный ген, получать необходимое число его копий, т.е. клонировать, осуществлять кройку-шитье генов, т.е. убирать ненужные участки и пришивать новые, а также техника рекомбинантных ДНК, позволяющая помещать гены в реплицирующийся вектор - вирус или плазмиду - для дальнейшего переноса в другой организм.
В настоящее время трансгенез превратился в стратегическое направление исследований, дающее ответы на многие фундаментальные и прикладные вопросы. С помощью трансгенеза создают новые породы животных, сорта растений и штаммы микроорганизмов. Трансгены можно вводить в соматические клетки, в оплодотворенную яйцеклетку, а также в стволовые эмбриональные клетки, культивируемые in vitro.
Методы введения генов разнообразны и выбор их зависит от клеток, которые подвергаются трансгенезу. Введение в пронуклеус оплодотворенной яйцеклетки осуществляют непосредственной инъекцией генетической конструкции с использованием микроманипулятора. Таким способом получают трансгенных животных. В стволовые эмбриональные клетки трансгены вводят с помощью вирусной инфекции или электропорации. Затем модифицированные таким образом клетки вводят в бластоцисту мыши, которую трансплантируют в матку ложнобеременной самки. При успешном исходе получается химерная мышь, содержащая трансгенные клетки в разных тканях, в том числе и в зародышевом пути. Трансгенез соматических клеток используют как основной прием в генной терапии. Но об этом несколько позже.

12. 2. Генетическая инженерия

В 1972 году американский ученый Пол Берг опубликовал сообщение о получении in vitro рекомбинантной ДНК, состоящей из фрагментов ДНК вируса и бактерии. Так, развитие технологии рекомбинантных ДНК ознаменовало рождение новой отрасли молекулярной биологии - генетической инженерии. Задачи этого направления исследований разнообразны. Во-первых, это изучение механизмов функционирования генетического материала эукариот, включая человека. Во-вторых, практические задачи, многие из которых уже сейчас успешно решены. На основе переноса искусственно созданных генетических конструкций в разные организмы получены трансгенные микроорганизмы, растения и животные. Разработаны методы создания новых диагностикумов для выявления наследственных и вирусных заболеваний. В медицине в связи с успехами генной инженерии появилась генная терапия, основанная на введении в организм больного новой генетической конструкции. Генная инженерия индуцировала развитие таких направлений, как генная археология, генная дактилоскопия и т.д. Предпосылками к возникновению генной инженерии были три группы важнейших открытий:
открытие структуры и функции генетического аппарата клетки;
открытие механизмов рекомбинации ДНК - гомологичной и негомологичной;
обнаружение в бактериальных клетках внехромосомных маленьких кольцевых ДНК, плазмид, способных к репликации и выделяющихся из бактерий в нативном виде;
открытие рестриктаз, бактериальных ферментов, способных расщеплять ДНК в строго определенных местах с образованием фрагментов с липкими концами.
Из этого перечисления открытий видно, что главным теоретическим принципом генной инженерии является генетическая рекомбинация, которая в естественных условиях постоянно осуществляется в организмах. Однако в природе существует много ограничений на рекомбинацию между участками ДНК. Гомологичная рекомбинация происходит только между гомологичными хромосомами при скрещивании близкородственных организмов. Нельзя извне управлять процессом рекомбинации в организме, поэтому нельзя предугадать, какое получится потомство при скрещивании, и результаты часто бывают прямо противоположными ожидаемым. Эти обстоятельства делают путь к получению новой породы животных или нового сорта растений классическими методами селекции долгим, тернистым и зачастую малоуспешным.
Сущность генной инженерии заключается в том, что процесс рекомбинации производится вне организма, при этом преодолеваются все препятствия, с которыми сталкиваются ученые при классической селекции. В результате появились неограниченные возможности скрещивать гены видов, далеко отстоящих друг от друга на эволюционной лестнице. Появилась возможность управлять процессом рекомбинации, так как in vitro он не защищен запрещающими механизмами организма. И, наконец, можно предсказывать результат.
Как же получают необходимую рекомбинантную ДНК? Для этого используют вирусы или плазмиды. Сначала получают фрагмент гетерологичной ДНК, например, эукариотической и плазмидной с одинаковыми липкими концами. Для этого ту и другую ДНК обрабатывают одной и той же рестриктазой. В результате одноцепочечный липкий конец одного фрагмента оказывается комплиментарным концу другого фрагмента. Гибридизацию фрагментов проводят in vitro, а затем рекомбинантную плазмиду вводят в клетку. Обычно используемая плазмида имеет маркерный ген, придающий бактерии устойчивость к антибиотику. Поэтому бактерии, несущие рекомбинантные плазмиды, будут расти на среде с добавлением этого антибиотика, а все другие погибнут. Рекомбинантная плазмида начинает функционировать, т. е. ее ДНК реплицируется и транскрибируется. В результате в бактериальной клетке появляется белок, которого никогда в этих клетках в естественных условиях не было. Таким способом можно ввести любой ген в любую клетку.
Итак, основные процедуры генной инженерии сводятся к следующим:
рекомбинация in vitro ДНК-вектора и ДНК-гена;
введение рекомбинантной ДНК в вирус или плазмиду;
получение клона клеток, экспрессирующих данный ген.

12.3. Трансгенные микроорганизмы

Первыми организмами, которые по воле ученых содержали рекомбинантную ДНК, явились бактерии, а именно E. сoli, производящие генно-инженерный человеческий инсулин. Инсулин - гормон поджелудочной железы - играет главную роль в углеводном обмене. Если он не производится в организме (по разным причинам), развивается тяжелое заболевание - диабет. Для лечения больных диабетом применяли инъекции свиного инсулина, на который у многих больных развивалась иммунологическая реакция. Но даже потребности в свином инсулине удовлетворялись всего на 60%. Поэтому в качестве первой практической задачи генные инженеры клонировали ген человеческого инсулина и включили его в плазмиду, которой заразили E.coli (рис. 45). В результате E.coli. стали нарабатывать человеческий инсулин. За ночь каждая бактерия дает потомство 107 клеток. Из 1000 л бактериальной культуры получают 200 г инсулина, столько же, сколько получали раньше из 1600 кг поджелудочной железы свиней. Главное, для этих больных решена проблема иммунологической реактивности на чужеродный свиной инсулин.
Другой генно-инженерный биопрепарат - это интерферон, который успешно применяют для лечения вирусных заболеваний и злокачественных опухолей. В настоящее время на стадии клинического испытания находится более 1000 генно-инженерных лекарственных веществ. Около 200 новых диагностических препаратов уже введено в медицинскую практику. Так начало развиваться одно из главных направлений в генной инженерии - наработка труднодоступных лекарственных биопрепаратов - гормонов, факторов роста, нейро- и иммуномодуляторов, аминокислот, витаминов, антибиотиков. Второе направление - это получение рекомбинантных вакцин для профилактики инфекционных заболеваний. Идеалом является комбинированная вакцина, состоящая из иммунодоминантных эпитопов ряда возбудителей ( что в естественных условиях не встречается), эффективная при использовании в малой дозе для перорального введения людям и сельскохозяйственным животным.
В пищевой промышленности используются трансгенные штаммы организмов в хлебопечении, сыроварении, получении кисломолочных продуктов, виноделии и т.д.









Рис. 45 . Получение генноинженерного инсулина.












Для использования в сельском хозяйстве получены штаммы трансгенных бактерий, которые наиболее эффективно осуществляют фиксацию азота, улучшают состояние почв, препятствуют образованию льда на корнях растений и т. д. Для целей охраны окружающей среды используют трансгенные бактерии, которые очищают почву и воду от фенолов, от загрязнения нефтью, ракетным топливом гептилом и др. загрязняющими веществами.
Ген фермента хитиназы встроили в бакуловирус (вирусы этой группы поражают только насекомых), последний используют в качестве биоинсектицида. Попадая в организм насекомых, он поражает их кишечник. Есть проект, предусматривающий введение гена хитиназы в растения.

12. 4. Трансгенные растения

По прогнозам к 2020 году население Земного шара достигнет 8 млрд человек. Питание и медицинское обслуживание такого количества людей является первостепенной задачей, стоящей перед человечеством. Растения являются основой питания людей. Кроме того, они еще по-видимому долго будут оставаться источником биологически активных и лекарственных препаратов. Следовательно, повышение урожайности сельскохозяйственных растений является главной проблемой современности.
30 лет назад завершилась Зеленая революция, в результате которой при использовании традиционных методов селекции ученые добились повышения урожайности сельскохозяйственных культур вдвое. Это было достигнуто за счет переноса в создаваемые сорта растений генов, отвечающих за развитие короткого и прочного стебля, за более эффективную утилизацию удобрений, за устойчивость к заболеваниям и вредителям и др. Идеолог Зеленой революции Норман Борлуаг в 1970 году награжден Нобелевской премией. Сохранение демографического роста не снимает с повестки дня проблему обеспечения населения продовольствием. Одно из ее решений заключается в создании трансгенных растений методами переноса генов не путем скрещиваний выбранных сортов, а непосредственным внесением в геном нужных генов.
Растения имеют одно очень важное преимущество перед животными, а именно легко осуществима их регенерация in vitro из недифференцированных соматических клеток с получением нормальных фертильных растений. Это обусловлено тотипотентностью растительных клеток. Для конструирования генома растений необходимо решить следующие задачи: выделить конкретный ген, обеспечить включение его в наследственный аппарат растительной клетки и регенерировать из единичных модифицированных клеток нормальное растение с измененным генотипом. Для этого используют несколько методов трансгенеза.
Наиболее распространенный - это перенос генов с помощью Ti-плазмиды Agrobacterium tumifaciens, бактерий, которые поражают растения с образованием на корнях опухолеподобных разрастаний - корончатых галлов (Рис. 46). Эти бактерии обладают естественным механизмом горизонтального переноса генов, передавая свои плазмиды растительным клеткам. Это самый замечательный из известных примеров природной генетической инженерии. В природных популяциях Agrobacterium tumifaciens имеются плазмиды, содержащие опухолеродный генный сегмент. Встраивание его в клетку растения обусловливает развитие опухоли, которая синтезирует производные аргинина, отсутствующие у хозяина. Они необходимы для роста бактерий. Генные инженеры используют эти бактерии для трансгенеза. При этом из их плазмид вырезают гены, ответственные за образование корончатых галлов, и вносят нужные генетические конструкции. Однако этот метод эффективен только для двудольных растений, для однодольных, в основном злаковых, применяют баллистический метод - выстреливание из "генного ружья" золотых или вольфрамовых пулек, частиц величиной в 4мкм, покрытых ДНК, которую нужно перенести в клетку. Кроме того, применяют введение плазмидной ДНК в лишенные оболочки клетки растений (протопласты), электропорацию клеток, прокалывание клеток путем встряхивания их в суспензии микроигл, а также с помощью вирусной инфекции.
Вместе с нужным геном встраивают обычно и, так называемый, репортерный ген (ген устойчивости к канамицину), по которому судят, встроилась ли конструкция в клетку.
Постоянную угрозу для урожая сельскохозяйственных культур представляют сорняки. Для борьбы с ними применяют токсичные вещества - гербициды. Но при применении их страдают и культурные растения. Значит, надо сделать последние устойчивыми к гербицидам.










Рис. 46. Методы получения трансгенных растений.









Достигается это за счет введения генов, обеспечивающих ускоренный метаболизм гербицидов или кодирующих нечувствительные к гербицидам белки-мишени. В настоящее время созданы такие растения устойчивые к гербицидам широкого спектра действия. Бельгийцы пытаются выйти на рынок с трансгенной капустой, устойчивой к гербицидам. Пока им это не удается, так как есть опасность, что она сама станет сорняком, с которым не справиться. Устойчивая к гербициду Roundup соя признана в США растением года в 1997 году.
Другая проблема, которая решается методами трансгенеза, это создание растений устойчивых к болезням - вирусным, бактериальным, грибковым, и к вредителям. Такие растения получены. Многие из них устойчивы к десятку вирусов.
Для создания устойчивости к вредителям генные инженеры использовали способность токсина B. turingiensis поражать насекомых. Токсин bt расщепляется в кишечнике насекомых и активизируется, после чего связывается с рецепторами клеток кишечника и вызывает их лизис. Для млекопитающих токсин B. turingiensis совершенно безвреден. Ген, отвечающий за синтез этого токсина, выделен, клонирован и перенесен в геном растений. Они оказались не поедаемыми насекомыми. В настоящее время трансгенные растения хлопка, кукурузы, картофеля с геном токсина bt уже производятся разными фирмами, и семена их продаются.
Новая генетическая информация может быть включена не только в ядерный геном растений, но и в пластиды. В результате в такой трансгенной клетке образуется до 1000 копий трансгена. Такие растения называются транспластосомиками.
Особое направление в трансгенезе растений связано с получение так называемых съедобных вакцин. Для этого в растения вводятся гены, кодирующие белки патогенных для человека бактерий и вирусов. Получены бананы и картофель, синтезирующие вакцины против холерного вибриона. Растения могут производить и белки животного типа. Удалось получить растения, в листьях которых содержатся антитела против стрептококка, вызывающего зубной кариес.
С помощью трансгенеза оказалось возможным управлять синтезом жирных кислот в растениях с целью повышения или снижения содержания ненасыщенных жирных кислот в растительном масле, а также получение белка, более сбалансированного по аминокислотному составу и легкоусвояемого млекопитающими.
Получение трансгенных растений превратилось в рутинную технологию для решения различных практических задач, которыми занимаются научные учреждения и коммерческие фирмы. В настоящее время у 120 видов растений получены трансгенные формы. Разрешены для использования в народном хозяйстве трансгенные виды: соя, кукуруза, картофель, томаты, хлопок, рапс, тыква, табак, папая, свекла. В растения введены гены устойчивости к гербицидам, к насекомым, к вирусам, к грибковым и бактериальным заболеваниям, гены, регулирующие созревание плодов и др. В Китае на многих тысячах гектаров произрастают растения с генами ризобактерий, фиксирующих азот. Пока не ясно, можно ли заменить использование азотистых удобрений таким способом.
Но главной задачей трансгенеза растений все-таки остается повышение продуктивности. Российскими учеными создано 20 видов трансгенных растений. Некоторые из них в настоящее время проходят испытания.

Перечень некоторых трансгенных растений

Растения с генами устойчивости к вирусным заболеваниям (табак с геном интерферона, томаты, кукуруза с генами устойчивости).
Растения с генами устойчивости к гербицидам "Баста" и "Облава".
Растения с генами устойчивости к вредителям, в основном с генами токсина B.turingiensis (картофель устойчивый к колорадскому жуку и фитофторе, кукуруза, хлопчатник).
Растения с генами нитрогеназы, фермента из азотфиксирующих бактерий, способные усваивать атмосферный азот.
Растения ? пищевые вакцины (картофель и бананы как вакцины против холеры), растения с генами антител против холеры и др. заболеваний.
Транспластомики ? растения, у которых трансген введен в пластиды (неординарная экспрессия гена до 10000 копий в клетке).
Растения с генами, обеспечивающими распад предшественника этилена, для предотвращения быстрой порчи (негниющие томаты, бананы свключенными в их геном генов, тормозящих синтез этилена,и др.).
Растения с генами лекарственных препаратов.
Синие розы, с геном пигмента, заимствованным у других растений.

12. 5. Трансгенные животные

Главным достижением генной инженерии является создание способов модификации геномов животных. Речь идет о направленном изменении структуры генов животного или введения в геном чужеродных натуральных и искусственных генов, т. е. о направленном конструировании новых геномов.
Основой этого подхода является введение клонированной ДНК с помощью микроинъекции в пронуклеус, обычно мужской, зиготы (Рис. 47) При этом экзогенная ДНК способна интегрироваться в геном и становиться его компонентом - трансгеном, следовательно наследоваться в поколениях. Для проведения этой процедуры оплодотворенные яйцеклетки выделяют из яйцевода животного и с использованием микроманипулятора вводят ДНК. На рис. 47 показана схема подобного эксперимента. Введенная таким способом экзогенная ДНК
























Рис. 47. Получение трансгенных животных.

способна интегрироваться в геном реципиента случайным образом и зачастую в виде множества копий. Вследствие этого экспрессия одного и того же трансгена может варьировать в широких пределах, от полного ее отсутствия до уровня, превышающего экспрессию аутентичного гена. Тем не менее, этот метод активно используется как для получения как лабораторных, так и сельскохозяйственных трансгенных животных. Лабораторные трансгенные животные используются в основном для моделирования заболеваний человека. В настоящее время, благодаря трансгенной технологии, получено более 300 трансгенных линий мышей, моделирующих воспалительные, аутоиммунные, нейродегенеративные, онкологические и другие заболевания человека. Трансгенные сельскохозяйственные животные используются в основном как "фабрики" для наработки необходимых для человека биопрепаратов.
В последующем техника введения чужеродной ДНК в геном животных усовершенствовалась так, что стало возможным вводить ДНК направленно, адресно в конкретную часть генома. Основой этой технологии послужило использование эмбриональных стволовых (ЭС) клеток. Известно, что ЭС-клетки сохраняют высокие плюрипотентные свойства при длительном культивировании in vitro и, будучи вновь введенными в эмбрион, способны формировать химеры. Эта уникальная способность ЭС-клеток открыла широкие возможности для манипуляции с их генами. Адресное введение гена достигается благодаря возможности рекомбинации между экзогенной ДНК и ДНК реципиента. В результате этого происходит адресная инсерция гена в ДНК-мишень ЭС-клеток. После этого ЭС-клетки внедряют в бластоцисту животных на ранних стадиях развития (Рис. 48). В результате трансгенные эмбриональные стволовые клетки принимают участие в формировании тканей развивающегося плода, который представляет собой химеру. У химерных животных до 50% клеток составляют





























Рис. 48. Получение трансгенных животных с помощью эмбоиональных стволовых клеток

клетки - потомки введенных трансгенных эмбриональных стволовых клеток. Показано, что они присутствуют во всех тканях, в том числе и зародышевом пути.
В эмбриональные стволовые клетки трансгены вводят с помощью ретровирусов, электропорации, липосом, в виде "голой " плазмидной ДНК, в виде искусственных конструкций на основе полисахаридов и др. К настоящему времени получено более 2000 трансгенных мышей, в геноме которых находятся различные введенные генетические конструкции. Получены трансгенные козы, овцы, свиньи, коровы и другие сельскохозяйственные животные.
Вводимая таким способом ДНК интегрируется в геном случайным образом и зачастую в виде множественных копий. Вследствие этого экспрессия трансгена у разных животных может сильно варьировать. Тем не менее этот метод активно используется для практических целей,например, для получения животных, которые являются поставщиками человеческих белков - факторов свертывания крови, гормонов и других необходимых для лечения человека белков. Дело в том, что трансгенные прокариоты, которых получать проще, не достаточно полно справляются с аналогичной задачей. Они не могут осуществлять посттрансляционную модификацию белков так, как это делают эукариотические клетки ( фолдинг, гликозилирование и др.). использование биореакторов, в которых продуцентами биопрепаратов являются культивируемые клетки животных, очень дорого. К тому же культивируемые клетки часто проявляют нестабильность генома. В связи с этим наиболее перспективной для получения белков человека является биотехнология с использованием трансгенных животных. Животные адекватным образом осуществляют посттрансляционные процессы и могут быть настоящими фабриками по производству любого белка. При этом можно сделать так, что нужный белок будет выделяться с молоком, что очень удобно в ряде случаев. Для этого трансген помещают под контроль одного из генов, контролирующих белки молока. Для промышленного биопроизводства используют коров, коз, овец и свиней. В настоящее время имеется реальная возможность производства в молоке трансгенных животных более 65 биологически активных белков человека. Так получают антитрипсин для лечения заболевания легких, антитромбин, необходимый для лечения инфаркта миокарда и инсульта, факторы свертывания крови для лечения гемофилии, С-реактивный белок для лечения иммунодефицитов, иммуномодуляторы, биостимуляторы, антитела и др.
Трансгенные животные находят применение для моделирования заболеваний человека. Введенный трансген обеспечивает экспрессию рецептора к соответствующему вирусу и, следовательно, возможность возникновения вирусной инфекции. Такой прием необходим в случае моделирования на животных вирусных инфекций, поражающих только человека.
В последние годы внимание исследователей привлечено к возможности модификации генома животных на уровне индивидуальных хромосом. Появились способы создания искусственных хромосом и подходы к переносу их от одного животного к другому. По сути, это новая биотехнология или генная инженерия. Она основана на модификации генома эмбриональных стволовых клеток. В Институте цитологии и генетики СО РАН О. Л. Серовым с сотрудниками используется оригинальный подход. Получают гибриды между эмбриональными стволовыми клетками и соматическими клетками. В полученных гибридах, только в тех из них, которые сохраняют плюрипотентные свой свойства и способны образовывать при введении в бластоцисту химеры, находятся единичные хромосомы от соматического партнера. Будучи введенными в бластоцисту мыши, они способны формировать химеры, а последние - продуцировать гаметы, идентичные по генотипу гибридным клеткам. Согласно этой схеме, возможен перенос индивидуальных хромосом от одного животного к другому. Не менее привлекательным выглядит сочетание метода с клонированием. В этом случае ядра полученных гибридов переносят в энуклеированную яйцеклетку. Значит, такие реконструированные ооциты обеспечат развитие особей с генотипом гибридной клетки.
Есть еще одна интересная модификации трансгенеза, позволяющая переносить большие количества генетического материала. В основе его - контролируемая фрагментация клеточного ядра, так что отдельные фрагменты содержат индивидуальные хромосомы или их фрагменты, их называют микроклетками. Последние сливают с эмбриональными стволовыми клетками. Полученные мыши-химеры (способом, описанным выше) называют транс-хромосомными. Недавно группа английских ученых получила серию транс-хромосомных мышей, несущих фрагменты 21 хромосомы человека. Важно, что у этих животных наблюдается тканеспецифическая регуляция экспрессии человеческих генов. Ученые научились также получать искусственные хромосомы и вводить их в геном животных. Уже получены такие мыши, которые могут использоваться для изучения роли отдельных структур в организации хромосом млекопитающих.

12.6. Клонирование

Новая страница в модификации геномов животных - это клонирование, основанное на переносе в энуклеированную яйцеклетку ядер соматических клеток, т. е. замене генома созревающей яйцеклетки на геном, взятый от другого животного. В комбинации с методами трансгенеза клонирование открывает фантастические возможности для генетической модификации геномов животных. Клонирование - это точное воспроизведение того или иного живого объекта в каком-то количестве копий. Бесполое размножение одной бактерии или амебы - это образование клонов соответствующих организмов.
Для генетиков растений получение клонов не составляет никаких проблем. Апомиксис - не что иное, как специфический способ размножения, позволяющий получать генетические копии материнского организма. Однако такая природой созданная технология в естественных условиях используется только некоторыми растениями (например, кукурузой). Для многих сельскохозяйственных растений характерен половой способ размножения. Но и для них метод клонирования разработан давно. Если любую растительную клетку лишить прочной оболочки, а потом обработать ростовыми факторами, она начинает делиться, образуя колонии клеток, каллус, из которых каждая может дать начало целому растению. Для селекционеров эта технология представляет большой практический интерес, так как дает возможность вводить определенные гены в клетки каллуса и в последствии получать серию растений, модифицированных по желанию экспериментатора.
Генетики животных получают клоны, если животные размножаются партеногенезом, то есть бесполым путем, без предшествующего оплодотворения. Получают клоны и в экспериментальной эмбриологии. Если зародыш морского ежа на ранней стадии дробления разделить на составляющие его клетки - бластомеры, то из каждого бластомера разовьется целый организм. У человека известны случаи своеобразного естественного клонирования. Это, так называемые, однояйцевые близнецы, которые возникают сравнительно редко из-за разделения оплодотворенной яйцеклетки на два бластомера, каждый из которых потом развивается самостоятельно. Такие близнецы очень похожи друг на друга.
В настоящее время предприняты попытки (и они увенчались успехом!) клонирования животных путем пересадки ядер соматических клеток в энуклеированные яйцеклетки.
История клонирования животных началась с исследований российского ученого Г. В. Лопашова в 40-х годах, который разработал метод пересадки ядер в яйцеклетку лягушки. Однако из-за беспредельного господства в отечественной биологии печально известной лысенковщины, объявившей генетику лженаукой, статья Г. В. Лопашова не была опубликована, а в 50-е годы американские эмбриологи Бригс и Кинг выполнили сходные эксперименты и приоритет достался им, как это часто случалось в истории Российской науки. В дальнейшем Джон Гердон из Великобритании усовершенствовал эту методику и стал удалять ядра из яйцеклеток лягушки и вводить вместо них ядра разных дифференцированных соматических клеток, в частности из эпителия кишечника и плавательной перепонки. В результате развития такие модифицированные яйцеклетки превращались во взрослые особи, точные копии лягушки, от которой взяты ядра соматических клеток (рис. 49). Вслед за этими работами Карл Иллмензее опубликовал сообщение о том, что ему удалось получить клон из трех мышат. К сожалению, из-за того, что никому из экспериментаторов не удалось воспроизвести эти эксперименты, опыты Иллмензее признали недостоверными, и на некоторое время в этой области исследований воцарилось спокойствие. И вдруг как гром среди ясного неба в феврале 1997 года появилось сообщение, что в лаборатории Яна Вильмута из Рослинского института (Эдинбург, Шотландия) разработан эффективный метод клонирования млекопитающих и на его основе создана овечка Долли. Схема эксперимента представлена на рисунке 50.
Ооциты были извлечены из овец породы Шотландская черномордая и помещены в культуральную среду, после чего на них проведена операция энуклеации - удаления клеточного

























Рис. 49. Схема получения клонированных лягушек

ядра. Ядро соматической клетки взяли для трансплантации из молочной железы лактирующей овцы породы Финский дорсет и слили с энуклеированной яйцеклеткой. После этого модифицированную яйцеклетку активировали к делению электрическим током и после культивирования в питательной среде в течение 6 дней трансплантировали в матку овцы - суррогатной матери. Получается, что у Долли 3 матери - одна, которая дала свой генетический материал, вторая - от которой взяли яйцеклетку (кстати, митохондрии у Долли от Рис. 50. Схема получения овечки Долли

этой овцы) и третья - которая вынашивала ягненка, и ни одного отца. Из 236 опытов успешным оказался один, в результате которого и родилась овечка Долли. Вслед за этим был получен клон мышей группой ученых из Гонолуллу под руководством Риузо Янагимачи.
Эти работы, безусловно, являются выдающимся достижением молекулярной генетики. Можно сказать, что техническая задача получения клонированных животных решена.
Появление Долли вызвало немедленную реакцию во всех странах. Общественность взволнована вопросом, допустимо ли распространить метод клонирования на человека? Правительства многих стран наложили мораторий на клонирование человека. Однако запретить эти эксперименты вряд ли удастся. Нет ничего, что было бы недоступно в этой технологии для современной эмбриологической лаборатории. Американские ученые получили клонированных обезьян, а это уже очень близко к человеку. Однако есть надежда на то, что сама природа поставит заслон этим исследованиям на человеке. Нельзя сказать, что яйцеклетка человека больше похожа на яйцеклетку овцы, чем сам человек на овцу. Различия большие. Однако теоретически клонирование человека возможно. Только вряд ли нужно. Хочется думать, что человечество воздержится от таких рискованных экспериментов.
В теоретическом плане работа Яна Вильмута показала, что в процессе развития геном не претерпевает необратимых изменений и возможно репрограммирование генома соматических клеток путем трансплантацию их в цитоплазму ооцита. В связи с этим клонирование млекопитающих открывает возможность выращивания ткани для пересадки пациентам с тяжелыми неизлечимыми заболеваниями, то есть создание банков здоровых тканей.

Глава 13. ГЕННАЯ ТЕРАПИЯ

Успехи трансгенеза обусловили возникновение нового комплекса методов лечения заболеваний - генную терапию, основанную на введении в организм генетических конструкций с целью лечения заболеваний путем направленного изменения генных дефектов или придания клеткам новых функций. В арсенале генной терапии несколько приемов. Один из них используется в тех случаях, когда утрачена функция какого-либо гена и для лечения эту функцию нужно восстановить. Наиболее подходят для такого способа лечения заболевания, которые обусловлены дефектом одного гены, особенно если этот ген выделен и клонирован. В этом случае введение в организм нормального гена при его экспрессии обеспечит недостающий продукт (позитивная генная терапия).
Второй подход связан с необходимостью подавления функции "больного " гена или избыточно экспрессирующегося гена. Этот прием называется генный нокаут. Для решения этой задачи применяют ряд методов. Во-первых перенос гена, кодирующего антисмысловую мРНК ( антисенс-мРНК), т. е. мРНК, комплементарную той, которая кодирует мРНК "больного " гена, в результате трансляция последней подавляется. Такой подход называется негативной генной терапией, или антисенс-терапией. Для избавления от ненужного генного продукта используют также метод, который называется внутриклеточной иммунизацией. Он заключается в том, что в клетку вводят ген, кодирующий антитело к нежелательному белку, при экспресси гена такие антитела будут связывать специфически образующийся белок и отменять его функцию. Такие внутриклеточные антитела получили название интрабоди. Их применение облегчилось замечательной находкой. Известно, что за связывание с антигеном отвечает не вся сложная молекула антитела, состоящая как минимум из двух тяжелых и двух легких полипептидных цепей (может быть и больше), а только вариабельные домены каждой из них. Вот и сделали конструкцию, кодирующую эти два домена, так называемые одноцепочечные антитела. К этой конструкции можно присоединить сигнальные последовательности, которые будут направлять ее в определенные компартменты клетки, к определенным клеточным структурам. Таким образом, внутриклеточные антитела открывают универсальный способ воздействия внутри клетки на любые продукты синтеза. Например, подобная работа проведена с ?- субъединицей рецептора интерлейкина-2. Экспрессия этого рецептора в значительной степени повышена при некоторых формах лейкемии. Внутриклеточные антитела в данном случае обусловили отсутствие рецептора на поверхности клеток и обусловили тем самым лечебный эффект. Еще один прием для подавления функции гена связан с введением генетической конструкции, кодирующей рибозим, т. е. РНК, обладающую ферментативными свойствами и специфически расщепляющую соответствующую вредную мРНК что как нетрудно догадаться, приведет к отмене ее трансляции и наработки белка.
Третий подход - это корригирующая генная терапия, т.е. исправление структуры и, следовательно, функции испорченного гена.
Иногда как отдельный способ генной терапии выделяют модификацию генетическим путем клеток для усиления иммунного ответа. В этом случае гены вводят либо в клетки, против которых вследствие их модификации развивается иммунный ответ (усиление иммунитета на опухолевые клетки ), либо в клетки иммунной системы ( для коррекции функции иммунной системы при иммунодефицитах).
В число заболеваний, подлежащих генной терапии, входят, прежде всего, наследственные болезни, и среди них те, которые обусловлены рецессивной мутацией и являются моногенными. В настоящее время известно более 4500 заболеваний, относящихся к генетическим, т. е. в основе их патогенеза лежит повреждение генов. Но и такие болезни, как рак, атеросклероз, нейропсихические заболевания, диабет и другие, также могут быть объектами генной терапии. Стоит заметить, что если речь идет о человеке, то подразумевается только соматическая генная терапия, т. е. введение генов в соматические, а не зародышевые клетки.
Во всех случаях генной терапии чаще всего используют метод ex vivo (рис. 51), заключающийся в том, что клетки, взятые из организма пациента, подвергают трансгенезу in vitro, отбирают трансфецированные клетки и возвращают обратно.















Рис. 51. Генотерапия способом ex vivo.

Какую бы стратегию генной терапии ученые ни использовали, необходимо решить в каждом случае ряд практических вопросов, которые решаются в принципе также как и при получении трансгенных животных, а именно: как сделать и как доставить необходимую генную конструкцию, как обеспечить экспрессию гена и ее регуляцию в организме. Процесс генокоррекции начинается с создания полноценно работающей генетической конструкции, содержащей кодирующую и регуляторную части гена. На следующем этапе решается проблема вектора, обеспечивающего эффективную, а по возможности и адресную доставку гена в клетки-мишени.
По выражению Индера Вермы из Института им. Солка в США, в генной терапии есть три основных проблемы - это проблема доставки, доставки и доставки.
Векторы для доставки генетических конструкций по назначению делят на вирусные и невирусные. В вирусных векторах рекомбинантная ДНК, несущая экспрессируемый ген, упакована в геном ретровируса, аденовируса, герпес-вируса и т. д. При этом из вирусного генома удаляют ту его часть, которая ответственна за формирование инфекционных вирусных частиц и лизис клеток, но сохряняют те гены, которые отвечают за перенос и экспрессию клонированного гена. До последнего времени главное место среди вирусных векторов занимали ретровирусы (РНК-содержащие вирусы). Ретровирусы обладают такими свойствами, как будто они специально созданы для переноса генов: для репликации они должны внедриться в геном клетки-хозяина, стабильно в нем реплицируются, и передаются подобно клеточным генам в поколениях клеток. При этом ретровирусы позволяют включать в состав их генома чужеродные гены, без утраты способности к репликации. Проникновение модифицированного ретровируса в клетку индуцируется его присоединением к соответствующему рецептору. Это делает возможным переносить гены в вирусном векторе в определенный тип клеток. Правда, эти клетки должны быть делящимися, потому что ретровирусы не могут проникать через ядерную мембрану и только при ее лизисе (что происходит при делении клеток) оказываются способными внедриться в геном хозяина.
Аденовирусные векторы создаются на основе ДНК-содержащих вирусов, вызывающих у человека заболевания верхних дыхательных путей и желудочнокишечного тракта. Они обладают широкой видовой и тканевой специфичностью, заражают клетки на любой стадии клеточного цикла, способны заражать клетки нервной системы, мышечной ткани, иммунной системы. В подавляющем большинстве случаев они не интегрируются в геном, а находятся в клетке в форме эписом. В качестве векторов используют также вирусы герпеса, осповакцины, лентивирусы и др.
Вирусные векторы эффективно доставляют генетические конструкции в клетки, однако у них много недостатков. Ретровирусы проникают, как уже было сказано, только в делящиеся клетки, внедряются в геном хозяина, что чревато инсерционным мутагенезом и активацией онкогенов или инактивацией антионкогенов и, как следствие, риском развития опухолей. Аденовирусы не внедряются в геном, что является их преимуществом, но эпихромосомная их локализация не обеспечивает длительной экспрессии трансгена. Поэтому такие рекомбинантные вирусы надо вводить повторно. А это вызывает развитие иммунологических реакций. В 1999 году все молекулярные биологи (и не только они) были потрясены трагическим случаем с пациентом, лечившимся в США методом генной терапии. Ему вводили аденовирус с геном орнитилкарбомоилтрансферазы, по которому у него был дефицит. После 4-й инъекции пациент погиб. Вскрытие показало атрофию всех внутренних органов за счет гибели клеток по типу апоптоза.
Недостатки вирусных векторов заставляют генных инженеров изыскивать другие способы доставки генетических конструкций. Так появились невирусные векторы. Арсенал их довольно разнообразен - это "голая " плазмидная ДНК, катионные липосомы, искусственные макромолекулы, состоящие из углеводных адресных групп и сигнальных последовательностей, обеспечивающих поступление в клетки, введение генов в искусственных хромосомах, и др. Перечисленные векторы пытаются ввести так, чтобы обеспечить целевую доставку в клетки, где они будут экспрессироваться. Среди способов направленного введения векторов наиболее распространены следующие. Введение непосредственно в ткань (кожа, мышцы, тимус), введение в специальном баллончике непосредственно в сосуд для лечения ишемической болезни сердца, введение в виде аэрозолей для лечения болезней легких и т. д. Однако все перечисленные векторы и способы их введения имеют один главный недостаток - встраивание переносимой генетической информации происходит случайным образом. В идеале введение гена должно быть прицельным, т. е. сайт-специфическим, для замещения испорченного гена. С этой целью в настоящее время начинает применяться метод химеропластики. Делают шпильку - дуплекс, состоящий из комплементарных нуклеотидов ДНК и РНК. Ветви шпильки комплементарны участкам испорченного гена, а в петле, нуклеотид, который нужно заменить. Такие химеропласты доставляют в клетки (чаще всего в эмбриональные стволовые) с помощью липосом. В конструкции обязательно присутствует бактериальная рекомбиназа. Таким способом удается исправить до 40% клеток. Другой способ исправления гена основан на исключении экзона, в котором находится мутация. В некоторых случаях удаление из первичного транскрипта, содержащего стоп-кодон, но несущественного для функции белка, спасает ситуацию. Белок синтезируется, правда без соответствующего домена, и может выполнять основную функцию и при этой утрате. Для исключения экзона в клетки вводят короткие антисенс РНК, комплементарные участкам сплайсинга, чтобы экзон оказался сплайсированным.
В последнее время особое внимание исследователей уделяется созданию векторов на основе искусственных хромосом млекопитающих. Благодаря наличию в них основных структурных элементов обычных хромосом такие мини-хромосомы длительно удерживаются в клетках и способны нести полноразмерные гены и их регуляторные элементы, которые необходимы для правильной работы гена в нужной ткани и в должное время.

13.1 Успехи генной терапии

Наиблее успешна генная терапия при лечении наследственных дефектов метаболизма. Генно-терапевтическая стратегия облегчается в данных случаях тем, что для нормального существования организма необязателен 100 % уровень отсутствующего у больного фермента. Например, гемофилия В, развивается от недостаточности фактора свертывания крови IX, когда уровень его менее 1% от нормы. Если же этот уровень удается увеличить до 1-10%, больные чувствуют себя вполне удовлетворительно. Поэтому в этих случаях легче осуществить заместительную терапию.
Первое успешное применение генной терапии связано с лечение ТКИД - тяжелого комбинированного иммунодефицита, обусловленного недостаточностью фермента аденозиндезаминазы (АДА). В сентябре 1990 года в Бетесде (США) четырехлетней девочке, страдающей этим заболеванием были пересажены ее собственные клетки - лимфоциты, в которые с помощью ретровируса был введен ген АДА. В результате наблюдалось улучшение состояния пациентки. Столь же успешным было лечение и другой такой же пациентки.
Другой пример лечения заболевания из этой же группы болезней - наследственной гиперхолистеринемии. Дефект находится в гене, кодирующем рецептор липопротеинов низкой плотности. Следствие этого - гиперхолестеринемия, ранний атеросклероз, инфаркты миокарда. Для лечения у пациента провели частичное удаление ткани печени и в печеночные клетки с помощью ретровируса ввели генетическую конструкцию, содержащую ген нормального рецептора. Через воротную вену трансгенные клетки возвращены пациенту. Наблюдалось восстановление экспрессии рецептора. Это очень важный результат. Он показывает некую общую идею использования клеток печени для трансгенеза в виду ее особого значения для функционирования организма. Не зря наши предки считали печень (а не мозг) местом жизненной силы и управительницей эмоций. Клетки печени, которые синтезируют много важных белков, могут быть использованы для вставки генов, компенсирующих наследственные дефекты. Аналогично лечению наследственной гиперхолистеринемии, лечат гемофилию В. А вот с гемофилией А, болезнью королей и царей, дела обстоят сложнее из-за большого размера гена фактора свертывания крови VIII. Это препятствует встраиванию его в вирусный вектор. Но оказалось, что можно использовать укороченный ген. Тогда он кодирует белок без одного несущественного для проявления функции домена и обеспечивает терапевтический уровень фактора.
В эксперименте достаточно хорошо разработаны молекулярно-генетические подходы к лечению миодистрофии Дюшенна (МДД). Это одно из частых наследственных заболеваний человека (1: 5000). Причиной его является мутация в гене дистрофина, структурного белка сарколеммы. Ген дистрофина - самый большой в геноме человека. Он содержит 85 экзонов и занимает 0,1 % ДНК клетки. Его молекулярная масса составляет 427 кD. Мутация в гене проявляется дегенерацией мышечных волокон скелетной мускулатуры, диафрагмы и сердца. Разработаны следующие приемы генной терапии МДД:
Введение в мышцу в аденовирусном или ретровирусном векторе мини-гена дистрофина, который способен восстанавливать нормальный мышечный фенотип
Невирусные способы доставки полноразмерного гена дистрофина прямой инъекцией, баллистической трансфекцией, в составе липосом и полимерных носителей
Химеропластика, или генная хирургия, заключающаяся в трансфекции гибридными ДНК/РНК молекулами шпилечной структуры с нужным основанием, по которому планируется замена
Исключение экзона путем трансфекции короткими антисмысловыми РНК, комплементарными сайтам сплайсинга первичного транскрипта, Это приводит к выбрасыванию экзона, несущего мутацию. При этом восстанавливается рамка считывания и образуется усеченный белок, способный выполнять функцию
Дерепрессия аутосомного гомолога дистрофина - гена утрофина, продукт которго может компенсировать недостаток дистрофина

стр. 1
(всего 2)

СОДЕРЖАНИЕ

>>